Boj s virem COVID-19 pomocí dat

by 17BI/Analytika0 komentáře

Odmítnutí odpovědnosti

 

Tento odstavec nepřeskakujte. Váhám, zda vstoupit do těchto sporných, často politických vod, ale napadla mě myšlenka, když jsem venčil svého psa, Demice. Získal jsem MD a od té doby jsem v nějaké formě zdravotní péče nebo poradenství. Za posledních 20 let jsem se naučil kritickému myšlení. Pro tým IBM, o kterém pojednávám v článku, jsem působil jako Data Scientist. Říkám, že mluvím jazyky medicíny a dat. Nejsem epidemiolog ani odborník na veřejné zdraví. Toto není zamýšleno jako obrana nebo kritika konkrétního jednotlivce nebo politiky. To, co zde uvádím, jsou pouze postřehy. Doufám, že rozvířím i vaše myšlenky.    

 

Boj proti viru Zika s daty

 

Nejprve moje zkušenost. V roce 2017 mě IBM vybralo z více než 2000 uchazečů, abych se zúčastnil pro bono projektu veřejného zdraví. Tým pěti z nás byl vyslán na měsíc do země Panama, abychom spolupracovali s tamním ministerstvem veřejného zdraví. Naším posláním bylo vytvořit a digital nástroj, který by usnadnil rychlejší a účinnější rozhodování týkající se několika infekčních chorob přenášených komáry; hlavní je Zika. 

Řešením bylo potrubí pro sdílení informací mezi terénními vyšetřovateli a tvůrci politik za účelem kontroly viru Zika a dalších infekčních chorob. Jinými slovy, vyvinuli jsme mobilní aplikaci, která nahradí jejich letitý manuální proces vysílání vektorových inspektorů do terénu. Včasná a přesná data snížila velikost a dobu trvání epidemie tím, že byla schopna lépe strategicky zacílit na oblasti – například městský blok – které potřebují nápravu.  

Od té doby pandemie Zika běží.  

Lidská akce neskončila pandemii Zika. Veřejná zdravotnická komunita pracovala na jejím potlačení prostřednictvím diagnostiky, vzdělávání a cestovních rad. Virus ale nakonec proběhl, infikoval velkou část populace a vyvinula se imunita stáda, čímž se šíření zastavilo.  Dnes je zika považována za endemickou v některých částech světa s dobovými výskyty.

Infografika přenosu ZikaV některých z nejdříve a nejsmrtelnější pandemie zemřeli téměř všichni, kdo onemocněli. S virem Zika: "Jakmile je velká část populace infikována, je imunní a ve skutečnosti chrání ostatní lidi před infekcí [neexistuje žádná vakcína, která by chránila proti Zika]."  To se stalo se Zikou. Epidemie v Severní a Jižní Americe skončila a výskyt Zika je nyní v roce 2021 velmi nízký. To je skvělá zpráva! Zika vyvrcholila v roce 2016, když představitelé Panamy požádali IBM, aby poslala pomoc v boji proti komárům. Převodovka Zika | Virus Zika | CDC

Korelace není kauzalita, ale po naší návštěvě Panamy pandemie Zika nadále slábla. Občas se objeví ohniska, ale od té doby nedosáhla stejné úrovně obav. Někteří očekávají, že se kyvadlo přehoupne zpět, protože přirozená imunita klesá a neexponovaní jedinci migrují do vysoce rizikových zón viru Zika.

 

Paralely pandemie Zika a COVID-19

 

Jak to souvisí s COVID-19? Oba patogeny, které jsou odpovědné za COVID-19 i Zika, jsou viry. Mají různé primární formy přenosu. Zika se přenáší především z komárů na člověka. Existují příležitosti pro přenos z člověka na člověka, ale hlavní forma přenosu je přímo od komára.

U koronaviru se ukázalo, že některá zvířata, jako netopýři a jelen, nesou virus, ale hlavní forma přenos je od člověka k člověku.

V souvislosti s nemocemi přenášenými komáry (Zika, Chikungunya, horečka dengue) bylo jedním z cílů panamského ministerstva zdravotnictví minimalizovat expozici viru snížením expozice přenašeči. V USA je kromě rychle vyvinuté vakcíny tzv primární veřejné zdraví opatření pro řešení COVID zahrnují snížení expozice a omezení šíření na ostatní. Mezi opatření ke zmírnění rizika pro ty, kteří jsou vystaveni vysokému riziku, patří maskování, fyzické distancování, izolace a předčasné zavírání mříží.

Omezování obou nemocí závisí na... ok, možná to je místo, kde to bude kontroverzní. Kromě osvěty a sdílení dat mohou být cíle v oblasti veřejného zdraví prevence nejzávažnějších následků zaměřeny na 1. eradikaci viru, 2. eradikaci přenašeče, 3. očkování/ochranu nejzranitelnějších (nejvyšší ohrožených osob). pro špatný výsledek), 4. stádní imunita nebo 5. nějaká kombinace výše uvedeného.  

Kvůli vektorům u jiných zvířat je nemožné tyto viry vymýtit (pokud nezačnete očkovat komáry a netopýry, myslím). Myslím, že také nemá smysl mluvit o vymýcení vektorů. Komáři jsou na obtíž, kromě toho, že přenášejí škodlivé nemoci, ale jsem si jistý, že slouží nějakému užitečnému účelu. Nedokážu si představit, že by forma života vyhynula, protože jsou lidem na obtíž.  

Pojďme se tedy bavit o očkování/ochraně rizikových skupin a imunitě stáda. Je zřejmé, že jsme dostatečně daleko v této pandemii, že úředníci veřejného zdraví a vlády již učinili tato rozhodnutí a rozhodli se pro další kroky. Nehádám přístup nebo dokonce házení kamenů s dokonalým nadhledem.  

Osoby s vyšším rizikem zahrnují starší dospělé ve věku 65 let a starší a osoby se závažným základním zdravotním stavem; věci jako srdeční onemocnění, cukrovka, obezita, imunokompromitovaná atd. K těm bychom přidali těhotné ženy pro Zika, protože může být přenesen intrautero. 

Stádová imunita je, když konkrétní populace dosáhne procenta jedinců, kteří jsou před nemocí chráněni buď vakcínou, nebo přirozenou imunitou. V tu chvíli je pro ty, kteří nejsou imunní, riziko onemocnění nízké, protože přenašečů je tak málo. Ti, kteří jsou vystaveni vysokému riziku, jsou tedy chráněni těmi, kteří byli dříve vystaveni. Stále se diskutuje o tom, jaké reálné procento populace (očkované + uzdravené protilátkami) by bylo potřeba k vytvoření stádní imunity proti koronaviru.

 

Válka v Panamě

 

S IBM Iniciativa Zika v Panamě se nám podařilo vyvinout telefonickou aplikaci v reálném čase s geolokačním značením, která by při plné implementaci mohla snížit závažnost i dobu trvání epidemií. Nahrazením pracného a chybového zaznamenávání a hlášení se data dostala k těm, kdo rozhodují, v hodinách místo týdnů. Úředníci veřejného zdraví na národní úrovni byli schopni porovnat hlášení o umístění komárů přenášejících nemoc v reálném čase s hlášeními o hospitalizovaných klinických případech v reálném čase. Ve válce proti viru Zika pak tito úředníci nasměrovali prostředky do těchto konkrétních míst, aby v této oblasti vymýtili komáry. 

Takže místo abroad kartáčový přístup k boji s nemocí, soustředili své úsilí na problémové oblasti a potenciální problémové oblasti. Při tom byli schopni lépe soustředit zdroje a byli schopni rychleji uhasit horká místa.

S tím vším jako pozadím se pokusím nakreslit nějaké paralely mezi pandemií Zika a naší současnou pandemií COVID. Jeden studovat v Journal of Midwifery & Women's Health provedl průzkum klinické literatury a rozhodl: „Mezi onemocněním [virem Zika] a COVID‐19 existují významné paralely, pokud jde o omezené diagnostické techniky, terapeutika a prognostické nejistoty. V obou pandemiích pacientům a lékařům chyběly informace, aby mohli činit informovaná rozhodnutí. Zprávy o veřejném zdraví byly v rámci stejné instituce často protichůdné. Dezinformace byly šířeny na platformách sociálních médií v době každé pandemie. Vážná vědecká debata dokonce vedla ke konspiračním teoriím. Není těžké si představit, že každá z těchto negativních reakcí na viry u zranitelných nebo vysoce rizikových jedinců.

 

Srovnání viru Zika a COVID-19: klinický přehled a veřejnost Zprávy o zdraví

 

Onemocnění virem Zika COVID-19
vektor Flavivirus: přenašeč komárů Aedes aegypti a Aedes albopictus 3 Koronavirus: kapičky, fomites 74
Přenos Komáři jsou primární přenašeči

Sexuální přenos 10

Přenáší se krevní transfuzí, laboratorní expozice 9

Přenáší se dýchacími kapkami 74

Pravděpodobně přenos vzduchem 75

Vertikální přenos během těhotenství Dochází k vertikálnímu přenosu z těhotné osoby na plod a je pravděpodobná vrozená infekce 9 Vertikální přenos/vrozená infekce je nepravděpodobná 76
Příznaky Často asymptomatické; mírné příznaky podobné chřipce, jako je horečka, artralgie, vyrážka a konjunktivitida 3 asymptomatické; také napodobuje normální rinoreu a fyziologickou dušnost během těhotenství 65
Diagnostické testování RT‐PCR, NAAT, PRNT, sérologie IgM 32

Vysoká míra falešně negativních a pozitivních výsledků 26

Zkřížená reakce imunoglobulinových sérologií s jinými endemickými flaviviry, jako je virus horečky dengue 26

Perinatální diagnostika limitovaná senzitivitou a specificitou ultrazvuku pro detekci virového poškození 20

RT‐PCR, NAAT, IgM sérologie 42

Citlivost se liší v závislosti na době expozice, technice odběru vzorků, zdroji vzorku 76

Rychlé antigenní testy (COVID‐19 Ag Respi‐Strip) jsou k dispozici, ale existují obavy ohledně jejich platnosti, přesnosti a výkonu 76

Pokračující nedostatek testovacích kapacit a laboratorních činidel 42

Léčiva Podpůrná péče

Vrozený syndrom Zika vyžaduje specializovanou péči, fyzikální terapii, farmakoterapeutika záchvatových onemocnění, korekce/protetika sluchových a optických deficitů 23

Podpůrná péče

Remdesivir se v těhotenství jeví jako bezpečný

Ostatní terapie (ribavirin, baricitinib) jsou teratogenní, embryotoxické 39

 

Zkratky: COVID‐19, koronavirové onemocnění 2019; IgM, imunoglobulin třídy M; NAAT, test amplifikace nukleové kyseliny; PRNT, neutralizační test redukce plaku; RT‐PCR, test reverzní transkripce polymerázové řetězové reakce.

Tento článek je volně dostupný prostřednictvím PubMed Central jako součást reakce na mimořádné události v oblasti veřejného zdraví COVID-19. Může být použit pro neomezené opakované použití a analýzu v jakékoli formě nebo jakýmikoli prostředky s uvedením původního zdroje po dobu trvání nouzového stavu veřejného zdraví. (upraveno autorem)

V naší zkušenosti se virem Zika v Panamě se při podomních kontrolách hledali komáři. Dnes používáme testy COVID k hledání koronaviru. Oba hledají důkazy o viru, označované jako inspekce vektorů. Inspekce vektorů hledá důkazy o potenciálních nosičích viru a podmínkách, které mu umožňují prosperovat.  

 

Porovnání COVID-19 s předchozími pandemiemi

 

Ve srovnání s jinými nedávnými epidemiemi je COVID-19 jedním z nejrozšířenějších, pokud jde o postižené země a počet zjištěných případů. Naštěstí je míra úmrtnosti (CFR) nižší než u jiných velkých epidemií.  

 

 

 

 

Zdroj:    Jak se koronavirus srovnává se SARS, prasečí chřipkou a dalšími epidemiemi

 

Koronavirus je smrtelnější než několik dalších nemocí, které nejsou zahrnuty v tomto grafu. Propuknutím prasečí chřipky (H2009N1) v roce 1 bylo celosvětově infikováno 700 milionů až 1.4 miliardy lidí, ale mělo CFR 0.02 %. V tomto grafu také není 500,000 2015 podezřelých případů viru Zika v letech 2016 a 18 a jeho 19 úmrtí. Aby byl COVID-2021 aktuálnější, od prosince XNUMX, Světlomet Webová stránka pro sledování koronaviru uvedla počet případů na 267,921,597 5,293,306 1.98 s 19 19 XNUMX úmrtími pro vypočtenou CFR XNUMX%. Protože COVID-XNUMX může být asymptomatický, jak je popsáno ve studii Journal of Midwifery & Women's Health, nemusí ani vědět, že jsou nemocní. Není důvod, aby tito lidé vyhledávali test, aby neskončili součástí jmenovatele. Jinými slovy, tento scénář může vést k tomu, že počet případů COVID-XNUMX bude vyšší, než ukazují statistiky.

V raných fázích pandemie jsou údaje z epidemiologického modelování, klinické diagnózy a účinnosti léčby často vzácné. Strategie v počáteční fázi zahrnují zrychlení testování a podávání zpráv, komunikaci a pokus o přípravu předpokládané kapacity pro vakcínu, testování a léčbu. Každý pak, ať už vědomý nebo ne, provede individuální hodnocení rizik na základě svého chápání závažnosti rizika, své vnímané schopnosti se s hrozbou vypořádat a důsledků hrozby. V dnešní společnosti pak tato přesvědčení posiluje nebo oslabuje dieta sociálních sítí a informačních zdrojů.

Časová osa testování Covid-19

Testy COVID vyhodnotit přítomnost koronaviru. V závislosti na typu test po podání bude pozitivní výsledek buď indikovat, že pacient má aktivní infekci (rychlý molekulární PCR test nebo laboratorní testy antigenu) nebo měl v určitém okamžiku infekci (test na protilátky).  

Pokud má osoba příznaky odpovídající COVID a pozitivní test na virový antigen, je třeba jednat. Tou akcí bude zabít virus a zastavit šíření. Ale protože je koronavirus tak nakažlivý, jedinci s mírnými příznaky a bez dalších základních onemocnění, odborníci doporučují předpoklad pozitivního testu a karanténu sami po dobu 10 dnů až dvou týdnů. [UPDATE: Koncem prosince 2021 CDC zkrátilo doporučenou dobu izolace pro jednotlivce, kteří mají COVID, na 5 dní, po kterých následuje 5 dní maskování kolem ostatních. Pro ty, kteří jsou vystaveni známým případům viru, CDC doporučuje 5denní karanténu plus 5 dnů maskování pro neočkované. Nebo 10 dní maskování, pokud se očkuje a posílí.] Ještě jiný odborníci doporučit léčbu asymptomatických jedinců, pokud mají pozitivní test na COVID antigen. (Články vyžadující průzkum, však ukazuje, že infekčnost asymptomatických jedinců je slabá. Výzva však spočívá v rozlišení asymptomatického od presymptomatického, což je nakažlivé.) Virus je zabit léčbou pacienta, což umožňuje obrannému systému těla zahájit reakci a izolovat pacienta, dokud je nakažlivý. Prevence a včasná intervence jsou klíčem ke zvládnutí pandemie. Toto je nyní známé, "zploštění křivky. "

Zploštění křivkyPři jednání se Zikou, doporučení veřejného zdraví zahrnovat domácí opatření, která by zabránila inkubaci a růstu komárů – odstraňte stojatou vodu na vašem dvoře, odstraňte potenciální nádrže, jako jsou staré pneumatiky. Podobně, doporučení ke snížení šíření Mezi koronaviry patří fyzické distancování, roušky a zvýšená hygiena, jako je mytí rukou a bezpečná likvidace použitých kapesníčků.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ („Vnější faktory, jako jsou sociální sítě a informační zdroje, mohou vnímání rizika buď zesílit, nebo podkopat.“)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

To, co v současné pandemii COVID nevidím, je cílený přístup založený na datech. Ani v Panamě nebyl přístup veřejného zdraví k pandemii Zika univerzální. Bylo nepraktické – protože zdroje jsou omezené – bojovat s komáry na každé frontě a nebylo možné eliminovat všechny možné přenašeče. Takže zdroje byly věnovány těm, kteří jsou nejvíce ohroženi na základě geografie a základních podmínek.  

 

COVID-19 veřejné zdraví a sociální opatření

 

S pandemií COVID-19 je rovněž nepraktické zabránit tomu, aby všichni onemocněli. Zjistili jsme, že je smysluplnější upřednostňovat zásahy v oblasti veřejného zdraví k těm nejzranitelnějším a k populacím ohroženým nejslabšími zdravotními výsledky. Pokud se budeme řídit ekonomikou, máme data, která opravňují věnovat více zdrojů a kontrolních opatření na: Bezpečnostní plakát CDC Covid Guidelines

  • Oblasti s vysokou hustotou obyvatelstva – geografické i situační – města, veřejná doprava a letecká doprava.
  • Instituce, ve kterých jsou lidé se základním onemocněním, které by přispělo k nepříznivým následkům, kdyby se nakazili koronavirem – nemocnice, kliniky
  • Osoby s vyšším rizikem úmrtnosti, pokud se nakazí COVID-19, jmenovitě starší v pečovatelských domech, komunitách důchodců.
  • Státy s klimatem příznivějším pro replikaci koronaviru. SZO varuje že virus se šíří ve všech klimatických podmínkách, ale existují sezónní variace, které vykazují špičky v zimních měsících
  • Jedinci s příznaky mají vyšší riziko přenosu onemocnění na ostatní. Testování by se mělo zaměřit na tuto populaci a měla by být přijata rychlá opatření k izolaci a léčbě.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Zdá se, že Průběžná doporučení WHO z června 2021 se přiklánějí tímto směrem. Nová doporučení zahrnují opatření v oblasti veřejného zdraví a sociální opatření „ušitá na míru místnímu kontextu“. Pokyny WHO nařizují, že „[veřejná zdravotní a sociální] opatření by měla zavádět nejnižší správní úroveň, pro kterou je možné situační hodnocení, a přizpůsobená místním podmínkám a podmínkám." Jinými slovy, vyhodnocování dat na nejpodrobnější dostupné úrovni a přijímání opatření. Tato publikace také dále zužuje zaměření v „nové části o úvahách o individuálních opatřeních v oblasti veřejného zdraví na základě stavu imunity osoby vůči SARS-CoV-2 po očkování proti COVID-19 nebo prodělané infekci“.

Mohl by COVID následovat Zika's Trend?

 

Počty případů Zika v USA a na teritoriích

 

Panama a celosvětový data ukazují podobné trendy pro případy Zika. The typická progrese je, že pandemie se zmenšují na epidemie, pak endemické s periodickými ohnisky. Dnes se můžeme ohlédnout za pandemií Zika. Nabízím slovo naděje. S daty, zkušenostmi a časem se koronavirus, stejně jako virus Zika a všechny předchozí viry, rozběhne.

Doplňkové čtení: Zajímavé, ale prostě se nevešlo

 

Jak skončilo 5 nejhorších pandemií na světě z kanálu History Channel

Stručná historie pandemií (Pandemie napříč historií)

Jak končí pandemie? Historie naznačuje, že nemoci odeznívají, ale téměř nikdy skutečně nezmizí

Konečně další zbraň proti Covidu 

Jak hovínko nabízí rady o šíření koronaviru

Pravda za koronavirovou hovínkovou panikou