Combattre le virus COVID-19 avec les données

by Le 17 janvier 2022BI/Analytique0 commentaires

Clause de non-responsabilité 

 

Ne sautez pas ce paragraphe. J'hésite à patauger dans ces eaux litigieuses, souvent politiques, mais une pensée m'est venue alors que je promenais mon chien, Demic. J'ai obtenu un doctorat en médecine et j'ai été dans une certaine forme de soins de santé ou de consultation depuis. Au cours des 20 dernières années, j'ai appris la pensée critique. Pour l'équipe IBM dont je parle dans l'article, j'ai agi en tant que Data Scientist. Je dis que je parle les langages de la médecine et des données. Je ne suis ni épidémiologiste ni expert en santé publique. Ceci n'est pas destiné à être une défense ou une critique d'un individu ou d'une politique en particulier. Ce que je présente ici ne sont que des observations. J'espère également susciter vos pensées.    

 

Combattre Zika avec des données

 

Tout d'abord, mon expérience. En 2017, j'ai été sélectionné par IBM parmi plus de 2000 candidats, pour participer à un projet de santé publique pro bono. Une équipe de cinq d'entre nous a été envoyée au pays de Panama pendant un mois pour travailler avec le service de santé publique là-bas. Notre mission était de créer un digital outil qui faciliterait une prise de décision plus rapide et efficace concernant plusieurs maladies infectieuses transmises par les moustiques; le principal étant Zika. 

La solution était un pipeline de partage d'informations entre les enquêteurs de terrain et les décideurs politiques pour contrôler Zika et d'autres maladies infectieuses. En d'autres termes, nous avons développé une application mobile pour remplacer leur processus manuel séculaire consistant à envoyer des inspecteurs de vecteurs sur le terrain. Des données opportunes et précises ont réduit la taille et la durée de l'épidémie en étant en mesure de mieux cibler stratégiquement les zones - pensez aux pâtés de maisons - qui nécessitent des mesures correctives.  

Depuis lors, la pandémie de Zika a suivi son cours.  

L'action humaine n'a pas mis fin à la pandémie de Zika. La communauté de la santé publique s'est efforcée de la contenir, par le biais de diagnostics, d'éducation et d'avis aux voyageurs. Mais finalement, le virus a suivi son cours, infecté une grande partie de la population et l'immunité collective s'est développée, stoppant ainsi la propagation.  Aujourd'hui, Zika est considéré comme endémique dans certaines parties du monde avec des poussées menstruelles.

Infographie sur la transmission du ZikaDans certains des le plus tôt et les pandémies les plus meurtrières à peu près tous ceux qui sont tombés malades sont morts. Avec Zika, "une fois qu'une grande partie de la population est infectée, elle est immunisée et elle protège en fait les autres personnes contre l'infection [il n'y a pas de vaccin pour se protéger contre Zika]".  C'est ce qui s'est passé avec Zika. L'épidémie est terminée dans les Amériques et l'incidence de Zika maintenant en 2021 est très faible. C'est la bonne nouvelle ! Zika a culminé en 2016 au moment même où les responsables panaméens ont demandé à IBM d'envoyer de l'aide pour lutter contre les moustiques. Transmission Zika | Virus Zika | CDC

Corrélation n'est pas causalité, mais après notre visite au Panama, la pandémie de Zika a continué de décliner. Il y a des épidémies occasionnelles, mais cela n'a pas atteint le même niveau de préoccupation depuis. Certains s'attendent à ce que le pendule revienne à mesure que l'immunité naturelle diminue et que les individus non exposés migrent vers les zones à haut risque Zika.

 

Parallèles entre le Zika et la pandémie de COVID-19

 

Quel est le lien avec le COVID-19 ? L'agent pathogène responsable à la fois du COVID-19 et du Zika sont des virus. Ils ont différentes formes primaires de transmission. Zika est principalement transmis des moustiques aux humains. Il existe des possibilités de transmission interhumaine, mais la principale forme de transmission provient directement du moustique.

Pour le coronavirus, il a été démontré que certains animaux, comme chauves-souris et cerf, sont porteurs du virus, mais la principale forme de transmission est d'humain à humain.

Avec les maladies transmises par les moustiques (Zika, Chikungunya, Dengue), l'un des objectifs du ministère de la santé publique du Panama était de minimiser l'exposition au virus en réduisant l'exposition au vecteur. Aux États-Unis, en plus du vaccin développé rapidement, le santé publique primaire les mesures pour lutter contre le COVID comprennent la réduction de l'exposition et la limitation de la propagation aux autres. Les mesures d'atténuation pour les personnes à haut risque comprennent le port du masque, l'éloignement physique, l'isolement et fermer les bars plus tôt.

Le confinement des deux maladies dépend de… ok, c'est peut-être là que ça devient controversé. Outre l'éducation et le partage des données, les objectifs de santé publique de prévention des conséquences les plus graves peuvent être axés sur 1. l'éradication du virus, 2. l'éradication du vecteur, 3. la vaccination/protection des plus vulnérables (individus les plus à risque pour un mauvais résultat), 4. immunité collective, ou 5. une combinaison de ce qui précède.  

À cause des vecteurs chez d'autres animaux, il est impossible d'éradiquer ces virus (à moins que vous ne commenciez à vacciner les moustiques et les chauves-souris, je suppose). Je pense que cela n'a pas non plus de sens de parler d'éradication des vecteurs. Les moustiques sont une nuisance, en plus de transporter des maladies nocives, mais je suis sûr qu'ils ont une sorte de but utile. Je ne peux pas imaginer faire disparaître une forme de vie parce qu'elle est une nuisance pour les humains.  

Parlons donc de la vaccination/protection des groupes à haut risque et de l'immunité collective. De toute évidence, nous sommes suffisamment avancés dans cette pandémie pour que les responsables de la santé publique et les gouvernements aient déjà pris ces décisions et décidé d'un plan d'action. Je ne suis pas en train de deviner l'approche ou même de lancer des pierres avec un recul parfait.  

Personnes à haut risque inclure les personnes âgées de 65 ans et plus et les personnes souffrant de problèmes médicaux sous-jacents graves ; des choses comme les maladies cardiaques, le diabète, l'obésité, les personnes immunodéprimées, etc. À celles-ci, nous ajouterions femmes enceintes pour Zika car il peut être transféré intra-utéro. 

Immunité du troupeau c'est lorsqu'une population spécifique atteint un pourcentage d'individus protégés contre la maladie soit par le vaccin, soit par l'immunité naturelle. À ce stade, pour ceux qui ne sont pas immunisés, le risque de maladie est faible, car il y a si peu de porteurs. Ainsi, les personnes à haut risque sont protégées par celles qui ont été précédemment exposées. Le débat demeure sur le pourcentage réaliste de la population (vaccinée + récupérée avec des anticorps) qui serait nécessaire pour constituer une immunité collective contre le coronavirus.

 

La guerre au Panama

 

Avec IBM Initiative Zika au Panama, nous avons pu développer une application téléphonique en temps réel avec marquage de géolocalisation, qui pourrait réduire à la fois la gravité et la durée des épidémies une fois pleinement mise en œuvre. En remplaçant l'enregistrement et la création de rapports à forte intensité de main-d'œuvre et sujets aux erreurs, les données sont parvenues aux décideurs en quelques heures au lieu de plusieurs semaines. Les responsables de la santé publique au niveau national ont pu comparer les rapports de localisation en temps réel des moustiques porteurs de maladies avec les rapports en temps réel des cas cliniques hospitalisés. Dans la guerre contre le virus Zika, ces responsables ont ensuite dirigé des ressources vers ces endroits spécifiques pour éradiquer les moustiques dans cette zone. 

Ainsi, au lieu de abroad approche de brouillon pour lutter contre une maladie, ils ont concentré leurs efforts sur les zones à problèmes et les zones à problèmes potentiels. Ce faisant, ils ont pu mieux concentrer les ressources et ont pu éliminer plus rapidement les points chauds.

Avec tout cela en arrière-plan, je vais essayer d'établir des parallèles entre la pandémie de Zika et notre pandémie actuelle de COVID. Un étude dans le Journal of Midwifery & Women's Health a mené une enquête sur la littérature clinique et a déterminé : « Il existe des parallèles significatifs entre la maladie [à virus Zika] et la COVID-19 en termes de techniques de diagnostic limitées, de traitements et d'incertitudes pronostiques. » Dans les deux pandémies, les patients et les cliniciens manquaient d'informations pour prendre des décisions éclairées. Les messages de santé publique étaient souvent contradictoires au sein d'une même institution. La désinformation a été diffusée sur les plateformes de médias sociaux à l'époque de chaque pandémie. Un débat scientifique sérieux a même conduit à des théories du complot. Il n'est pas difficile d'imaginer que chacune de ces réponses négatives aux virus chez les personnes vulnérables ou à haut risque.

 

Une comparaison du virus Zika et de la COVID‐19 : aperçu clinique et public Messagerie de santé

 

Maladie à virus Zika COVID-19 [FEMININE
vecteur Flavivirus : moustiques vecteurs Aedes aegypti et Aedes albopictus 3 Coronavirus : gouttelettes, fomites 74
Transmission Les moustiques sont le principal vecteur

Transmission sexuelle 10

Transmis par transfusion sanguine, exposition en laboratoire 9

Transmis par les gouttelettes respiratoires 74

Transmission aérienne probable 75

Transmission verticale pendant la grossesse La transmission verticale de la personne enceinte au fœtus se produit et une infection congénitale est probable 9 La transmission verticale/infection congénitale est peu probable 76
Symptômes Souvent asymptomatique; symptômes pseudo-grippaux légers tels que fièvre, arthralgie, éruption cutanée et conjonctivite 3 Asymptomatique ; imite également la rhinorrhée normale et la dyspnée physiologique de la grossesse 65
Test de diagnostic Sérologies RT‐PCR, NAAT, PRNT, IgM 32

Taux élevé de faux négatifs et positifs 26

Réaction croisée des sérologies d'immunoglobuline avec d'autres flavivirus endémiques, tels que le virus de la dengue 26

Diagnostic périnatal limité par la sensibilité et la spécificité de l'échographie pour la détection des lésions virales 20

RT‐PCR, NAAT, sérologies IgM 42

La sensibilité varie selon le temps écoulé depuis l'exposition, la technique d'échantillonnage, la source de l'échantillon 76

Tests antigéniques rapides (COVID‐19 Ag Respi‐Strip) disponibles, mais il y a des inquiétudes quant à leur validité, leur précision et leurs performances 76

Manque persistant de capacité de test et de réactifs de laboratoire 42

thérapeutique Soins de soutien

Le syndrome congénital de Zika nécessite des soins spécialisés, une kinésithérapie, une pharmacothérapie pour les troubles épileptiques, une correction/prothèse pour les déficits auditifs et optiques 23

Soins de soutien

Le remdesivir semble sans danger pendant la grossesse

Les autres thérapies (ribavirine, baricitinib) sont tératogènes, embryotoxiques 39

 

Abréviations : COVID‐19, maladie à coronavirus 2019 ; IgM, classe d'immunoglobuline M ; TAAN, test d'amplification des acides nucléiques ; PRNT, test de neutralisation de réduction de plaque ; RT‐PCR, test de réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse.

Cet article est mis à disposition gratuitement via PubMed Central dans le cadre de la réponse d'urgence de santé publique COVID-19. Il peut être utilisé pour une réutilisation et une analyse sans restriction pour la recherche sous n'importe quelle forme ou par n'importe quel moyen avec mention de la source d'origine, pendant la durée de l'urgence de santé publique. (édité par l'auteur)

Dans notre expérience Zika au Panama, les inspections porte-à-porte ont recherché des moustiques. Aujourd'hui, nous utilisons les tests COVID pour rechercher le coronavirus. Les deux recherchent des preuves du virus, appelées inspections vectorielles. L'inspection des vecteurs recherche des preuves de porteurs potentiels du virus et des conditions qui lui permettent de prospérer.  

 

Comparaison de la COVID-19 aux pandémies précédentes

 

Par rapport à d'autres épidémies récentes, la COVID-19 est l'une des plus répandues en termes de pays touchés et de nombre de cas identifiés. Heureusement, le taux de létalité (CFR) est inférieur à celui des autres épidémies majeures.  

 

 

 

 

La source:    Comparaison du coronavirus avec le SRAS, la grippe porcine et d'autres épidémies

 

Le coronavirus est plus mortel que quelques autres maladies non incluses dans ce tableau. L'épidémie de grippe porcine (H2009N1) de 1 a infecté entre 700 millions et 1.4 milliard de personnes dans le monde, mais avait un taux de mortalité de 0.02 %. Ne figurent pas non plus dans ce tableau les 500,000 2015 cas suspects du virus Zika en 2016 et 18 et ses 19 décès. Pour mettre à jour le COVID-2021, à partir de décembre XNUMX, le Worldomètre Le site Web de suivi des coronavirus a estimé le nombre de cas à 267,921,597 5,293,306 1.98 avec 19 19 XNUMX décès pour un CFR calculé de XNUMX%. Comme le COVID-XNUMX peut être asymptomatique, comme décrit dans l'étude du Journal of Midwifery & Women's Health, il se peut qu'ils ne sachent même pas qu'ils sont malades. Il n'y a aucune raison pour que ces personnes recherchent un test afin qu'elles ne finissent pas par faire partie du dénominateur. En d'autres termes, ce scénario peut conduire à des taux de cas de COVID-XNUMX plus élevés que ne le montrent les statistiques.

Dans les premières phases d'une pandémie, les données issues de la modélisation épidémiologique, du diagnostic clinique et de l'efficacité du traitement sont souvent rares. Les stratégies de la phase initiale comprennent l'intensification des tests et des rapports, la communication et la tentative de préparer la capacité prévue pour le vaccin, les tests et le traitement. Chacun, conscient ou non, procède ensuite à une évaluation individuelle des risques en fonction de sa compréhension de la gravité du risque, de sa capacité perçue à faire face à la menace et des conséquences de la menace. Dans la société d'aujourd'hui, ces croyances sont ensuite renforcées ou affaiblies par le régime des médias sociaux et des sources d'information.

Calendrier des tests Covid-19

Tests COVID évaluer la présence du coronavirus. Selon le type de tester administré, un résultat positif indiquera soit que le patient a une infection active (test PCR moléculaire rapide ou tests antigéniques de laboratoire), soit qu'il a eu une infection à un moment donné (test d'anticorps).  

Si une personne présente des symptômes compatibles avec le COVID et un test d'antigène viral positif, une action est justifiée. Cette action consistera à tuer le virus et à arrêter la propagation. Mais, parce que le coronavirus est si contagieux, les personnes présentant des symptômes légers et aucune autre condition sous-jacente, de santé recommandent l'hypothèse d'un test positif et se mettent en quarantaine pendant 10 jours à deux semaines. [MISE À JOUR: Fin décembre 2021, le CDC a raccourci la période d'isolement recommandée pour les personnes atteintes de COVID à 5 jours suivis de 5 jours de masquage autour des autres. Pour ceux qui sont exposés à des cas connus de virus, le CDC recommande une quarantaine de 5 jours plus 5 jours de masquage pour les non vaccinés. Ou, 10 jours de masquage si vacciné et boosté.] Encore d'autres de santé recommandent de traiter les personnes asymptomatiques si elles ont un test d'antigène COVID positif. ( La recherche, montre cependant que l'infectiosité des individus asymptomatiques est faible. Le défi, cependant, est de distinguer les asymptomatiques des présymptomatiques qui sont contagieux.) Le virus est tué en traitant le patient, permettant au système de défense de l'organisme de monter une réponse et d'isoler le patient pendant qu'il est contagieux. La prévention et l'intervention précoce sont les clés de la gestion de la pandémie. C'est le désormais familier, "aplatissement de la courbe. »

Aplatir la courbeEn traitant avec Zika, recommandations de santé publique incluez la prise de précautions à la maison qui empêcheraient l'incubation et la croissance des moustiques - éliminez l'eau stagnante dans votre cour, éliminez les réservoirs potentiels comme les vieux pneus. De la même manière, recommandations pour réduire la propagation du coronavirus comprennent la distanciation physique, les masques et une hygiène accrue, comme le lavage des mains et l'élimination sûre des mouchoirs usagés.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ (« Des facteurs externes tels que les réseaux sociaux et les sources d'information peuvent soit amplifier, soit miner la perception du risque. »)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Ce que je ne vois pas dans la pandémie actuelle de COVID, c'est une approche ciblée, axée sur les données. Même au Panama, l'approche de santé publique face à la pandémie de Zika n'était pas unique. Il n'était pas pratique – parce que les ressources sont limitées – de lutter contre les moustiques sur tous les fronts et il était impossible d'éliminer tous les vecteurs possibles. Ainsi, des ressources ont été consacrées aux personnes les plus à risque en fonction de la géographie et des conditions sous-jacentes.  

 

Mesures sociales et de santé publique COVID-19

 

Avec la pandémie de COVID-19, il est également impossible d'empêcher tout le monde de tomber malade. Ce que nous avons appris, c'est qu'il est plus logique de donner la priorité aux interventions de santé publique pour les plus vulnérables et les populations à risque pour les résultats médicaux les plus médiocres. Si nous suivons l'économie, nous avons les données pour justifier de consacrer plus de ressources et de mesures de contrôle pour : Affiche sur la sécurité des directives CDC Covid

  • Zones à forte densité de population – géographiques et situationnelles – villes, transports en commun et transports aériens.
  • Institutions qui accueillent des personnes atteintes de maladies sous-jacentes qui contribueraient à des résultats défavorables si elles contractaient un coronavirus – hôpitaux, cliniques
  • Les personnes présentant un risque de mortalité plus élevé si elles contractent la COVID-19, à savoir le personnes âgées dans les maisons de retraite, les communautés de retraite.
  • États aux climats plus propices à la réplication du coronavirus. l'OMS met en garde contre que le virus se propage dans tous les climats, mais il existe des variations saisonnières qui montrent des pics pendant les mois d'hiver
  • Les personnes présentant des symptômes ont un risque plus élevé de transmettre la maladie à d'autres. Les tests doivent être concentrés sur cette population et des mesures doivent être prises rapidement pour isoler et traiter.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Il semble que le Recommandations provisoires de juin 2021 de l'OMS penchent dans ce sens. Les nouvelles recommandations incluent des mesures de santé publique et sociales « adaptées aux contextes locaux ». Les directives de l'OMS stipulent que "les mesures [de santé publique et sociales] doivent être mises en œuvre par le niveau administratif le plus bas pour lequel une évaluation de la situation est possible et adaptées aux paramètres et conditions locaux". En d'autres termes, évaluer les données au niveau le plus granulaire disponible et prendre des mesures. Cette publication précise également davantage l'accent dans une "nouvelle section sur les considérations relatives aux mesures de santé publique individualisées basées sur le statut immunitaire d'une personne contre le SRAS-CoV-2 après une vaccination contre le COVID-19 ou une infection antérieure".

COVID pourrait-il suivre la tendance de Zika ?

 

Nombre de cas de Zika aux États-Unis et dans les territoires

 

Panamá et partout dans le monde les données montrent des tendances similaires pour les cas de Zika. le progression typique est que les pandémies se transforment en épidémies, puis endémiques avec des épidémies périodiques. Aujourd'hui, nous sommes en mesure de revenir sur la pandémie de Zika. J'offre une parole d'espoir. Avec les données, l'expérience et le temps, le coronavirus, comme le virus Zika et tous les virus avant cela, suivra son cours.

Lecture supplémentaire : Intéressant, mais ne correspond tout simplement pas

 

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