Borba protiv virusa COVID-19 pomoću podataka

by Jan 17, 2022BI/Analitika0 komentari

odricanje

 

Nemojte preskočiti ovaj pasus. Oklevam da uđem u ove sporne, često političke vode, ali mi je pala na pamet dok sam šetao svog psa Demića. Stekao sam doktorat i od tada se bavim nekom vrstom zdravstvene zaštite ili savjetovanja. U proteklih 20+ godina naučio sam kritičko razmišljanje. Za IBM tim o kojem govorim u članku, djelovao sam kao Data Scientist. Kažem da govorim jezike medicine i podataka. Nisam epidemiolog ili stručnjak za javno zdravlje. Ovo nema namjeru da bude odbrana ili kritika bilo kojeg određenog pojedinca ili politike. Ono što ovde iznosim su samo zapažanja. Nadam se da ću pokrenuti i vaša razmišljanja.    

 

Borba protiv Zika sa podacima

 

Prvo, moje iskustvo. Godine 2017. IBM me je odabrao od preko 2000 prijavljenih da učestvujem u pro bono javnozdravstvenom projektu. Tim od nas pet je poslat u zemlju Panamu na mjesec dana da radi sa tamošnjim odjelom za javno zdravstvo. Naša misija je bila da stvorimo a digital alat koji bi omogućio brže i efikasnije donošenje odluka u vezi sa nekoliko zaraznih bolesti koje prenose komarci; glavni je Zika. 

Rješenje je bio kanal za razmjenu informacija između terenskih istražitelja i kreatora politike za kontrolu Zika i drugih zaraznih bolesti. Drugim riječima, razvili smo mobilnu aplikaciju da zamijenimo njihov stari ručni proces slanja vektorskih inspektora na teren. Pravovremeni, tačni podaci smanjili su veličinu i trajanje izbijanja tako što su mogli bolje strateški ciljati područja – razmislite o gradskim blokovima – kojima je potrebna sanacija.  

Od tog vremena, pandemija Zika traje svojim tokom.  

Ljudska akcija nije okončala pandemiju Zika. Zajednica javnog zdravlja radila je na tome da ga obuzda, kroz dijagnostiku, edukaciju i savjetovanje za putovanja. Ali na kraju, virus je prošao svojim tokom, zarazio je veliki dio populacije i razvio se imunitet stada, čime je zaustavljeno širenje.  Danas se zika smatra endemskom u nekim dijelovima svijeta s izbijanjem menstruacije.

Infografika o prijenosu ZikaU nekim od najranije a najsmrtonosnije pandemije su skoro svi koji su se razboljeli umrli. Sa Zikom, „Kada se veliki dio populacije zarazi, oni su imuni i zapravo štite druge ljude od zaraze [ne postoji vakcina koja bi se zaštitila od Zike].“  To se desilo sa Žikom. Epidemija je završena u Americi i incidencija zika sada u 2021. je veoma niska. To su sjajne vijesti! Zika je dostigla vrhunac 2016. upravo kada su zvaničnici Paname zatražili od IBM-a da pošalje pomoć u borbi protiv komaraca. Zika Transmission | Zika Virus | CDC

Korelacija nije uzročna veza, ali nakon naše posjete Panami, pandemija Zika je nastavila da jenjava. Postoje povremene epidemije, ali od tada nisu dostigle isti nivo zabrinutosti. Neki očekuju da će se klatno zaljuljati unatrag kako prirodni imunitet slabi i neeksponirani pojedinci migriraju u zone visokog rizika od Zika.

 

Paralele pandemije Zika i COVID-19

 

Kako se ovo odnosi na COVID-19? I patogen koji je odgovoran i za COVID-19 i za Zika su virusi. Imaju različite primarne oblike prijenosa. Zika se uglavnom prenosi sa komaraca na ljude. Postoje mogućnosti za prijenos sa čovjeka na čovjeka, ali glavni oblik prijenosa je direktno preko komaraca.

Za koronavirus se pokazalo da neke životinje, poput slepih miševa i jelen, nose virus, ali glavni oblik Prenos je od čovjeka do čovjeka.

Uz bolesti koje prenose komarci (Zika, Chikungunya, Dengue groznica), jedan od ciljeva ministarstva javnog zdravlja Paname bio je da smanji izloženost virusu smanjenjem izloženosti vektoru. U SAD, pored brzo razvijene vakcine, primarno javno zdravlje mjere za rješavanje COVID-a uključuju smanjenje izloženosti i ograničavanje širenja na druge. Mjere ublažavanja za one koji su pod visokim rizikom uključuju maskiranje, fizičko distanciranje, izolaciju i rano zatvaranje barova.

Obuzdavanje obe bolesti zavisi od… ok, možda upravo tu postaje kontroverzno. Pored edukacije i razmjene podataka, javnozdravstveni ciljevi prevencije najtežih ishoda mogu biti usmjereni na 1. iskorjenjivanje virusa, 2. iskorjenjivanje vektora, 3. vakcinaciju/zaštitu najugroženijih (pojedinaca u najvećem riziku). za loš ishod), 4. imunitet stada, ili 5. neka kombinacija gore navedenog.  

Zbog vektora kod drugih životinja, nemoguće je iskorijeniti ove viruse (osim ako ne počnete vakcinisati komarce i slepe miševe, pretpostavljam). Mislim da takođe nema smisla govoriti o iskorenjivanju vektora. Komarci su smetnja, osim što prenose štetne bolesti, ali siguran sam da služe nekoj vrsti korisne svrhe. Ne mogu zamisliti da izumre neki oblik života jer oni smetnje ljudima.  

Dakle, hajde da pričamo o vakcinaciji/zaštiti visokorizičnih grupa i imunitetu stada. Očigledno, dovoljno smo daleko u ovoj pandemiji da su službenici javnog zdravstva i vlade već donijeli ove odluke i odlučili način djelovanja. Ne pretpostavljam pristup ili čak bacanje kamenja sa savršenim pogledom unazad.  

Pojedinci sa većim rizikom uključuju starije odrasle osobe starije od 65 godina i one sa ozbiljnim zdravstvenim stanjima; stvari kao što su srčana oboljenja, dijabetes, gojaznost, oslabljen imunitet, itd. Tome bismo dodali trudnice za Ziku jer se može prenijeti intrautero. 

Imunitet stada je kada određena populacija dosegne postotak pojedinaca koji su zaštićeni od bolesti bilo vakcinom ili prirodnim imunitetom. U tom trenutku, za one koji nisu imuni, rizik od bolesti je nizak, jer ima tako malo nosilaca. Tako su oni koji su pod visokim rizikom zaštićeni od onih koji su prethodno bili izloženi. Ostaje debata o tome koliki bi realan postotak populacije (cijepljene + oporavljene antitijelima) bio potreban da bi se stvorio imunitet stada na koronavirus.

 

Rat u Panami

 

Sa IBM-ovim Zika inicijativa u Panami smo bili u mogućnosti da razvijemo telefonsku aplikaciju u realnom vremenu sa geolokacijskim označavanjem, koja bi mogla smanjiti i ozbiljnost i trajanje izbijanja kada se u potpunosti implementira. Zamjenom radno-intenzivnog snimanja i izvještavanja podložnog greškama, podaci su do donosilaca odluka dolazili satima umjesto sedmicama. Službenici javnog zdravstva na nacionalnom nivou bili su u mogućnosti da uporede izvještaje o lokaciji komaraca koji prenose bolest u realnom vremenu sa izvještajima o hospitaliziranim kliničkim slučajevima u realnom vremenu. U ratu protiv Zika virusa, ovi zvaničnici su zatim usmjerili resurse na te specifične lokacije kako bi iskorijenili komarce u tom području. 

Dakle, umjesto abroad potpuni pristup borbi protiv bolesti, koncentrirali su svoje napore na problematična područja i potencijalna problematična područja. Čineći to, bili su u mogućnosti da bolje fokusiraju resurse i mogli su brže da uguše vruće tačke.

Uz sve to kao pozadinu, pokušat ću povući neke paralele između pandemije Zika i naše trenutne pandemije COVID-a. Jedan studija u časopisu Journal of Midwifery & Women's Health proveo istraživanje kliničke literature i utvrdio: “Postoje značajne paralele između bolesti [zika virusa] i COVID-19 u smislu ograničenih dijagnostičkih tehnika, terapije i prognostičkih neizvjesnosti.” U obje pandemije, pacijentima i kliničarima su nedostajale informacije za donošenje informiranih odluka. Javnozdravstvene poruke su često bile kontradiktorne unutar iste institucije. Dezinformacije su se širile na platformama društvenih medija u vrijeme svake pandemije. Ozbiljna naučna debata čak je dovela do teorija zavere. Nije teško zamisliti da je svaki od ovih negativno utjecao na odgovore na viruse kod ranjivih ili visokorizičnih osoba.

 

Poređenje virusa Zika i COVID-19: klinički pregled i javnost Health Messaging

 

Zika virusna bolest COVID19
vektor Flavivirus: vektor Aedes aegypti i Aedes albopictus komarci 3 Koronavirus: kapljice, fomiti 74
transmisija Komarci su primarni prenosioci

Seksualni prijenos 10

Prenosi se transfuzijom krvi, laboratorijskim izlaganjem 9

Prenosi se respiratornim kapljicama 74

Vjerovatno prijenos zraka 75

Vertikalni prijenos tokom trudnoće Dolazi do vertikalnog prijenosa sa trudnice na fetus, a vjerovatna je i urođena infekcija 9 Vertikalni prijenos/kongenitalna infekcija je malo vjerojatna 76
simptomi Često asimptomatski; blagi simptomi slični gripi kao što su groznica, artralgija, osip i konjuktivitis 3 Asimptomatski; također oponaša normalnu rinoreju i fiziološku dispneju u trudnoći 65
Dijagnostičko ispitivanje RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM serologije 32

Visoka stopa lažno negativnih i pozitivnih 26

Unakrsna reakcija serologije imunoglobulina s drugim endemskim flavivirusima, kao što je virus denga groznice 26

Perinatalna dijagnoza ograničena osjetljivošću i specifičnošću ultrazvuka za otkrivanje virusne ozljede 20

RT-PCR, NAAT, IgM serologije 42

Osetljivost varira u zavisnosti od vremena od izlaganja, tehnike uzorkovanja, izvora uzorka 76

Dostupni su brzi testovi na antigen (COVID-19 Ag Respi-Strip), ali postoji zabrinutost oko njihove valjanosti, tačnosti i performansi 76

Kontinuirani nedostatak kapaciteta za testiranje i laboratorijskih reagensa 42

Terapije Suportivna njega

Kongenitalni Zika sindrom zahtijeva specijaliziranu njegu, fizikalnu terapiju, farmakoterapiju kod napadaja, korekciju/protetiku za slušne i optičke deficite 23

Suportivna njega

Čini se da je Remdesivir siguran u trudnoći

Druge terapije (ribavirin, baricitinib) su teratogene, embriotoksične 39

 

Skraćenice: COVID‐19, korona virus 2019; IgM, imunoglobulin klase M; NAAT, test amplifikacije nukleinske kiseline; PRNT, test neutralizacije redukcije plaka; RT-PCR, test lančane reakcije polimeraze reverzne transkripcije.

Ovaj članak je besplatno dostupan putem PubMed Centrala kao dio odgovora na hitne slučajeve u vezi s pandemijom bolesti COVID-19. Može se koristiti za neograničenu ponovnu upotrebu i analizu u istraživanju u bilo kom obliku ili na bilo koji način uz navođenje originalnog izvora, za vrijeme trajanja vanredne situacije u javnom zdravstvu. (uredio autor)

U našem Zika iskustvu u Panami, inspekcije od vrata do vrata tražile su komarce. Danas koristimo COVID testove za traženje koronavirusa. Obojica traže dokaze o virusu, što se naziva inspekcija vektora. Inspekcija vektora traži dokaze o potencijalnim nosiocima virusa i uslovima koji mu omogućavaju da napreduje.  

 

Poređenje COVID-19 sa prethodnim pandemijama

 

U poređenju s drugim nedavnim epidemijama, COVID-19 se ocjenjuje kao jedan od rasprostranjenijih u pogledu zemalja pogođenih i broja identificiranih slučajeva. Na sreću, stopa smrtnosti (CFR) je niža od ostalih velikih epidemija.  

 

 

 

 

Izvor:    Kako se korona virus upoređuje sa SARS-om, svinjskom gripom i drugim epidemijama

 

Koronavirus je smrtonosniji od nekoliko drugih bolesti koje nisu uključene u ovu listu. Izbijanje svinjske gripe (H2009N1) 1. zarazilo je između 700 miliona i 1.4 milijarde ljudi širom svijeta, ali je CFR iznosio 0.02%. Na ovoj tabeli takođe nema 500,000 sumnjivih slučajeva virusa Zika 2015. i 2016. godine i 18 smrtnih slučajeva. Kako bi COVID-19 bio ažurniji, od decembra 2021 Worldomet je Web stranica za praćenje koronavirusa iznosi 267,921,597 slučajeva sa 5,293,306 smrtnih slučajeva za izračunati CFR od 1.98%. Budući da COVID-19 može biti asimptomatski, kao što je opisano u studiji Journal of Midwifery & Women's Health, one možda čak i ne znaju da su bolesne. Nema razloga da ovi ljudi traže test kako ne bi na kraju postali dio nazivnika. Drugim riječima, ovaj scenario može dovesti do toga da stopa oboljelih od COVID-19 bude veća nego što pokazuje statistika.

U ranim fazama pandemije, podaci iz epidemiološkog modeliranja, kliničke dijagnoze i efikasnosti liječenja često su oskudni. Strategije u početnoj fazi uključuju povećanje testiranja i izvještavanja, komunikaciju i pokušaj pripreme predviđenih kapaciteta za vakcinu, testiranje i liječenje. Tada svako, bez obzira da li je svjestan ili ne, pravi individualnu procjenu rizika na osnovu svog razumijevanja ozbiljnosti rizika, svoje percipirane sposobnosti da se nosi sa prijetnjom i posljedicama prijetnje. U današnjem društvu, ova uvjerenja se zatim jačaju ili slabe prehranom društvenih medija i izvora informacija.

Vremenska linija testiranja na Covid-19

COVID testovi procijeniti prisutnost korona virusa. U zavisnosti od vrste test primijenjen, pozitivan rezultat će ili ukazivati ​​da pacijent ima aktivnu infekciju (brzi molekularni PCR test ili laboratorijski antigen testovi) ili da je imao infekciju u nekom trenutku (test na antitijela).  

Ako osoba ima simptome u skladu s COVID-om i pozitivan test na virusni antigen, potrebna je akcija. Ta akcija će biti ubijanje virusa i zaustavljanje širenja. Ali, pošto je koronavirus toliko zarazan, pojedinci sa blagim simptomima i bez drugih osnovnih stanja, stručnjaci preporučuju pretpostavku pozitivnog testa i karantenu od 10 dana do dvije sedmice. [UPDATE: Krajem decembra 2021., CDC je skratio preporučeni period izolacije za osobe koje imaju COVID na 5 dana nakon čega slijedi 5 dana maskiranja oko drugih. Za one koji su izloženi poznatim slučajevima virusa, CDC preporučuje petodnevni karantin plus 5 dana maskiranja za necijepljene. Ili, 5 dana maskiranja ako ste vakcinisani i pojačani.] Još drugo stručnjaci preporučuju liječenje asimptomatskih osoba ako imaju pozitivan test na COVID antigen. (istraživanje, međutim, pokazuje da je infektivnost asimptomatskih osoba slaba. Izazov je, međutim, razlikovati asimptomatski od presimptomatskih koji je zarazan.) Virus se ubija liječenjem pacijenta, omogućavajući odbrambenom sistemu tijela da podigne odgovor i izoluje pacijenta dok je zarazan. Prevencija i rana intervencija ključ su za upravljanje pandemijom. Ovo je sada poznato, “izravnavanje krivulje. "

Izravnavanje krivuljeU ophođenju sa Žikom, javnozdravstvene preporuke uključuju poduzimanje mjera opreza kod kuće koje bi spriječile inkubaciju i rast komaraca – eliminirajte stajaću vodu u vašem dvorištu, uklonite potencijalne rezervoare poput starih guma. Slično, preporuke za smanjenje širenja Korona virusa uključuje fizičko distanciranje, maske i povećanu higijenu, poput pranja ruku i sigurnog odlaganja korištenih maramica.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ („Spoljni faktori kao što su društvene mreže i izvori informacija mogu ili pojačati ili potkopati percepciju rizika.“)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Ono što ne vidim u trenutnoj pandemiji COVID-a je fokusiran pristup vođen podacima i ciljani pristup. Čak i u Panami, javnozdravstveni pristup pandemiji Zika nije bio jedinstven za sve. Bilo je nepraktično – jer su resursi ograničeni – boriti se protiv komaraca na svim frontovima i nemoguće je bilo eliminisati sve moguće vektore. Dakle, resursi su bili posvećeni onima koji su pod najvećim rizikom na osnovu geografije i osnovnih uslova.  

 

COVID-19 javnozdravstvene i socijalne mjere

 

Uz pandemiju COVID-19, isto tako je nepraktično spriječiti da se svi ikada razbole. Ono što smo naučili je da ima smisla dati prioritet javnozdravstvenim intervencijama najugroženijim i populacijama u riziku od najlošijih medicinskih ishoda. Ako pratimo ekonomiju, imamo podatke koji opravdavaju izdvajanje više resursa i kontrolnih mjera za: Sigurnosni poster CDC Covid smjernica

  • Područja velike gustine naseljenosti – geografske i situacijske – gradovi, javni prijevoz i zračna putovanja.
  • Institucije u kojima se nalaze ljudi sa osnovnim stanjima koja bi doprinijela nepovoljnim ishodima ako bi se zarazili koronavirusom – bolnice, klinike
  • Osobe s većim rizikom od smrtnosti ako se zaraze COVID-19, odnosno stariji u staračkim domovima, penzionerskim zajednicama.
  • Države s klimom koja je pogodnija za razmnožavanje koronavirusa. SZO Upozorava da se virus širi u svim klimatskim uslovima, ali postoje sezonske varijacije koje pokazuju porast u zimskim mjesecima
  • Osobe sa simptomima imaju veći rizik od prenošenja bolesti na druge. Testiranje treba biti fokusirano na ovu populaciju i brzo poduzeti mjere za izolaciju i liječenje.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Izgleda da je Privremene preporuke SZO iz juna 2021 naginju u ovom pravcu. Nove preporuke uključuju javnozdravstvene i socijalne mjere „prilagođene lokalnim kontekstima“. Smjernice SZO-a nalažu da “mjere [Javnozdravstvene i socijalne] treba provoditi najniži administrativni nivo za koji je moguća procjena situacije i prilagođena lokalnim okruženjima i uslovima.” Drugim riječima, procjena podataka na najpreciznijem dostupnom nivou i poduzimanje radnji. Ova publikacija također dodatno sužava fokus u „novom dijelu o razmatranjima individualiziranih mjera javnog zdravlja na osnovu statusa imuniteta osobe na SARS-CoV-2 nakon vakcinacije protiv COVID-19 ili prethodne infekcije“.

Može li COVID pratiti Zikin trend?

 

Broj slučajeva Zika u SAD i teritorijama

 

Panama i svjetski podaci pokazuju slične trendove za Zika slučajeve. The tipična progresija je da se pandemije smanjuju do epidemija, zatim endemija s periodičnim izbijanjima. Danas smo u mogućnosti da se osvrnemo na pandemiju Zika. Nudim riječ nade. Sa podacima, iskustvom i vremenom, virus korona, kao i virus Zika i svi virusi prije toga, krenut će svojim tokom.

Dodatna literatura: Zanimljivo, ali se jednostavno ne uklapa

 

Kako se završilo 5 najgorih pandemija na svijetu sa History Channel-a

Kratka istorija pandemija (Pandemije kroz istoriju)

Kako završavaju pandemije? Istorija sugerira da bolesti blijede, ali gotovo nikada ne nestaju

Konačno, još jedno oružje protiv Covida 

Kako Poop nudi savjete o širenju koronavirusa

Istina iza panike zbog korona virusa