Bekæmpelse af COVID-19-virussen med data

by Jan 17, 2022BI/Analytik0 kommentarer

Ansvarsfraskrivelse

 

Spring ikke dette afsnit over. Jeg tøver med at vade ud i disse omstridte, ofte politiske farvande, men en tanke kom til mig, mens jeg gik tur med min hund, Demic. Jeg fik en MD og har været i en form for sundhedspleje eller rådgivning siden. I løbet af de sidste 20+ år har jeg lært kritisk tænkning. For det IBM-team, jeg diskuterer i artiklen, fungerede jeg som Data Scientist. Jeg siger, at jeg taler medicinens og datasprogene. Jeg er ikke epidemiolog eller folkesundhedsekspert. Dette er ikke beregnet til at være et forsvar for eller kritik af en bestemt person eller politik. Det, jeg præsenterer her, er blot observationer. Det er mit håb også at vække dine tanker.    

 

Bekæmpelse af Zika med data

 

Først min erfaring. I 2017 blev jeg udvalgt af IBM blandt over 2000 ansøgere til at deltage i et pro bono folkesundhedsprojekt. Et hold på fem af os blev sendt til Panama-landet i en måned for at arbejde med den offentlige sundhedsafdeling der. Vores mission var at skabe en digital værktøj, der ville lette hurtigere og mere effektiv beslutningstagning i forbindelse med adskillige myggebårne infektionssygdomme; den vigtigste er Zika. 

Løsningen var en pipeline til informationsdeling mellem feltforskere og politiske beslutningstagere for at kontrollere Zika og andre infektionssygdomme. Med andre ord udviklede vi en mobilapplikation til at erstatte deres ældgamle manuelle proces med at sende vektorinspektører i marken. Rettidige, nøjagtige data reducerede udbruddets størrelse og varighed ved bedre at kunne målrette de områder – tænk byblok – der har brug for udbedring.  

Siden da har Zika-pandemien kørt sit forløb.  

Menneskelig handling afsluttede ikke Zika-pandemien. Folkesundhedssamfundet arbejdede på at begrænse det gennem diagnostik, uddannelse og rejserådgivning. Men i sidste ende løb virussen sin gang, inficerede en stor del af befolkningen, og flokimmunitet udviklede sig, hvilket standsede spredningen.  I dag betragtes Zika som endemisk i nogle dele af verden med periodeudbrud.

Zika Transmission InfographicI nogle af de tidligste og de dødeligste pandemier, næsten alle, der blev syge, døde. Med Zika: "Når en stor del af befolkningen er inficeret, er de immune, og de beskytter faktisk andre mennesker mod at blive smittet [der er ingen vaccine til at beskytte mod Zika]."  Det var, hvad der skete med Zika. Udbruddet er forbi i Amerika, og forekomsten af ​​Zika nu i 2021 er meget lav. Det er den store nyhed! Zika toppede i 2016, ligesom Panama-embedsmændene bad IBM om at sende hjælp til at bekæmpe myggene. Zika transmission | Zika Virus | CDC

Korrelation er ikke årsagssammenhæng, men efter vores besøg i Panama fortsatte Zika-pandemien med at aftage. Der er lejlighedsvise udbrud, men det har ikke siden nået det samme niveau af bekymring. Nogle forventer, at pendulet vil svinge tilbage, når den naturlige immunitet aftager, og ueksponerede individer migrerer ind i Zika-højrisikozoner.

 

Zika og COVID-19 Pandemic Parallels

 

Hvordan hænger dette sammen med COVID-19? Både patogenet, der er ansvarlig for både COVID-19 og Zika, er vira. De har forskellige primære former for transmission. Zika overføres hovedsageligt fra myg til mennesker. Der er muligheder for smitte fra menneske til menneske, men hovedformen for smitte er direkte fra myggen.

For coronavirus har det vist sig, at nogle dyr, som f.eks flagermus , hjorte, bærer virus, men den vigtigste form for transmission er menneske-til-menneske.

Med de myggebårne sygdomme (Zika, Chikungunya, denguefeber) var et mål for Panamas folkesundhedsministerium at minimere eksponeringen for virussen ved at reducere eksponeringen for vektoren. I USA, ud over den hurtigt udviklede vaccine primær folkesundhed foranstaltninger til at håndtere COVID omfatter reduktion af eksponering og begrænsning af spredning til andre. Afbødende foranstaltninger for dem, der er i høj risiko, har omfattet maskering, fysisk distancering, isolering og lukker barerne tidligt.

Inddæmningen af ​​begge sygdomme afhænger af … ok, måske er det her, det bliver kontroversielt. Ud over uddannelse og deling af data kan folkesundhedsmålene for forebyggelse af de alvorligste resultater fokuseres på 1. udryddelse af virussen, 2. udryddelse af vektoren, 3. vaccination/beskyttelse af de mest sårbare (individer med størst risiko) for et dårligt resultat), 4. flokimmunitet eller 5. en kombination af ovenstående.  

På grund af vektorer i andre dyr er det umuligt at udrydde disse vira (medmindre du begynder at vaccinere myg og flagermus, gætter jeg på). Jeg synes heller ikke, det giver mening at tale om at udrydde vektorerne. Myg er en plage ud over at bære skadelige sygdomme, men jeg er sikker på, at de tjener en slags nyttigt formål. Jeg kan ikke forestille mig at få en livsform til at uddø, fordi de er til gene for mennesker.  

Så lad os tale om vaccination/beskyttelse af højrisikogrupper og flokimmunitet. Det er klart, at vi er langt nok ind i denne pandemi til, at offentlige sundhedsembedsmænd og regeringer allerede har truffet disse beslutninger og har besluttet en fremgangsmåde. Jeg er ikke anden med at gætte tilgangen eller endda kaste med sten med perfekt bagklogskab.  

Personer med højere risiko omfatte ældre voksne 65 år og ældre og dem med alvorlige underliggende medicinske tilstande; ting som hjertesygdomme, diabetes, fedme, immunkompromitterede osv. Til dem vil vi tilføje gravide for Zika, fordi det kan overføres intrautero. 

Besætning immunitet er, når en specifik population når en procentdel af individer, der er beskyttet mod sygdommen enten ved vaccine eller gennem naturlig immunitet. På det tidspunkt er risikoen for sygdom lav for dem, der ikke er immune, fordi der er så få bærere. De med høj risiko er således beskyttet af dem, der tidligere har været udsat. Der er fortsat debat om, hvad en realistisk procent af befolkningen (vaccineret + restitueret med antistoffer) ville være nødvendig for at udgøre flokimmunitet mod coronavirus.

 

Krigen i Panama

 

Med IBM'er Zika initiativ i Panama var vi i stand til at udvikle en telefonbaseret applikation i realtid med geolokationsmærkning, som kunne reducere både alvorligheden og varigheden af ​​udbrud, når den er fuldt implementeret. Ved at erstatte den arbejdskrævende og fejltilbøjelige registrering og rapportering nåede dataene frem til beslutningstagerne i timer i stedet for uger. Offentlige sundhedsembedsmænd på nationalt plan var i stand til at sammenligne lokalitetsrapporter i realtid af sygdomsbærende myg med realtidsrapportering af indlagte kliniske tilfælde. I krigen mod Zika-virussen rettede disse embedsmænd derefter ressourcer til de specifikke steder for at udrydde myg i dette område. 

Så i stedet for abroad børstetilgang til at bekæmpe en sygdom, koncentrerede de deres indsats om problemområder og potentielle problemområder. På den måde var de bedre i stand til at fokusere ressourcer og var i stand til hurtigere at fjerne hot spots.

Med alt det som baggrund, vil jeg prøve at drage nogle paralleller mellem Zika-pandemien og vores nuværende COVID-pandemi. En studere i Journal of Midwifery & Women's Health gennemførte en undersøgelse af den kliniske litteratur og fastslog, "Der er betydelige paralleller mellem [Zika-virus]-sygdommen og COVID-19 med hensyn til begrænsede diagnostiske teknikker, terapier og prognostiske usikkerheder." I begge pandemier manglede patienter og klinikere information til at træffe informerede beslutninger. Folkesundhedsmeddelelser var ofte modstridende inden for den samme institution. Desinformation blev formidlet på de sociale medieplatforme på hver pandemis tid. Alvorlig videnskabelig debat førte endda til konspirationsteorier. Det er ikke svært at forestille sig, at hver af disse negativt påvirkede reaktioner på vira hos de sårbare eller højrisikopersoner.

 

En sammenligning af Zika Virus og COVID-19: Klinisk oversigt og offentlighed Sundhedsmeddelelser

 

Zika virus sygdom COVID-19
vektor Flavivirus: vektor Aedes aegypti og Aedes albopictus myg 3 Coronavirus: dråber, fomites 74
Transmissionsprojekter Myg er primær vektor

Seksuel transmission 10

Overføres ved blodtransfusion, laboratorieeksponering 9

Overføres af luftvejsdråber 74

Sandsynligvis luftbåren transmission 75

Lodret transmission under graviditet Lodret overførsel fra gravid person til foster forekommer, og medfødt infektion er sandsynlig 9 Vertikal transmission/medfødt infektion er usandsynlig 76
Symptomer Ofte asymptomatisk; milde influenzalignende symptomer såsom feber, artralgi, udslæt og conjunctivitis 3 Asymptomatisk; efterligner også normal rhinoré og fysiologisk dyspnø under graviditeten 65
Diagnostisk test RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM serologier 32

Høj andel af falske negative og positive 26

Krydsreaktion af immunoglobulinserologier med andre endemiske flavivira, såsom denguefebervirus 26

Perinatal diagnose begrænset af sensitivitet og specificitet af ultralyd til påvisning af viral skade 20

RT-PCR, NAAT, IgM serologier 42

Følsomheden varierer alt efter tid fra eksponering, prøvetagningsteknik, prøvekilde 76

Hurtige antigentests (COVID-19 Ag Respi-Strip) tilgængelige, men der er bekymringer om deres gyldighed, nøjagtighed og ydeevne 76

Fortsat mangel på testkapacitet og laboratoriereagenser 42

Therapeutics Støttende pleje

Medfødt Zika syndrom kræver specialiseret pleje, fysioterapi, farmako-terapeutika til anfaldsforstyrrelser, korrektion/proteser til auditive og optiske defekter 23

Støttende pleje

Remdesivir virker sikkert under graviditet

Andre behandlinger (ribavirin, baricitinib) er teratogene, embryotoksiske 39

 

Forkortelser: COVID-19, coronavirus sygdom 2019; IgM, immunoglobulin klasse M; NAAT, nukleinsyreamplifikationstest; PRNT, plakreduktionsneutraliseringstest; RT-PCR, revers transkription polymerase kædereaktion test.

Denne artikel gøres frit tilgængelig gennem PubMed Central som en del af COVID-19-beredskabet for folkesundheden. Det kan bruges til ubegrænset forskningsgenbrug og -analyse i enhver form eller på enhver måde med anerkendelse af den originale kilde, så længe den offentlige sundhedsnødsituation varer. (redigeret af forfatteren)

I vores Zika-oplevelse i Panama ledte dør-til-dør-inspektionerne efter myg. I dag bruger vi COVID-tests til at lede efter coronavirus. Begge leder efter beviser for virussen, kaldet vektorinspektion. Vektorinspektionen leder efter beviser for potentielle bærere af virussen og forhold, der gør det muligt for den at trives.  

 

Sammenligning af COVID-19 med tidligere pandemier

 

Sammenlignet med andre nylige epidemier er COVID-19 en af ​​de mere udbredte med hensyn til berørte lande og antallet af identificerede tilfælde. Heldigvis er Case Fatality Rate (CFR) lavere end andre større epidemier.  

 

 

 

 

Kilde:    Hvordan Coronavirus sammenligner med SARS, svineinfluenza og andre epidemier

 

Coronavirus rangerer mere dødelig end et par andre sygdomme, der ikke er inkluderet i dette diagram. Udbruddet af svineinfluenza (H2009N1) i 1 inficerede mellem 700 millioner og 1.4 milliarder mennesker globalt, men havde en CFR på 0.02 %. Heller ikke i dette diagram er de 500,000 mistænkte tilfælde af Zika-virus i 2015 og 2016 og dets 18 dødsfald. For at bringe COVID-19 mere up-to-date, fra december 2021, Worldomet er coronavirus-sporingswebsted satte antallet af tilfælde på 267,921,597 med 5,293,306 dødsfald for en beregnet CFR på 1.98 %. Fordi COVID-19 kan være asymptomatisk som beskrevet i Journal of Midwifery & Women's Health-undersøgelsen, ved de måske ikke engang, at de er syge. Der er ingen grund for disse mennesker til at opsøge en test, så de ikke ender med at blive en del af nævneren. Med andre ord kan dette scenarie føre til, at sagsraterne for COVID-19 er højere end statistikkerne viser.

I de tidlige faser af en pandemi er data fra epidemiologisk modellering, klinisk diagnose og behandlingseffektivitet ofte sparsomme. Strategier i den indledende fase omfatter optrapping af test og rapportering, kommunikation og forsøg på at forberede den forventede kapacitet til vaccine, test og behandling. Alle foretager derefter, uanset om de er bevidste eller ej, en individuel risikovurdering baseret på deres forståelse af risikoens sværhedsgrad, deres opfattede evne til at håndtere truslen og konsekvenserne af truslen. I dagens samfund bliver disse overbevisninger så styrket eller svækket af de sociale mediers og informationskilders kost.

Covid-19 testtidslinje

COVID-test vurdere tilstedeværelsen af ​​coronavirus. Afhængig af typen af prøve indgivet, vil et positivt resultat enten indikere, at patienten har en aktiv infektion (hurtig molekylær PCR-test eller laboratorieantigentest) eller har haft en infektion på et tidspunkt (antistoftest).  

Hvis en person har symptomer i overensstemmelse med COVID og en positiv viral antigentest, er handling berettiget. Denne handling vil være at dræbe virussen og stoppe spredningen. Men fordi coronavirus er så smitsomt, kan personer med milde symptomer og ingen andre underliggende tilstande, eksperter anbefale antagelsen om en positiv test og sætte sig i karantæne i 10 dage til to uger. [OPDATER: I slutningen af ​​december 2021 forkortede CDC den anbefalede isolationsperiode for personer, der har COVID, til 5 dage efterfulgt af 5 dages maskering omkring andre. For dem, der er udsat for kendte tilfælde af virussen, anbefaler CDC en 5 dages karantæne plus 5 dages maskering for de uvaccinerede. Eller 10 dages maskering, hvis vaccineret og boostet.] Endnu andet eksperter anbefaler behandling af asymptomatiske personer, hvis de har en positiv COVID-antigentest. (Forskningviser dog, at asymptomatiske individers smitteevne er svag. Udfordringen er imidlertid at skelne asymptomatisk fra præsymptomatisk, som er smitsom.) Virusset dræbes ved at behandle patienten, hvilket tillader kroppens forsvarssystem at reagere og isolere patienten, mens de er smitsomme. Forebyggelse og tidlig indsats er nøglerne til at håndtere pandemien. Dette er den nu velkendte, "udfladning af kurven".

Udfladning af kurvenI forbindelse med Zika, folkesundhedsanbefalinger inkludere at tage forholdsregler derhjemme, der ville forhindre inkubation og vækst af myg - eliminer stående vand i din have, fjern potentielle reservoirer som gamle dæk. Tilsvarende anbefalinger til at reducere spredningen af coronavirus omfatter fysisk distancering, masker og øget hygiejne, såsom håndvask og sikker bortskaffelse af brugte væv.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Eksterne faktorer såsom sociale netværk og informationskilder kan enten forstærke eller underminere risikoopfattelsen.")

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Hvad jeg ikke ser i den nuværende COVID-pandemi, er en fokuseret, datadrevet, målrettet tilgang. Selv i Panama var folkesundhedstilgangen til Zika-pandemien ikke en ensartet løsning. Det var upraktisk - fordi ressourcerne er begrænsede - at bekæmpe myg på alle fronter, og det var umuligt at eliminere alle mulige vektorer. Så ressourcer blev dedikeret til dem med størst risiko baseret på geografi og underliggende forhold.  

 

COVID-19 folkesundhed og sociale foranstaltninger

 

Med COVID-19-pandemien er det ligeledes upraktisk at forhindre, at alle nogensinde bliver syge. Det, vi har lært, er, at det giver mere mening at prioritere folkesundhedsintervention til de mest sårbare og til befolkninger, der er i fare for de dårligste medicinske resultater. Hvis vi følger økonomien, har vi dataene til at retfærdiggøre dedikering af flere ressourcer og kontrolforanstaltninger til: CDC Covid Guidelines Sikkerhedsplakat

  • Områder med høj befolkningstæthed – geografiske såvel som situationsbestemte – byer, offentlig transport og flyrejser.
  • Institutioner, der har mennesker med underliggende tilstande, som ville bidrage til uønskede resultater, hvis de fik coronavirus - hospitaler, klinikker
  • Personer med en højere risiko for dødelighed, hvis de får COVID-19, nemlig ældre på plejehjem, alderdomsfællesskaber.
  • Stater med klimaer, der er mere befordrende for replikation af coronavirus. WHO advarer at virussen spredes i alle klimaer, men der er årstidsvariationer, som viser spidser i vintermånederne
  • Personer med symptomer har en højere risiko for at overføre sygdommen til andre. Testning bør fokuseres på denne population, og der bør træffes foranstaltninger hurtigt for at isolere og behandle.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Det ser ud til, at Foreløbige anbefalinger fra WHO juni 2021 hælder i denne retning. Nye anbefalinger omfatter folkesundheds- og sociale foranstaltninger "skræddersyet til lokale sammenhænge". WHO's vejledning dikterer, at "[Folkesundhed og sociale] foranstaltninger bør implementeres af det laveste administrative niveau, for hvilket situationsvurdering er mulig og skræddersyet til lokale omgivelser og forhold." Med andre ord, at evaluere data på det mest granulære niveau, der er tilgængeligt, og handle. Denne publikation indsnævrer også fokus yderligere i et "nyt afsnit om overvejelser for individualiserede folkesundhedsforanstaltninger baseret på en persons SARS-CoV-2-immunitetsstatus efter COVID-19-vaccination eller tidligere infektion".

Kunne COVID følge Zikas trend?

 

Sagstæller af Zika i USA og territorier

 

Panama og verdensplan data viser lignende tendenser for Zika-tilfælde. Det typisk progression er, at pandemier mindskes til epidemier, derefter endemier med periodiske udbrud. I dag er vi i stand til at se tilbage på Zika-pandemien. Jeg giver et ord af håb. Med data, erfaring og tid vil coronavirus, ligesom Zika-virussen og alle vira før det, løbe sin gang.

Yderligere læsning: Interessant, men passede bare ikke

 

Hvordan 5 af verdens værste pandemier endte fra History Channel

Kort historie om pandemier (pandemier gennem historien)

Hvordan ender pandemier? Historien tyder på, at sygdomme forsvinder, men er næsten aldrig helt væk

Endelig endnu et våben mod Covid 

Hvordan poop giver tip om spredningen af ​​coronavirus

Sandheden bag corona-panikken