Taistele COVID-19-virusta vastaan ​​datan avulla

by Jan 17, 2022BI/Analytics0 kommentit

Vastuun kieltäminen

 

Älä ohita tätä kohtaa. En epäröi kahlata näille kiistanalaisille, usein poliittisille vesille, mutta mieleeni tuli ajatus, kun ulkoiluttasin koiraani Demiciä. Ansain MD ja olen siitä lähtien ollut jossain muodossa terveydenhuollossa tai konsulttina. Yli 20 vuoden aikana olen oppinut kriittistä ajattelua. Artikkelissa käsittelemässäni IBM-ryhmässä toimin Data Scientistina. Sanon puhuvani lääketieteen ja datan kieliä. En ole epidemiologi tai kansanterveyden asiantuntija. Tämän ei ole tarkoitus puolustaa tai kritisoida mitään tiettyä henkilöä tai politiikkaa kohtaan. Esitän tässä vain havaintoja. Toivon myös herättäväni ajatuksiasi.    

 

Zikan torjunta datan avulla

 

Ensinnäkin minun kokemukseni. Vuonna 2017 IBM valitsi minut yli 2000 hakijan joukosta osallistumaan pro bono kansanterveyshankkeeseen. Viiden hengen ryhmä lähetettiin kuukaudeksi Panamaan työskentelemään siellä kansanterveysosaston kanssa. Tehtävämme oli luoda a digital työkalu, joka helpottaisi nopeampaa ja tehokkaampaa päätöksentekoa useisiin hyttysten välittämiin tartuntatauteihin liittyen; tärkein on Zika. 

Ratkaisu oli tiedonjakoputki kenttätutkijoiden ja poliittisten päättäjien välillä Zikan ja muiden tartuntatautien torjumiseksi. Toisin sanoen kehitimme mobiilisovelluksen korvaamaan heidän ikivanhan manuaalisen prosessin vektorintarkastajien lähettämisestä kentälle. Oikea-aikaiset, tarkat tiedot vähensivät epidemian kokoa ja kestoa, koska ne pystyivät kohdistamaan paremmin strategisesti alueita – ajattele korttelia – jotka tarvitsevat kunnostusta.  

Siitä lähtien Zika-pandemia on kulkenut kulkuaan.  

Ihmisten toiminta ei lopettanut Zika-pandemiaa. Kansanterveysyhteisö työskenteli sen hillitsemiseksi diagnostiikan, koulutuksen ja matkustusohjeiden avulla. Mutta lopulta virus juoksi tiensä, tartutti suuren osan väestöstä ja lauman immuniteetti kehittyi, mikä pysäytti leviämisen.  Nykyään zikaa pidetään endeemisenä joissakin osissa maailmaa, ja siinä esiintyy ajanjakson puhkeamista.

Zika-lähetyksen infografiikkaJoissakin varhaisin ja tappavimmissa pandemioissa lähes kaikki sairastuneet kuolivat. Zikalla: "Kun suuri osa väestöstä on saanut tartunnan, he ovat immuuneja ja suojaavat muita ihmisiä tartunnan saamiselta [Zikalta ei ole rokotetta]."  Näin kävi Zikan kanssa. Epidemia on ohi Amerikassa ja Zikan ilmaantuvuus nyt vuonna 2021 on erittäin alhainen. Se on hieno uutinen! Zika saavutti huippunsa vuonna 2016, kun Panaman viranomaiset pyysivät IBM:tä lähettämään apua hyttysten torjuntaan. Zika-vaihteisto | Zika virus | CDC

Korrelaatio ei ole syy-yhteyttä, mutta Panaman vierailumme jälkeen Zika-pandemia jatkoi hiipumista. Ajoittain esiintyy taudinpurkauksia, mutta se ei ole sen jälkeen saavuttanut samaa huolen tasoa. Jotkut odottavat heilurin kääntyvän takaisin, kun luonnollinen immuniteetti heikkenee ja altistumattomat yksilöt siirtyvät Zika-riskin alueille.

 

Zika- ja COVID-19-pandemian rinnakkain

 

Miten tämä liittyy COVID-19:ään? Sekä COVID-19:stä että Zikasta vastuussa olevat taudinaiheuttajat ovat viruksia. Heillä on erilaisia ​​ensisijaisia ​​tartuntamuotoja. Zika tarttuu pääasiassa hyttysistä ihmisiin. Mahdollisuuksia tarttumiseen ihmisestä ihmiseen on, mutta pääasiallinen tartuntamuoto on suoraan hyttysestä.

Koronaviruksen osalta on osoitettu, että jotkut eläimet, kuten lepakot ja hirvi, kantavat virusta, mutta sen tärkein muoto siirto on ihmiseltä ihmiselle.

Hyttysten levittämien sairauksien (Zika, Chikungunya, Dengue-kuume) osalta yksi Panaman kansanterveysministeriön tavoitteista oli minimoida altistuminen virukselle vähentämällä altistumista vektorille. Yhdysvalloissa nopeasti kehittyneen rokotteen lisäksi ensisijainen kansanterveys toimenpiteitä COVIDin torjumiseksi ovat altistumisen vähentäminen ja leviämisen rajoittaminen muihin. Riskiryhmään kuuluvien lieventämistoimenpiteitä ovat olleet peittäminen, fyysinen etäisyys, eristäminen ja baarit sulkeminen aikaisin.

Molempien sairauksien hillitseminen riippuu… ok, ehkä tästä tulee kiistanalainen. Koulutuksen ja tiedon jakamisen lisäksi kansanterveystavoitteet vakavimpien seurausten ehkäisemisessä voidaan keskittyä 1. viruksen hävittämiseen, 2. vektorin hävittämiseen, 3. haavoittuvimpien (korkeimman riskin yksilöiden) rokottamiseen/suojelemiseen. huonon tuloksen vuoksi), 4. lauman immuniteetti tai 5. jokin edellä mainittujen yhdistelmä.  

Muiden eläinten vektoreiden vuoksi on mahdotonta hävittää näitä viruksia (ellet varmaan ala rokottaa hyttysiä ja lepakoita). Mielestäni ei myöskään ole järkevää puhua vektorien hävittämisestä. Hyttyset ovat haitallisia, sen lisäksi, että ne kantavat haitallisia sairauksia, mutta olen varma, että niillä on jonkinlainen hyödyllinen tarkoitus. En voi kuvitella, että elämänmuoto kuolisi sukupuuttoon, koska ne ovat haitaksi ihmisille.  

Puhutaanpa siis rokotuksista/riskiryhmien suojelusta ja lauman immuniteetista. Ilmeisesti olemme niin pitkällä tässä pandemiassa, että kansanterveysviranomaiset ja hallitukset ovat jo tehneet nämä päätökset ja päättäneet toimintatavasta. En ole toinen arvaamaan lähestymistapaa tai edes heittämään kiviä täydellisesti jälkikäteen.  

Suuremman riskin henkilöt 65-vuotiaat ja sitä vanhemmat aikuiset ja vakavia perussairauksia sairastavat; asioita, kuten sydänsairaudet, diabetes, liikalihavuus, immuunipuutos jne. Lisätään niihin raskaana olevat naiset Zikalle, koska se voidaan siirtää kohdunsisäisesti. 

Väestön vastustuskyky on, kun tietty populaatio saavuttaa prosenttiosuuden yksilöistä, jotka on suojattu taudilta joko rokotteella tai luonnollisella immuniteetilla. Siinä vaiheessa niillä, jotka eivät ole immuuneja, sairauden riski on pieni, koska kantajia on niin vähän. Näin ollen riskialttiita suojelevat ne, jotka ovat aiemmin altistuneet. Keskustelu jatkuu siitä, mikä realistinen prosentti väestöstä (rokotettu + vasta-aineilla toipunut) tarvittaisiin muodostamaan laumaimmuniteetti koronavirukselle.

 

Sota Panamassa

 

IBM:n kanssa Zika-aloite Panamassa pystyimme kehittämään reaaliaikaisen puhelinpohjaisen sovelluksen maantieteellisellä merkinnällä, joka pystyisi täysin toteutettuaan vähentämään epidemioiden vakavuutta ja kestoa. Korvaamalla työvaltaisen ja virheherkän tallennuksen ja raportoinnin tiedot saavuttivat päättäjät tunteissa viikkojen sijaan. Kansallisen tason kansanterveysviranomaiset pystyivät vertaamaan tauteja kantavien hyttysten reaaliaikaisia ​​sijaintiraportteja sairaalassa olleiden kliinisten tapausten reaaliaikaisiin raportointiin. Zika-viruksen vastaisessa sodassa nämä viranomaiset ohjasivat sitten resursseja kyseisiin paikkoihin hyttysten hävittämiseksi kyseiseltä alueelta. 

Joten ab:n sijaanroad sivellin lähestymistapa taudin torjuntaan, he keskittivät voimansa ongelma-alueille ja mahdollisille ongelma-alueille. Näin tehdessään he pystyivät paremmin keskittämään resursseja ja pystyivät nopeammin tukahduttamaan kuumat kohdat.

Kaiken tämän taustalla, yritän vetää rinnastuksia Zika-pandemian ja nykyisen COVID-pandemiamme välille. Yksi opiskella Journal of Midwifery & Women's Health suoritti tutkimuksen kliinisestä kirjallisuudesta ja totesi: "[Zika-virus]taudin ja COVID-19:n välillä on merkittäviä yhtäläisyyksiä rajoitettujen diagnostisten tekniikoiden, terapeuttisten menetelmien ja ennusteen epävarmuustekijöiden suhteen." Molemmissa pandemioissa potilailla ja kliinikoilla ei ollut tietoa tehdäkseen perusteltuja päätöksiä. Kansanterveysviestintä oli usein ristiriitaista saman laitoksen sisällä. Disinformaatiota levitettiin sosiaalisen median alustoilla jokaisen pandemian aikaan. Vakava tieteellinen keskustelu johti jopa salaliittoteorioihin. Ei ole vaikea kuvitella, että jokainen näistä vaikutti negatiivisesti haavoittuvien tai riskialttiiden henkilöiden viruksiin.

 

Zika-viruksen ja COVID-19:n vertailu: kliininen yleiskatsaus ja julkinen Terveysviestit

 

Zika virustauti COVID-19
vektori Flavivirus: vektori Aedes aegypti ja Aedes albopictus -hyttyset 3 Koronavirus: pisaroita, fomiitteja 74
lähetys Hyttyset ovat ensisijainen vektori

Seksuaalinen siirto 10

Tarttuu verensiirron kautta, laboratorioaltistus 9

Tarttuu hengityspisaroiden välityksellä 74

Todennäköinen ilmateitse tapahtuva siirto 75

Pystysuuntainen siirto raskauden aikana Pystysuora siirtyminen raskaana olevasta henkilöstä sikiöön tapahtuu, ja synnynnäinen infektio on todennäköinen 9 Pystysuuntainen tartunta/synnynnäinen infektio on epätodennäköistä 76
oireet Usein oireeton; lieviä flunssan kaltaisia ​​oireita, kuten kuume, nivelkipu, ihottuma ja sidekalvotulehdus 3 Oireeton; jäljittelee myös normaalia rinorreaa ja raskauden fysiologista hengenahdistusta 65
Diagnostinen testaus RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM serologiat 32

Suuri väärien negatiivisten ja positiivisten tulosten määrä 26

Immunoglobuliiniserologioiden ristireaktio muiden endeemisten flavivirusten, kuten denguekuumeviruksen kanssa 26

Perinataalista diagnoosia rajoittaa ultraäänen herkkyys ja spesifisyys virusvaurion havaitsemiseksi 20

RT-PCR, NAAT, IgM serologiat 42

Herkkyys vaihtelee altistumisajan, näytteenottotekniikan ja näytteen lähteen mukaan 76

Nopeat antigeenitestit (COVID-19 Ag Respi-Strip) ovat saatavilla, mutta niiden pätevyydestä, tarkkuudesta ja suorituskyvystä on huolia 76

Testauskapasiteetin ja laboratorioreagenssien jatkuva puute 42

terapeutiikka Tukevaa hoitoa

Synnynnäinen Zika-oireyhtymä vaatii erikoishoitoa, fysioterapiaa, lääkehoitoa kouristushäiriöiden hoitoon, korjausta/proteesia kuulo- ja näkövammaisille 23

Tukevaa hoitoa

Remdesivir näyttää turvalliselta raskauden aikana

Muut hoidot (ribaviriini, baritsitinibi) ovat teratogeenisiä, alkiotoksisia 39

 

Lyhenteet: COVID‐19, koronavirustauti 2019; IgM, immunoglobuliiniluokka M; NAAT, nukleiinihappoamplifikaatiotesti; PRNT, plakin vähentämisen neutralointitesti; RT-PCR, käänteistranskriptiopolymeraasiketjureaktiotesti.

Tämä artikkeli on vapaasti saatavilla PubMed Centralin kautta osana COVID-19-kansanterveyshätätoimia. Sitä voidaan käyttää rajoittamattomaan tutkimuksen uudelleenkäyttöön ja analysointiin missä tahansa muodossa tai millä tahansa tavalla alkuperäisen lähteen tunnustamisella kansanterveyshätätilanteen ajan. (tekijän muokkaama)

Panaman Zika-kokemuksemme mukaan ovelta ovelle -tarkastuksessa etsittiin hyttysiä. Nykyään käytämme COVID-testejä koronaviruksen etsimiseen. Molemmat etsivät todisteita viruksesta, jota kutsutaan vektorin tarkastukseksi. Vektoritarkastus etsii todisteita mahdollisista viruksen kantajista ja olosuhteista, jotka mahdollistavat sen menestymisen.  

 

Vertaamalla COVID-19:ää aikaisempiin pandemioihin

 

Verrattuna muihin viimeaikaisiin epidemioihin, COVID-19 on yksi levinneimmistä tartuntamaiden ja tunnistettujen tapausten lukumäärän perusteella. Onneksi tapausten kuolleisuusaste (CFR) on pienempi kuin muut suuret epidemiat.  

 

 

 

 

Lähde:    Kuinka koronavirusta verrataan SARSiin, sikainfluenssaan ja muihin epidemioihin

 

Koronavirus on tappavampi kuin pari muuta tautia, jotka eivät sisälly tähän kaavioon. Vuoden 2009 sikainfluenssan (H1N1) puhkeaminen tartutti 700–1.4 miljardia ihmistä maailmanlaajuisesti, mutta CFR oli 0.02 prosenttia. Tässä kaaviossa ei ole myöskään 500,000 2015 epäiltyä Zika-virustapausta vuosina 2016 ja 18 ja sen 19 kuolemaa. Jotta COVID-2021 olisi ajan tasalla, joulukuusta XNUMX alkaen Worldomet on koronavirusseurantasivusto arvioi tapausten lukumääräksi 267,921,597 5,293,306 1.98 tapausta ja 19 19 XNUMX kuolemantapausta XNUMX prosentin laskennallisella CFR:llä. Koska COVID-XNUMX voi olla oireeton, kuten Journal of Midwifery & Women's Health -tutkimuksessa kuvataan, he eivät ehkä edes tiedä olevansa sairaita. Näillä ihmisillä ei ole mitään syytä etsiä testiä, jotta he eivät päädy osaksi nimittäjää. Toisin sanoen tämä skenaario voi johtaa siihen, että COVID-XNUMX-tapausten määrä on korkeampi kuin tilastot osoittavat.

Pandemian alkuvaiheessa epidemiologisen mallinnuksen, kliinisen diagnoosin ja hoidon tehokkuuden tiedot ovat usein niukkoja. Alkuvaiheen strategioihin kuuluu testauksen ja raportoinnin tehostaminen, viestintä ja odotetun kapasiteetin valmistaminen rokotteita, testauksia ja hoitoa varten. Tämän jälkeen jokainen, olipa tietoinen tai ei, tekee henkilökohtaisen riskiarvioinnin, joka perustuu ymmärrykseensä riskin vakavuudesta, kokemansa kykynsä käsitellä uhkaa ja uhan seurauksia. Nyky-yhteiskunnassa sosiaalisen median ja tietolähteiden ruokavalio vahvistaa tai heikentää näitä uskomuksia.

Covid-19-testauksen aikajana

COVID-testit arvioi koronaviruksen olemassaoloa. Riippuen tyypistä testi positiivinen tulos joko osoittaa, että potilaalla on aktiivinen infektio (nopea molekyyli-PCR-testi tai laboratorioantigeenitestit) tai että potilaalla on jossain vaiheessa ollut infektio (vasta-ainetesti).  

Jos henkilöllä on COVID-oireita ja virusantigeenitesti on positiivinen, toimenpiteet ovat perusteltuja. Tämä toimenpide on viruksen tappaminen ja leviämisen pysäyttäminen. Mutta koska koronavirus on niin tarttuva, henkilöt, joilla on lieviä oireita ja joilla ei ole muita perussairauksia, asiantuntijat suosittelevat positiivisen testin oletusta ja asettamaan itsensä karanteeniin 10 päivästä kahteen viikkoon. [PÄIVITYS: Joulukuun 2021 lopulla CDC lyhensi COVID-tautia sairastavien henkilöiden suositeltua eristysaikaa viiteen päivään, jota seurasi 5 päivää muiden ympärillä peittämistä. Niille, jotka ovat altistuneet tunnetuille virustapauksille, CDC suosittelee 5 päivän karanteenia sekä 5 päivän naamiointia rokottamattomille. Tai 5 päivää naamiointia, jos rokotetaan ja tehostetaan.] Vielä muuta asiantuntijat suosittelemme oireettomien henkilöiden hoitoa, jos heillä on positiivinen COVID-antigeenitesti. (tutkimusosoittaa kuitenkin, että oireettomien yksilöiden tarttuvuus on heikko. Haasteena on kuitenkin erottaa oireeton ja pre-oireinen, joka on tarttuva.) Virus tapetaan hoitamalla potilasta, jolloin kehon puolustusjärjestelmä pystyy reagoimaan ja eristää potilaan, kun hän on tarttuva. Ennaltaehkäisy ja varhainen puuttuminen ovat avaimia pandemian hallinnassa. Tämä on nyt tuttua "käyrän litistäminen"

Käyrän litistäminenZikan kanssa tekemisissä kansanterveyssuositukset sisältää varotoimet kotona, jotka estävät hyttysten itämisen ja kasvun – poista seisova vesi pihaltasi, poista mahdolliset säiliöt, kuten vanhat renkaat. Samoin, suosituksia leviämisen vähentämiseksi Koronaviruksen leviämiseen kuuluvat fyysinen etäisyys, naamarit ja lisääntynyt hygienia, kuten käsien pesu ja käytettyjen pyyhkeiden turvallinen hävittäminen.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Ulkoiset tekijät, kuten sosiaaliset verkostot ja tietolähteet, voivat joko vahvistaa tai heikentää riskin käsitystä."

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Se, mitä en näe nykyisessä COVID-pandemiassa, on kohdennettu, datalähtöinen ja kohdennettu lähestymistapa. Jopa Panamassa kansanterveyden lähestymistapa Zika-pandemiaan ei ollut yksi kokoinen. Oli epäkäytännöllistä – koska resurssit ovat rajalliset – hyttysiä vastaan ​​taistella kaikilla rintamilla, ja kaikkia mahdollisia vektoreita oli mahdotonta eliminoida. Joten resurssit omistettiin niille, joilla on suurin riski maantieteellisen sijainnin ja taustalla olevien olosuhteiden perusteella.  

 

COVID-19 kansanterveys- ja sosiaalitoimet

 

COVID-19-pandemian vuoksi on myös epäkäytännöllistä estää kaikkia koskaan sairastumasta. Olemme oppineet, että on järkevämpää priorisoida kansanterveystoimet kaikkein heikoimmassa asemassa oleville ja väestöryhmille, jotka ovat vaarassa saada huonoimmat lääketieteelliset tulokset. Jos seuraamme taloutta, meillä on tiedot, jotka oikeuttavat omistamaan enemmän resursseja ja valvontatoimenpiteitä: CDC Covid Guidelines -turvallisuusjuliste

  • Tiheästi asutut alueet – niin maantieteelliset kuin tilannekohtaiset – kaupungit, joukkoliikenne ja lentoliikenne.
  • Laitokset, joissa on ihmisiä, joilla on taustalla olevia sairauksia, jotka vaikuttaisivat haitallisiin seurauksiin, jos he saisivat koronaviruksen – sairaalat, klinikat
  • Henkilöt, joilla on suurempi kuolleisuusriski, jos he saavat COVID-19-tartunnan, nimittäin vanhukset hoitokodeissa, eläkeyhteisöissä.
  • Valtiot, joiden ilmasto on suotuisampi koronaviruksen lisääntymiselle. WHO varoittaa että virus leviää kaikissa ilmastoissa, mutta on kausivaihteluita, jotka osoittavat piikkejä talvikuukausina
  • Oireista kärsivillä on suurempi riski tarttua tautiin muille. Testaus tulee keskittyä tähän populaatioon ja toimia nopeasti sen eristämiseksi ja hoitamiseksi.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Näyttää siltä, ​​että WHO:n kesäkuun 2021 väliaikaiset suositukset kallistuvat tähän suuntaan. Uusiin suosituksiin kuuluvat kansanterveys- ja sosiaalitoimet, jotka on räätälöity paikallisiin olosuhteisiin. WHO:n ohjeistuksen mukaan "[Kansanterveys- ja sosiaalitoimet] tulee toteuttaa alimmalla hallinnollisella tasolla, jolla tilannearviointi on mahdollista, ja räätälöity paikallisiin olosuhteisiin." Toisin sanoen tietojen arvioiminen kaikkein yksityiskohtaisimmalla saatavilla olevalla tasolla ja toimenpiteisiin ryhtyminen. Tämä julkaisu myös kaventaa painopistettä "uudessa osiossa, jossa käsitellään yksilöllisiä kansanterveystoimenpiteitä, jotka perustuvat henkilön SARS-CoV-2-immuniteettistatukseen COVID-19-rokotuksen tai aiemman infektion jälkeen".

Voisiko COVID seurata Zikan trendiä?

 

Zika-tapaukset Yhdysvalloissa ja alueilla

 

Panama ja maailmanlaajuisesti tiedot osoittavat samanlaisia ​​suuntauksia Zika-tapauksissa. The tyypillinen eteneminen on se, että pandemiat vähenevät epidemioiksi, sitten endeemiksi, joissa esiintyy ajoittain. Tänään voimme katsoa taaksepäin Zika-pandemiaan. Annan toivon sanan. Tiedon, kokemuksen ja ajan myötä koronavirus, kuten Zika-virus ja kaikki virukset ennen sitä, kulkee kulkuaan.

Lisälukemista: Mielenkiintoista, mutta ei vain sopinut

 

Kuinka 5 maailman pahimmasta pandemiasta päättyi Historia-kanavalta

Pandemioiden lyhyt historia (pandemiat läpi historian)

Miten pandemiat päättyvät? Historia viittaa siihen, että sairaudet häviävät, mutta ne eivät ole koskaan todella kadonneet

Lopuksi toinen ase Covidia vastaan 

Kuinka Poop tarjoaa vihjeitä koronaviruksen leviämisestä

Totuus koronaviruksen kakkapanikin takana