Combatre el virus COVID-19 amb dades

by Gen 17, 2022BI/Analítica0 comentaris

renúncia

 

No us salteu aquest paràgraf. Dubto a endinsar-me en aquestes aigües polètiques, sovint polítiques, però em va venir un pensament mentre passejava el meu gos, Demic. Vaig obtenir un doctorat en medicina i des d'aleshores he estat en algun tipus d'assistència sanitària o consultoria. Durant els últims 20 anys, he après el pensament crític. Per a l'equip d'IBM del qual comentem a l'article, vaig actuar com a científic de dades. Jo dic que parlo els idiomes de la medicina i de les dades. No sóc epidemiòleg ni expert en salut pública. Això no pretén ser una defensa o una crítica de cap individu o política en particular. El que presento aquí són només observacions. Espero despertar els vostres pensaments també.    

 

Combatre el Zika amb dades

 

Primer, la meva experiència. El 2017, IBM em va seleccionar entre més de 2000 sol·licitants per participar en un projecte de salut pública pro bono. Un equip de cinc persones vam ser enviats al país de Panamà durant un mes per treballar amb el departament de salut pública d'allà. La nostra missió era crear un digital eina que facilitaria una presa de decisions més ràpida i eficaç relacionada amb diverses malalties infeccioses transmeses per mosquits; el principal és el Zika. 

La solució va ser un canal d'intercanvi d'informació entre investigadors de camp i responsables polítics per controlar el Zika i altres malalties infeccioses. En altres paraules, hem desenvolupat una aplicació mòbil per substituir el seu procés manual mil·lenari d'enviar inspectors de vectors al camp. Les dades oportunes i precises van reduir la mida i la durada del brot en poder orientar-se millor estratègicament a les àrees (penseu al bloc de la ciutat) que necessiten reparació.  

Des d'aleshores, la pandèmia del Zika ha seguit el seu curs.  

L'acció humana no va acabar amb la pandèmia del Zika. La comunitat de salut pública va treballar per contenir-lo, mitjançant diagnòstics, educació i avisos de viatge. Però finalment, el virus va seguir el seu curs, va infectar una gran part de la població i es va desenvolupar la immunitat del ramat, aturant així la propagació.  Avui dia, el zika es considera endèmic en algunes parts del món amb brots de període.

Infografia de transmissió del ZikaEn alguns dels primer i les pandèmies més mortals gairebé tots els que es van emmalaltir van morir. Amb el Zika, "Una vegada que una gran proporció de la població està infectada, són immunes i protegeixen les altres persones perquè no s'infectin [no hi ha cap vacuna per protegir contra el Zika]".  Això és el que va passar amb el Zika. El brot s'ha acabat a les Amèriques i la incidència de Zika ara el 2021 és molt baixa. Aquesta és la gran notícia! El zika va assolir el màxim el 2016 just quan els funcionaris de Panamà van demanar a IBM que enviés ajuda per combatre els mosquits. Transmissió Zika | Virus Zika | CDC

La correlació no és causalitat, però després de la nostra visita a Panamà, la pandèmia del Zika va continuar minvant. Hi ha brots ocasionals, però des d'aleshores no ha arribat al mateix nivell de preocupació. Alguns esperen que el pèndol torni enrere a mesura que la immunitat natural disminueixi i els individus no exposats migren a zones d'alt risc de Zika.

 

Paral·lels de pandèmia Zika i COVID-19

 

Com es relaciona això amb la COVID-19? Tant el patogen responsable tant de la COVID-19 com del Zika són virus. Tenen diferents formes primàries de transmissió. El zika es transmet principalment dels mosquits als humans. Hi ha oportunitats de transmissió de persona a persona, però la principal forma de transmissió és directament del mosquit.

Pel coronavirus, s'ha demostrat que alguns animals, com ratpenats i cérvol, sí que porten el virus, però la forma principal de transmissió és d'humà a humà.

Amb les malalties transmeses pels mosquits (Zika, Chikungunya, febre del dengue), un dels objectius del ministeri de salut pública de Panamà era minimitzar l'exposició al virus reduint l'exposició al vector. Als EUA, a més de la vacuna de desenvolupament ràpid, el salut pública primària Les mesures per fer front a la COVID inclouen reduir l'exposició i limitar la propagació a altres persones. Les mesures de mitigació per a aquells que corren un risc elevat han inclòs l'emmascarament, el distanciament físic, l'aïllament i tancant els bars aviat.

La contenció d'ambdues malalties depèn de... d'acord, potser aquí és on es fa polèmica. A més de l'educació i l'intercanvi de dades, els objectius de salut pública de prevenció dels resultats més greus es poden centrar en 1. eradicació del virus, 2. eradicació del vector, 3. vacunació/protecció dels més vulnerables (individus amb més risc). per a un mal resultat), 4. immunitat de ramat, o 5. alguna combinació de les anteriors.  

A causa dels vectors d'altres animals, és impossible eradicar aquests virus (tret que comenceu a vacunar mosquits i ratpenats, suposo). Crec que tampoc té sentit parlar d'eradicar els vectors. Els mosquits són una molèstia, a més de portar malalties nocives, però estic segur que serveixen per a algun tipus de finalitat útil. No puc imaginar extingir una forma de vida perquè són una molèstia per als humans.  

Així doncs, parlem de la vacunació/protecció dels grups d'alt risc i la immunitat del ramat. Òbviament, estem prou endinsats en aquesta pandèmia perquè els funcionaris de salut pública i els governs ja han pres aquestes decisions i han decidit una línia d'acció. No estic endevinant l'enfocament ni tan sols llançant pedres amb una perfecta retrospectiva.  

Persones amb més risc incloure adults majors de 65 anys o més i aquells amb afeccions mèdiques subjacents greus; coses com afeccions cardíaques, diabetis, obesitat, immunodeprimits, etc. A les que afegiríem dones embarassades per Zika perquè es pot transferir intrauter. 

Immunitat del ramat és quan una població concreta arriba a un percentatge d'individus que estan protegits de la malaltia ja sigui per vacuna o per immunitat natural. En aquest punt, per als que no són immunes, el risc de patir malalties és baix, perquè hi ha molt pocs portadors. Així, les persones amb alt risc estan protegits per aquells que han estat exposats prèviament. Es manté el debat sobre quin percentatge realista de la població (vacunada + recuperada amb anticossos) es necessitaria per constituir immunitat de ramat contra el coronavirus.

 

La guerra de Panamà

 

Amb IBM Iniciativa Zika a Panamà, vam poder desenvolupar una aplicació telefònica en temps real amb marcatge de geolocalització, que podria reduir tant la gravetat com la durada dels brots quan s'implementés completament. En substituir l'enregistrament i la notificació de treball intensiu i propens a errors, les dades van arribar als responsables de la presa de decisions en hores en lloc de setmanes. Els funcionaris de salut pública a nivell nacional van poder comparar els informes de localització en temps real dels mosquits portadors de malalties amb els informes en temps real de casos clínics hospitalitzats. A la guerra contra el virus Zika, aquests funcionaris van dirigir els recursos a aquells llocs específics per eradicar els mosquits d'aquesta zona. 

Així, en comptes d'abroad enfocament de pinzell per lluitar contra una malaltia, van concentrar els seus esforços en àrees problemàtiques i àrees problemàtiques potencials. En fer-ho, van ser més capaços de centrar els recursos i van poder eliminar més ràpidament els punts calents.

Amb tot això com a antecedents, intentaré establir alguns paral·lelismes entre la pandèmia del Zika i la nostra pandèmia COVID actual. Un estudiar a Journal of Midwifery & Women's Health va realitzar una enquesta de la literatura clínica i va determinar: "Hi ha paral·lelismes significatius entre la malaltia [del virus del Zika] i la COVID-19 en termes de tècniques de diagnòstic limitades, terapèutiques i incerteses pronòstiques". En ambdues pandèmies, els pacients i els metges no tenien informació per prendre decisions informades. Els missatges de salut pública sovint eren contradictoris dins de la mateixa institució. La desinformació es va difondre a les plataformes de xarxes socials de l'època de cada pandèmia. Un debat científic seriós va portar fins i tot a teories de la conspiració. No és difícil imaginar que cadascuna d'aquestes respostes afectades negativament als virus en les persones vulnerables o d'alt risc.

 

Una comparació del virus Zika i COVID-19: visió clínica i pública Missatgeria de salut

 

Malaltia per virus Zika COVID-19 [FEMININE
Vector Flavivirus: mosquits vector Aedes aegypti i Aedes albopictus 3 Coronavirus: gotes, fomites 74
transmissió Els mosquits són el vector primari

Transmissió sexual 10

Transmès per transfusió de sang, exposició de laboratori 9

Transmesa per gotetes respiratòries 74

Transmissió probable per l'aire 75

Transmissió vertical durant l'embaràs Es produeix la transmissió vertical de la persona embarassada al fetus i és probable que hi hagi una infecció congènita 9 La transmissió vertical/infecció congènita és poc probable 76
Símptomes Sovint asimptomàtic; símptomes lleus semblants a la grip com ara febre, artràlgia, erupció cutània i conjuntivitis 3 Asimptomàtic; també imita la rinorrea normal i la dispnea fisiològica de l'embaràs 65
Proves diagnòstiques Serologies RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM 32

Alta taxa de falsos negatius i positius 26

Reacció creuada de serologies d'immunoglobulines amb altres flavivirus endèmics, com el virus del dengue 26

Diagnòstic perinatal limitat per la sensibilitat i l'especificitat de l'ecografia per a la detecció de lesions víriques 20

Serologies RT-PCR, NAAT, IgM 42

La sensibilitat varia segons el temps d'exposició, la tècnica de mostreig i la font de la mostra 76

Proves ràpides d'antigen (COVID-19 Ag Respi-Strip) disponibles, però hi ha preocupacions sobre la seva validesa, precisió i rendiment 76

Manca continuada de capacitat de prova i reactius de laboratori 42

Terapèutica Atenció de suport

La síndrome congènita del Zika requereix atenció especialitzada, teràpia física, farmacoterapèutica per a les convulsions, correcció/pròtesis per a dèficits auditius i òptics. 23

Atenció de suport

Remdesivir sembla segur durant l'embaràs

Altres teràpies (ribavirina, baricitinib) són teratogèniques, embriotòxiques 39

 

Abreviatures: COVID-19, malaltia del coronavirus 2019; IgM, immunoglobulina classe M; NAAT, prova d'amplificació d'àcids nucleics; PRNT, prova de neutralització de reducció de placa; RT-PCR, prova de reacció en cadena de la polimerasa de transcripció inversa.

Aquest article està disponible gratuïtament a través de PubMed Central com a part de la resposta d'emergència de salut pública COVID-19. Es pot utilitzar per a la reutilització i l'anàlisi de recerca sense restriccions en qualsevol forma o per qualsevol mitjà amb reconeixement de la font original, durant la durada de l'emergència de salut pública. (editat per l'autor)

En la nostra experiència Zika a Panamà, les inspeccions porta a porta van buscar mosquits. Avui, fem servir les proves de COVID per buscar el coronavirus. Tots dos busquen proves del virus, anomenada inspecció vectorial. La inspecció vectorial busca proves de possibles portadors del virus i condicions que li permeten prosperar.  

 

Comparant la COVID-19 amb les pandèmies anteriors

 

En comparació amb altres epidèmies recents, la COVID-19 és una de les més generalitzades en termes de països afectats i nombre de casos identificats. Afortunadament, la taxa de mortalitat (CFR) és inferior a la d'altres grans epidèmies.  

 

 

 

 

font:    Com es compara el coronavirus amb el SARS, la grip porcina i altres epidèmies

 

El coronavirus és més mortal que un parell d'altres malalties no incloses en aquest gràfic. El brot de grip porcina (H2009N1) del 1 va infectar entre 700 milions i 1.4 milions de persones a tot el món, però va tenir un CFR del 0.02%. Tampoc apareixen en aquest gràfic els 500,000 casos sospitosos del virus del Zika el 2015 i el 2016 i les seves 18 morts. Per actualitzar la COVID-19, a partir de desembre de 2021, el Mónòmetre El lloc web de seguiment de coronavirus va situar el nombre de casos en 267,921,597 amb 5,293,306 morts per un CFR calculat de l'1.98%. Com que COVID-19 pot ser asimptomàtic, tal com es descriu a l'estudi Journal of Midwifery & Women's Health, potser ni tan sols sàpiguen que estan malalts. No hi ha cap motiu perquè aquestes persones busquin una prova perquè no acabin formant part del denominador. En altres paraules, aquest escenari pot provocar que les taxes de casos de COVID-19 siguin més altes del que mostren les estadístiques.

En les primeres fases d'una pandèmia, les dades de modelització epidemiològica, diagnòstic clínic i eficàcia del tractament sovint són escasses. Les estratègies de la fase inicial inclouen augmentar les proves i els informes, la comunicació i intentar preparar la capacitat prevista per a la vacunació, les proves i el tractament. Aleshores, tothom, sigui conscient o no, fa una avaluació individual del risc basada en la seva comprensió de la gravetat del risc, la seva capacitat percebuda per fer front a l'amenaça i les conseqüències de l'amenaça. En la societat actual, aquestes creences es veuen reforçades o afeblides per la dieta de les xarxes socials i les fonts d'informació.

Cronologia de les proves de Covid-19

Proves COVID avaluar la presència del coronavirus. Segons el tipus de prova administrat, un resultat positiu indicarà que el pacient té una infecció activa (prova ràpida de PCR molecular o proves d'antigen de laboratori) o que ha tingut una infecció en algun moment (prova d'anticossos).  

Si una persona té símptomes compatibles amb la COVID i una prova d'antigen viral positiva, cal actuar. Aquesta acció serà matar el virus i aturar la propagació. Però, com que el coronavirus és tan contagiós, les persones amb símptomes lleus i sense altres condicions subjacents, experts recomanen l'assumpció d'una prova positiva i es posen en quarantena durant 10 dies a dues setmanes. [ACTUALITZACIÓ: A finals de desembre de 2021, el CDC va escurçar el període d'aïllament recomanat per a les persones que tenen COVID a 5 dies seguits de 5 dies d'emmascarament al voltant dels altres. Per a aquells que estan exposats a casos coneguts del virus, el CDC recomana una quarantena de 5 dies més 5 dies d'emmascarament per als no vacunats. O, 10 dies d'emmascarament si està vacunat i reforçat.] Encara un altre experts recomanem tractar persones asimptomàtiques si tenen una prova d'antigen COVID positiva. (Recerca, però, mostra que la infecciositat dels individus asimptomàtics és feble. El repte, però, és distingir els asimptomàtics dels presimptomàtics que són contagiosos.) El virus es mata tractant el pacient, permetent que el sistema de defensa del cos munti una resposta i aïlli el pacient mentre són contagiosos. La prevenció i la intervenció primerenca són les claus per gestionar la pandèmia. Aquest és el que ara és familiar "aplanament de la corba".

Aplanament de la corbaEn tractar amb el Zika, recomanacions de salut pública inclou prendre precaucions a casa que evitaran la incubació i el creixement dels mosquits: elimineu l'aigua estancada al vostre jardí, elimineu els possibles dipòsits com els pneumàtics vells. De la mateixa manera, recomanacions per reduir la propagació del coronavirus inclouen el distanciament físic, les màscares i l'augment de la higiene, com el rentat de mans i l'eliminació segura dels teixits usats.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Els factors externs com les xarxes socials i les fonts d'informació poden amplificar o minar la percepció del risc.")

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

El que no veig en l'actual pandèmia de COVID és un enfocament centrat, basat en dades i orientat. Fins i tot a Panamà, l'enfocament de salut pública de la pandèmia del Zika no era un únic. Era poc pràctic, perquè els recursos són limitats, lluitar contra els mosquits a tots els fronts i era impossible eliminar tots els vectors possibles. Així doncs, els recursos es van dedicar a aquells amb més risc en funció de la geografia i les condicions subjacents.  

 

COVID-19 Mesures de salut pública i socials

 

Amb la pandèmia de la COVID-19, també és impracticable evitar que tothom emmalalteixi. El que hem après és que té més sentit donar prioritat a la intervenció de salut pública als més vulnerables i a les poblacions en risc de tenir els resultats mèdics més pobres. Si seguim l'economia, tenim les dades per justificar dedicar més recursos i mesures de control a: Cartell de seguretat de les directrius del CDC Covid

  • Àrees d'alta densitat de població, tant geogràfiques com situacionals, ciutats, transport públic i viatges aeris.
  • Institucions que tenen persones amb condicions subjacents que contribuirien a resultats adversos si contreguessin coronavirus: hospitals, clíniques
  • Persones amb major risc de mortalitat si contreuen COVID-19, és a dir, la ancià a residències d'avis, comunitats de jubilats.
  • Estats amb climes més propicis per a la replicació del coronavirus. l'OMS adverteix que el virus s'estén a tots els climes, però hi ha variacions estacionals que mostren pics als mesos d'hivern
  • Les persones amb símptomes tenen un major risc de transmetre la malaltia a altres persones. Les proves s'han de centrar en aquesta població i s'han de prendre mesures ràpidament per aïllar i tractar.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Sembla que el fitxer Recomanacions provisionals de l'OMS de juny de 2021 s'inclinen en aquesta direcció. Les noves recomanacions inclouen mesures de salut pública i socials "adaptades als contextos locals". Les directrius de l'OMS estableixen que "les mesures [de salut pública i social] s'han d'implementar pel nivell administratiu més baix per al qual sigui possible l'avaluació de la situació i adaptar-se als entorns i condicions locals". En altres paraules, avaluar les dades al nivell més granular disponible i prendre mesures. Aquesta publicació també redueix encara més l'enfocament en una "nova secció sobre consideracions per a mesures individualitzades de salut pública basades en l'estat d'immunitat SARS-CoV-2 d'una persona després de la vacunació per COVID-19 o una infecció passada".

El COVID podria seguir la tendència de Zika?

 

Recompte de casos de Zika als EUA i territoris

 

Panamà i mundial Les dades mostren tendències similars per als casos de Zika. El progressió típica és que les pandèmies disminueixen a epidèmies, després endèmiques amb brots periòdics. Avui podem mirar enrere la pandèmia del Zika. Ofereixo una paraula d'esperança. Amb dades, experiència i temps, el coronavirus, com el virus Zika i tots els virus anteriors, seguirà el seu curs.

Lectura addicional: interessant, però simplement no encaixa

 

Com van acabar 5 de les pitjors pandèmies del món del Canal Història

Breu història de les pandèmies (pandèmies al llarg de la història)

Com acaben les pandèmies? La història suggereix que les malalties s'esvaeixen però gairebé mai desapareixen realment

Finalment, una altra arma contra el Covid 

Com Poop ofereix pistes sobre la propagació del coronavirus

La veritat darrere del pànic de la caca del coronavirus

 

BI/Analíticasense categoria
Desglosseu els vostres coneixements: una guia per a la neteja de primavera d'Analytics

Desglosseu els vostres coneixements: una guia per a la neteja de primavera d'Analytics

Desordena els teus coneixements Una guia per a la neteja de primavera d'Analytics L'any nou comença amb una explosió; Els informes de final d'any es creen i s'examinen, i després tothom s'estableix en un calendari de treball coherent. A mesura que els dies s'allarguen i els arbres i les flors floreixen,...

Més...