Beveg die COVID-19-virus met data

by Jan 17, 2022BI/analise0 kommentaar

Vrywaring

 

Moenie hierdie paragraaf oorslaan nie. Ek huiwer om hierdie omstrede, dikwels politieke waters in te vaar, maar 'n gedagte het by my opgekom terwyl ek met my hond, Demic, geloop het. Ek het 'n MD verwerf en is sedertdien in een of ander vorm van gesondheidsorg of konsultasie. Oor die afgelope 20+ jaar het ek kritiese denke geleer. Vir die IBM-span wat ek in die artikel bespreek, het ek as die Data Scientist opgetree. Ek sê dat ek die tale van medisyne en van data praat. Ek is nie 'n epidemioloog of openbare gesondheidskundige nie. Dit is nie bedoel om 'n verdediging van of kritiek op enige spesifieke individu of beleid te wees nie. Wat ek hier aanbied, is bloot waarnemings. Dit is my hoop om jou gedagtes ook te roer.    

 

Veg Zika Met Data

 

Eerstens, my ervaring. In 2017 is ek deur IBM uit meer as 2000 aansoekers gekies om deel te neem aan 'n pro bono openbare gesondheidsprojek. ’n Span van vyf van ons is vir ’n maand na die land Panama gestuur om saam met die departement van openbare gesondheid daar te werk. Ons missie was om 'n digital instrument wat vinniger en doeltreffender besluitneming met betrekking tot verskeie muskiet-oordraagbare aansteeklike siektes sal fasiliteer; die hoof een is Zika. 

Die oplossing was 'n pyplyn vir die deel van inligting tussen veldondersoekers en beleidmakers om Zika en ander aansteeklike siektes te beheer. Met ander woorde, ons het 'n mobiele toepassing ontwikkel om hul eeue oue handmatige proses om vektorinspekteurs die veld in te stuur, te vervang. Tydige, akkurate data het die uitbrekingsgrootte en -duur verminder deurdat die gebiede – dink stadsblok – wat remediëring nodig het, beter strategies kon teiken.  

Sedert daardie tyd het die Zika-pandemie sy gang gegaan.  

Menslike optrede het nie die Zika-pandemie beëindig nie. Die openbare gesondheidsgemeenskap het gewerk om dit te bevat deur diagnostiek, opvoeding en reisadvies. Maar uiteindelik het die virus sy gang gehardloop, 'n groot deel van die bevolking besmet, en kudde-immuniteit het ontwikkel, en sodoende die verspreiding gestuit.  Vandag word Zika in sommige dele van die wêreld as endemies beskou met periode-uitbrekings.

Zika Transmissie InfographicIn sommige van die vroegste en die dodelikste pandemies, omtrent almal wat siek geword het, het gesterf. Met Zika, "Sodra 'n groot deel van die bevolking besmet is, is hulle immuun en hulle beskerm eintlik ander mense teen besmetting [daar is geen entstof om teen Zika te beskerm nie]."  Dit is wat met Zika gebeur het. Die uitbreking is verby in die Amerikas en die voorkoms van Zika nou in 2021 is baie laag. Dis die goeie nuus! Zika het 'n hoogtepunt bereik in 2016 net toe die Panama-amptenare IBM gevra het om hulp te stuur om die muskiete te bestry. Zika Transmissie | Zika Virus | CDC

Korrelasie is nie oorsaaklikheid nie, maar ná ons besoek aan Panama het die Zika-pandemie aanhou kwyn. Daar is af en toe uitbrake, maar dit het sedertdien nie dieselfde vlak van kommer bereik nie. Sommige verwag dat die slinger sal terugswaai namate natuurlike immuniteit afneem en onblootgestelde individue migreer na Zika-hoërisiko-sones.

 

Zika en COVID-19 Pandemic Parallels

 

Hoe hou dit verband met COVID-19? Beide die patogeen wat verantwoordelik is vir beide COVID-19 en Zika is virusse. Hulle het wel verskillende primêre vorme van oordrag. Zika word hoofsaaklik van muskiete na mense oorgedra. Daar is geleenthede vir mens-tot-mens-oordrag, maar die hoofvorm van oordrag is direk vanaf die muskiet.

Vir die koronavirus is daar getoon dat sommige diere, soos vlermuise en takbokke, dra wel die virus, maar die hoofvorm van oordrag is mens-tot-mens.

Met die muskietgedraagde siektes (Zika, Chikungunya, Dengue-koors), was een doelwit van die Panama-ministerie van openbare gesondheid om blootstelling aan die virus te verminder deur blootstelling aan die vektor te verminder. In die VSA, bykomend tot die vinnig ontwikkelde entstof, die primêre openbare gesondheid maatreëls om COVID aan te spreek sluit in die vermindering van blootstelling en die beperking van verspreiding na ander. Versagtende maatreëls vir diegene wat 'n hoë risiko het, het maskering, fisiese afstand, isolasie en die kroeë vroeg toe te maak.

Die inperking van beide siektes hang af van … ok, miskien is dit waar dit omstrede raak. Benewens opvoeding en die deel van data, kan die openbare gesondheidsdoelwitte van voorkoming van die ernstigste uitkomste gefokus word op 1. uitwissing van die virus, 2. uitwissing van die vektor, 3. inenting/beskerming van die mees kwesbare (individue met die hoogste risiko) vir 'n swak uitkoms), 4. kudde-immuniteit, of 5. 'n kombinasie van bogenoemde.  

As gevolg van vektore in ander diere, is dit onmoontlik om hierdie virusse uit te roei (tensy jy muskiete en vlermuise begin inent, skat ek). Ek dink dit maak ook nie sin om oor die uitroei van die vektore te praat nie. Muskiete is 'n oorlas, benewens die dra van skadelike siektes, maar ek is seker hulle dien 'n soort nuttige doel. Ek kan my nie voorstel om 'n lewensvorm uit te sterf nie, want dit is 'n oorlas vir mense.  

So, kom ons praat oor inenting/beskerming van hoërisikogroepe en kudde-immuniteit. Dit is duidelik dat ons ver genoeg in hierdie pandemie is dat openbare gesondheidsamptenare en regerings reeds hierdie besluite geneem het en 'n manier van aksie besluit het. Ek is nie tweede raai die benadering of selfs klippe gooi met perfekte agterna.  

Hoër risiko individue sluit ouer volwassenes 65 jaar en ouer en diegene met ernstige onderliggende mediese toestande in; dinge soos harttoestande, diabetes, vetsug, immuunonderdrukte, ens. By dié wat ons wil byvoeg swanger vroue vir Zika omdat dit intrautero oorgedra kan word. 

Kudde-immuniteit is wanneer 'n spesifieke bevolking 'n persentasie individue bereik wat teen die siekte beskerm word, hetsy deur entstof of deur natuurlike immuniteit. Op daardie stadium, vir diegene wat nie immuun is nie, is die risiko van siekte laag, omdat daar so min draers is. Dus word diegene met 'n hoë risiko beskerm deur diegene wat voorheen blootgestel is. Debat bly oor wat 'n realistiese persentasie van die bevolking (geënt + herstel met teenliggaampies) nodig sou wees om kudde-immuniteit teen koronavirus te vorm.

 

Die oorlog in Panama

 

Met IBM's Zika-inisiatief in Panama kon ons 'n intydse telefoongebaseerde toepassing met geoliggingmerk ontwikkel, wat beide die erns en duur van uitbrake kan verminder wanneer dit ten volle geïmplementeer is. Deur die arbeidsintensiewe en foutgevoelige opname en verslagdoening te vervang, het die data die besluitnemers in ure in plaas van weke bereik. Openbare gesondheidsbeamptes op nasionale vlak kon intydse liggingverslae van siektedraende muskiete vergelyk met die intydse aanmelding van kliniese gevalle in die hospitaal. In die oorlog teen die Zika-virus het hierdie amptenare toe hulpbronne na daardie spesifieke plekke gerig om muskiete in daardie gebied uit te roei. 

Dus, in plaas van abroad borselbenadering om 'n siekte te beveg, het hulle hul pogings op probleemareas en potensiële probleemareas gekonsentreer. Sodoende kon hulle hulpbronne beter fokus en kon hulle die brandpunte vinniger uitdoof.

Met dit alles as agtergrond, gaan ek probeer om 'n paar parallelle te trek tussen die Zika-pandemie en ons huidige COVID-pandemie. Een bestudeer in die Journal of Midwifery & Women's Health 'n opname van die kliniese literatuur gedoen en vasgestel: "Daar is beduidende parallelle tussen [die Zika-virus] siekte en COVID-19 in terme van beperkte diagnostiese tegnieke, terapeutiese middels en prognostiese onsekerhede." In beide pandemies het pasiënte en klinici nie inligting gehad om ingeligte besluite te neem nie. Openbare gesondheidsboodskappe was dikwels teenstrydig binne dieselfde instelling. Disinformasie is in die sosiale media-platforms van elke pandemie se tyd versprei. Ernstige wetenskaplike debat het selfs tot samesweringsteorieë gelei. Dit is nie moeilik om te dink dat elk van hierdie reaksies op die virusse in die kwesbare of hoërisiko-individue negatief beïnvloed het nie.

 

'n Vergelyking van Zika-virus en COVID-19: kliniese oorsig en publiek Gesondheidsboodskappe

 

Zika-virussiekte COVID-19
Vector Flavivirus: vektor Aedes aegypti en Aedes albopictus muskiete 3 Coronavirus: druppels, fomites 74
oordrag Muskiete is primêre vektor

Seksuele oordrag 10

Oorgedra deur bloedoortapping, laboratorium blootstelling 9

Word deur respiratoriese druppels oorgedra 74

Waarskynlik lugoordrag 75

Vertikale oordrag tydens swangerskap Vertikale oordrag van swanger persoon na fetus vind plaas, en aangebore infeksie is waarskynlik 9 Vertikale oordrag/aangebore infeksie is onwaarskynlik 76
simptome Dikwels asimptomaties; ligte griepagtige simptome soos koors, artralgie, uitslag en konjunktivitis 3 Asimptomaties; boots ook normale rinorree en fisiologiese dispnee van swangerskap na 65
Diagnostiese toetsing RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM serologieë 32

Hoë koers van vals negatiewe en positiewe 26

Kruisreaksie van immunoglobulienserologieë met ander endemiese flavivirusse, soos knokkelkoorsvirus 26

Perinatale diagnose beperk deur sensitiwiteit en spesifisiteit van ultraklank vir opsporing van virale besering 20

RT-PCR, NAAT, IgM serologieë 42

Sensitiwiteit wissel volgens tyd van blootstelling, monsternemingstegniek, monsterbron 76

Vinnige antigeentoetse (COVID-19 Ag Respi-Strip) beskikbaar, maar daar is kommer oor hul geldigheid, akkuraatheid en werkverrigting 76

Voortgesette gebrek aan toetsvermoë en laboratoriumreagense 42

Therapeutics Ondersteunende sorg

Kongenitale Zika-sindroom vereis gespesialiseerde sorg, fisiese terapie, farmako-terapeutika vir beslagleggingsversteurings, regstelling/prostetika vir ouditiewe en optiese afwykings 23

Ondersteunende sorg

Remdesivir lyk veilig tydens swangerskap

Ander terapieë (ribavirien, baricitinib) is teratogeen, embriotoksies 39

 

Afkortings: COVID-19, koronavirussiekte 2019; IgM, immunoglobulien klas M; NAAT, nukleïensuur amplifikasie toets; PRNT, plaakvermindering neutralisasie toets; RT-PCR, omgekeerde transkripsie polimerase kettingreaksie toets.

Hierdie artikel word vryelik beskikbaar gestel deur PubMed Central as deel van die COVID-19-noodreaksie vir openbare gesondheid. Dit kan gebruik word vir onbeperkte hergebruik en ontleding van navorsing in enige vorm of op enige manier met erkenning van die oorspronklike bron, vir die duur van die openbare gesondheidsnood. (geredigeer deur die skrywer)

In ons Zika-ervaring in Panama het die deur-tot-deur-inspeksies na muskiete gesoek. Vandag gebruik ons ​​COVID-toetse om na die koronavirus te soek. Albei soek bewyse van die virus, waarna verwys word as vektorinspeksie. Die vektorinspeksie soek na bewyse van moontlike draers van die virus en toestande wat dit toelaat om te floreer.  

 

Vergelyk COVID-19 met vorige pandemies

 

In vergelyking met ander onlangse epidemies, tel COVID-19 as een van die meer deurdringende in terme van lande wat geraak word en aantal gevalle wat geïdentifiseer is. Gelukkig is die Case Fatality Rate (CFR) laer as ander groot epidemies.  

 

 

 

 

Bron:    Hoe die Coronavirus vergelyk met SARS, Varkgriep en ander epidemies

 

Coronavirus is dodeliker as 'n paar ander siektes wat nie in hierdie grafiek ingesluit is nie. Die 2009-uitbreking van varkgriep (H1N1) het tussen 700 miljoen en 1.4 miljard mense wêreldwyd besmet, maar het 'n CFR van 0.02% gehad. Ook nie in hierdie grafiek is die 500,000 2015 vermeende gevalle van die Zika-virus in 2016 en 18 en sy 19 sterftes nie. Om COVID-2021 meer op datum te bring, vanaf Desember XNUMX, het die Worldomet is webwerf vir die dop van koronavirus het die aantal gevalle op 267,921,597 gestel met 5,293,306 sterftes vir 'n berekende CFR van 1.98%. Omdat COVID-19 asimptomaties kan wees soos beskryf in die Journal of Midwifery & Women's Health-studie, weet hulle dalk nie eens dat hulle siek is nie. Daar is geen rede vir hierdie mense om 'n toets te soek sodat hulle nie 'n deel van die noemer word nie. Met ander woorde, hierdie scenario kan daartoe lei dat gevallesyfers vir COVID-19 hoër is as wat die statistieke toon.

In die vroeë fases van 'n pandemie is data van epidemiologiemodellering, kliniese diagnose en behandelingsdoeltreffendheid dikwels skaars. Strategieë in die aanvangsfase sluit in die opgradering van toetsing en verslagdoening, kommunikasie en probeer om die verwagte kapasiteit vir entstof, toetsing en behandeling voor te berei. Almal maak dan, hetsy bewustelik of nie, 'n individuele risiko-assessering gebaseer op hul begrip van risiko-erns, hul vermeende vermoë om die bedreiging te hanteer en die gevolge van die bedreiging. In vandag se samelewing word hierdie oortuigings dan versterk of verswak deur die dieet van sosiale media en inligtingsbronne.

Covid-19-toetstydlyn

COVID-toetse evalueer die teenwoordigheid van die koronavirus. Afhangende van die tipe toets toegedien word, sal 'n positiewe resultaat óf aandui dat die pasiënt 'n aktiewe infeksie het (vinnige molekulêre PCR-toets of laboratoriumantigeentoetse) óf op 'n stadium 'n infeksie gehad het (teenliggaamtoets).  

As 'n persoon simptome het wat ooreenstem met COVID en 'n positiewe virale antigeentoets, is optrede geregverdig. Daardie aksie sal wees om die virus dood te maak en die verspreiding te stop. Maar omdat koronavirus so aansteeklik is, is individue met ligte simptome en geen ander onderliggende toestande nie, kundiges beveel die aanname van 'n positiewe toets aan en plaas hulself vir 10 dae tot twee weke in kwarantyn. [UPDATE: Aan die einde van Desember 2021 het die CDC die aanbevole isolasieperiode vir individue wat COVID het verkort tot 5 dae, gevolg deur 5 dae van maskering rondom ander. Vir diegene wat aan bekende gevalle van die virus blootgestel word, beveel die CDC 'n 5 dae kwarantyn plus 5 dae van maskering vir die ongeënte aan. Of, 10 dae van maskering indien ingeënt en versterk.] Nog ander kundiges beveel aan om asimptomatiese individue te behandel as hulle 'n positiewe COVID-antigeentoets het. (navorsing, toon egter dat die aansteeklikheid van asimptomatiese individue swak is. Die uitdaging is egter om asimptomaties te onderskei van presimptomaties wat aansteeklik is.) Die virus word doodgemaak deur die pasiënt te behandel, wat die liggaam se verdedigingstelsel toelaat om 'n reaksie op te stel en die pasiënt te isoleer terwyl hulle aansteeklik is. Voorkoming en vroeë ingryping is die sleutels om die pandemie te bestuur. Dit is die nou bekende, "afplatting van die kromme. "

Maak die kromme platIn die hantering van Zika, aanbevelings oor openbare gesondheid sluit in om tuis voorsorgmaatreëls te tref wat die inkubasie en groei van muskiete sal voorkom – skakel staande water in jou tuin uit, verwyder potensiële reservoirs soos ou bande. Net so, aanbevelings om die verspreiding te verminder van die koronavirus sluit in fisiese afstand, maskers en verhoogde higiëne, soos handewas en veilige wegdoening van gebruikte sneesdoekies.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Eksterne faktore soos sosiale netwerke en inligtingsbronne kan risikopersepsie óf versterk óf ondermyn.")

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Wat ek nie in die huidige COVID-pandemie sien nie, is 'n gefokusde, data-gedrewe, geteikende benadering. Selfs in Panama was die openbare gesondheidsbenadering tot die Zika-pandemie nie 'n een-grootte-pas-almal nie. Dit was onprakties – omdat hulpbronne beperk is – om muskiete op elke front te beveg en dit was onmoontlik om alle moontlike vektore uit te skakel. Hulpbronne is dus toegewy aan diegene met die hoogste risiko op grond van geografie en onderliggende toestande.  

 

COVID-19 Openbare Gesondheid en Maatskaplike Maatreëls

 

Met die COVID-19-pandemie is dit eweneens onprakties om te keer dat almal ooit siek word. Wat ons geleer het, is dat dit meer sin maak om openbare gesondheidsingryping te prioritiseer aan die mees kwesbares en aan bevolkings wat die risiko loop vir die swakste mediese uitkomste. As ons die ekonomie volg, het ons die data om die toewys van meer hulpbronne en beheermaatreëls aan: CDC Covid Riglyne Veiligheidsplakkaat

  • Gebiede met hoë bevolkingsdigtheid – geografies sowel as situasionele – stede, openbare vervoer en lugreise.
  • Instellings wat mense het met onderliggende toestande wat tot ongunstige uitkomste sal bydra as hulle koronavirus opdoen - hospitale, klinieke
  • Individue met 'n hoër risiko van sterftes as hulle COVID-19 opdoen, naamlik die bejaardes in ouetehuise, aftree-gemeenskappe.
  • State met klimate wat meer bevorderlik is vir replikasie van koronavirus. Die WGO waarsku dat die virus in alle klimate versprei, maar daar is seisoenale variasies wat in wintermaande stygings toon
  • Individue met simptome het 'n groter risiko om die siekte aan ander oor te dra. Toetsing moet op hierdie populasie gefokus wees en vinnig opgetree word om te isoleer en te behandel.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Dit blyk dat die WGO Junie 2021 tussentydse aanbevelings leun in hierdie rigting. Nuwe aanbevelings sluit in openbare gesondheid en maatskaplike maatreëls "aangepas by plaaslike kontekste". WGO se leiding bepaal dat "[Openbare gesondheid en maatskaplike] maatreëls geïmplementeer moet word deur die laagste administratiewe vlak waarvoor situasionele assessering moontlik is en aangepas by plaaslike omgewings en toestande." Met ander woorde, die evaluering van data op die mees fynvlak beskikbaar en neem aksie. Hierdie publikasie vernou ook die fokus verder in 'n "nuwe afdeling oor oorwegings vir geïndividualiseerde openbare gesondheidsmaatreëls gebaseer op 'n persoon se SARS-CoV-2-immuniteitstatus na COVID-19-inenting of vorige infeksie".

Kan COVID Zika se neiging volg?

 

Gevalletellings van Zika in die VSA en gebiede

 

Panama en wêreldwyd data toon soortgelyke neigings vir Zika-gevalle. Die tipiese progressie is dat pandemies verminder tot epidemies, dan endemies met periodieke uitbrekings. Vandag kan ons terugkyk na die Zika-pandemie. Ek bied 'n woord van hoop. Met data, ervaring en tyd sal die koronavirus, soos die Zika-virus en alle virusse voor dit, sy gang loop.

Bykomende leeswerk: Interessant, maar het net nie gepas nie

 

Hoe 5 van die wêreld se ergste pandemie geëindig het van die History Channel

Kort geskiedenis van pandemies (Pandemies deur die geskiedenis)

Hoe eindig pandemies? Die geskiedenis dui daarop dat siektes vervaag, maar is amper nooit werklik weg nie

Ten slotte, nog 'n wapen teen Covid 

Hoe agterstewe wenke bied oor die verspreiding van koronavirus

Die waarheid agter die koronavirus-poeppaniek