Loitando contra o virus COVID-19 con datos

by Jan 17, 2022BI/Analíticacomentarios 0

retratação

 

Non saltes este parágrafo. Dubido en meterse nestas augas polémicas, moitas veces políticas, pero un pensamento veume mentres paseaba ao meu can, Demic. Obtiven un MD e desde entón teño algún tipo de asistencia sanitaria ou consultoría. Durante os últimos 20 anos, aprendín o pensamento crítico. Para o equipo de IBM do que comento no artigo, actuei como Data Scientist. Digo que falo as linguas da medicina e dos datos. Non son epidemiólogo nin experto en saúde pública. Isto non pretende ser unha defensa ou crítica de ningún individuo ou política en particular. O que presento aquí son só observacións. A miña esperanza tamén é axitar os teus pensamentos.    

 

Loitando contra o Zika con datos

 

Primeiro, a miña experiencia. En 2017, IBM seleccionou entre máis de 2000 candidatos para participar nun proxecto de saúde pública pro bono. Un equipo de cinco de nós foi enviado ao país de Panamá durante un mes para traballar co departamento de saúde pública alí. A nosa misión era crear un digital ferramenta que facilitaría unha toma de decisións máis rápida e eficaz relacionada con varias enfermidades infecciosas transmitidas por mosquitos; o principal é o Zika. 

A solución foi unha canalización de intercambio de información entre investigadores de campo e responsables políticos para controlar o Zika e outras enfermidades infecciosas. Noutras palabras, desenvolvemos unha aplicación móbil para substituír o seu antigo proceso manual de envío de inspectores de vectores ao campo. Os datos precisos e oportunos reduciron o tamaño e a duración do brote ao poder orientar mellor estratexicamente as áreas que necesitan remediación, como os bloques da cidade.  

Desde ese momento, a pandemia do Zika seguiu o seu curso.  

A acción humana non acabou coa pandemia de Zika. A comunidade sanitaria pública traballou para contelo, a través de diagnósticos, educación e consellos de viaxe. Pero, finalmente, o virus seguiu o seu curso, infectou unha gran parte da poboación e desenvolveuse a inmunidade do rabaño, freando así a propagación.  Hoxe, o zika considérase endémico nalgunhas partes do mundo con brotes de período.

Infografía de transmisión de ZikaNalgunhas das o máis antigo e as pandemias máis mortíferas morreron case todos os que se enfermaron. Co Zika, "Unha vez que unha gran proporción da poboación está infectada, son inmunes e protexen a outras persoas de que se infecten [non hai vacina para protexer contra o Zika]".  Iso foi o que pasou co Zika. O brote rematou nas Américas e a incidencia do Zika agora en 2021 é moi baixa. Esa é a gran noticia! O zika alcanzou o seu punto máximo en 2016 xusto cando os funcionarios de Panamá pediron a IBM que enviara axuda para combater os mosquitos. Transmisión Zika | Virus Zika | CDC

A correlación non é causalidade, pero despois da nosa visita a Panamá, a pandemia de Zika continuou diminuíndo. Hai brotes ocasionais, pero desde entón non alcanzou o mesmo nivel de preocupación. Algúns esperan que o péndulo retroceda a medida que a inmunidade natural diminúe e as persoas non expostas migran ás zonas de alto risco de Zika.

 

Paralelos de Zika e COVID-19

 

Como se relaciona isto co COVID-19? Tanto o patóxeno responsable tanto da COVID-19 como do Zika son virus. Teñen diferentes formas primarias de transmisión. O zika transmítese principalmente dos mosquitos aos humanos. Existen oportunidades de transmisión de humano a humano, pero a principal forma de transmisión é directamente do mosquito.

Para o coronavirus, demostrouse que algúns animais, como morcegos corzo, leva o virus, pero a forma principal de transmisión é de humano a humano.

Coas enfermidades transmitidas por mosquitos (Zika, Chikungunya, Dengue), un dos obxectivos do Ministerio de Saúde Pública de Panamá era minimizar a exposición ao virus reducindo a exposición ao vector. En EE.UU., ademais da vacina de rápido desenvolvemento, o saúde pública primaria As medidas para abordar o COVID inclúen reducir a exposición e limitar a propagación a outros. As medidas de mitigación para aqueles que corren un alto risco incluíron enmascaramento, distanciamento físico, illamento e pechando os bares cedo.

A contención de ambas enfermidades depende de... ok, quizais é aquí onde se pon a polémica. Ademais da educación e o intercambio de datos, os obxectivos de saúde pública de prevención dos resultados máis graves pódense centrar en 1. erradicación do virus, 2. erradicación do vector, 3. vacinación/protección dos máis vulnerables (individuos con maior risco). para un mal resultado), 4. inmunidade colectiva ou 5. algunha combinación dos anteriores.  

Por mor dos vectores doutros animais, é imposible erradicar estes virus (a menos que comeces a vacinar mosquitos e morcegos, supoño). Creo que tampouco ten sentido falar de erradicar os vectores. Os mosquitos son unha molestia, ademais de ser portadores de enfermidades nocivas, pero estou seguro de que teñen algún tipo de propósito útil. Non podo imaxinar extinguir unha forma de vida porque son unha molestia para os humanos.  

Entón, imos falar da vacinación/protección dos grupos de alto risco e da inmunidade do rabaño. Obviamente, estamos o suficientemente lonxe nesta pandemia como para que os funcionarios de saúde pública e os gobernos xa tomaron estas decisións e decidiron un curso de acción. Non estou adiviñando o enfoque nin tan sequera tirando pedras con perfecta retrospectiva.  

Persoas de maior risco incluír adultos maiores de 65 anos ou máis e aqueles con afeccións médicas subxacentes graves; cousas como afeccións cardíacas, diabetes, obesidade, inmunocomprometidos, etc. A esas engadiriamos mulleres embarazadas para o Zika porque se pode transmitir intraútero. 

Inmunidade de rabaños é cando unha poboación concreta chega a unha porcentaxe de individuos que están protexidos da enfermidade ben mediante vacinas ou mediante a inmunidade natural. Nese momento, para os que non son inmunes, o risco de enfermidade é baixo, porque hai poucos portadores. Así, os de alto risco están protexidos por aqueles que estiveron expostos previamente. Segue o debate sobre cal sería necesario un porcentaxe realista da poboación (vacinada + recuperada con anticorpos) para constituír a inmunidade colectiva contra o coronavirus.

 

A guerra en Panamá

 

Con IBM Iniciativa Zika en Panamá, puidemos desenvolver unha aplicación telefónica en tempo real con marcado de xeolocalización, que podería reducir tanto a gravidade como a duración dos brotes cando estea totalmente implementada. Ao substituír a gravación e informes de traballo intensivo e propenso a erros, os datos chegaron aos tomadores de decisións en horas en lugar de semanas. Os funcionarios de saúde pública a nivel nacional puideron comparar os informes de localización en tempo real de mosquitos portadores de enfermidades cos informes en tempo real de casos clínicos hospitalizados. Na guerra contra o virus Zika, estes funcionarios dirixiron entón os recursos a eses lugares específicos para erradicar os mosquitos nesa zona. 

Entón, no canto de abroad enfoque cepillo para loitar contra unha enfermidade, concentraron os seus esforzos en áreas problemáticas e áreas problemáticas potenciais. Ao facelo, foron máis capaces de concentrar os recursos e foron capaces de eliminar máis rapidamente os puntos quentes.

Con todo isto como antecedentes, vou tentar establecer algúns paralelismos entre a pandemia de Zika e a nosa actual pandemia de COVID. Un estudar no Journal of Midwifery & Women's Health realizou unha enquisa sobre a literatura clínica e determinou: "Hai paralelismos significativos entre a enfermidade [o virus Zika] e a COVID-19 en termos de técnicas de diagnóstico limitadas, terapéuticas e incertezas de pronóstico". En ambas as pandemias, os pacientes e os médicos carecían de información para tomar decisións fundamentadas. As mensaxes de saúde pública eran moitas veces contraditorias dentro da mesma institución. A desinformación foi difundida nas plataformas de redes sociais da época de cada pandemia. Un debate científico serio levou mesmo a teorías conspirativas. Non é difícil imaxinar que cada unha destas respostas afectaron negativamente aos virus nos individuos vulnerables ou de alto risco.

 

Unha comparación do virus Zika e COVID-19: visión xeral clínica e pública Mensaxería de saúde

 

Enfermidade do virus Zika COVID-19 [FEMININE
Vector Flavivirus: mosquitos vector Aedes aegypti e Aedes albopictus 3 Coronavirus: gotas, fómites 74
transmisión Os mosquitos son vectores primarios

Transmisión sexual 10

Transmítese por transfusión de sangue, exposición de laboratorio 9

Transmítese por gotículas respiratorias 74

Probable transmisión aérea 75

Transmisión vertical durante o embarazo Prodúcese a transmisión vertical da persoa embarazada ao feto e é probable que se produza unha infección conxénita 9 A transmisión vertical/infección conxénita é improbable 76
os síntomas Moitas veces asintomático; síntomas leves similares á gripe, como febre, artralxia, erupción cutánea e conxuntivite 3 Asintomático; tamén imita a rinorrea normal e a disnea fisiolóxica do embarazo 65
Probas diagnósticas Seroloxías RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM 32

Alta taxa de falsos negativos e positivos 26

Reacción cruzada de seroloxías de inmunoglobulina con outros flavivirus endémicos, como o virus da febre do dengue 26

Diagnóstico perinatal limitado pola sensibilidade e especificidade da ecografía para a detección de lesión viral 20

RT-PCR, NAAT, seroloxías IgM 42

A sensibilidade varía segundo o tempo da exposición, a técnica de mostraxe e a fonte da mostra 76

Probas rápidas de antíxeno (COVID-19 Ag Respi-Strip) dispoñibles, pero hai dúbidas sobre a súa validez, precisión e rendemento 76

Falta continuada de capacidade de proba e de reactivos de laboratorio 42

Terapéutica Coidados de apoio

A síndrome conxénita de Zika require atención especializada, terapia física, farmacoterapéutica para trastornos convulsivos, corrección/prótesis para déficits auditivos e ópticos. 23

Coidados de apoio

O remdesivir parece seguro durante o embarazo

Outras terapias (ribavirina, baricitinib) son teratoxénicas, embriotóxicas 39

 

Abreviaturas: COVID-19, enfermidade coronavirus 2019; IgM, inmunoglobulina clase M; NAAT, proba de amplificación de ácidos nucleicos; PRNT, proba de neutralización da redución da placa; RT-PCR, proba de reacción en cadea da polimerase de transcrición inversa.

Este artigo está dispoñible gratuitamente a través de PubMed Central como parte da resposta ás emerxencias de saúde pública COVID-19. Pódese utilizar para a reutilización e análise de investigación sen restricións en calquera forma ou por calquera medio con recoñecemento da fonte orixinal, durante a duración da emerxencia de saúde pública. (editado polo autor)

Na nosa experiencia con Zika en Panamá, as inspeccións porta a porta buscaron mosquitos. Hoxe, usamos probas de COVID para buscar o coronavirus. Ambos buscan probas do virus, chamada inspección vectorial. A inspección de vectores busca probas de posibles portadores do virus e condicións que lle permiten prosperar.  

 

Comparando a COVID-19 coas pandemias anteriores

 

En comparación con outras epidemias recentes, a COVID-19 é unha das máis xeneralizadas en canto a países afectados e número de casos identificados. Afortunadamente, a taxa de letalidade (CFR) é máis baixa que outras grandes epidemias.  

 

 

 

 

fonte:    Como se compara o coronavirus co SARS, a gripe porcina e outras epidemias

 

O coronavirus é máis mortal que outras enfermidades non incluídas neste gráfico. O brote de gripe porcina (H2009N1) de 1 infectou entre 700 millóns e 1.4 millóns de persoas no mundo, pero tivo un CFR do 0.02%. Tampouco figuran neste gráfico os 500,000 casos sospeitosos do virus Zika en 2015 e 2016 e as súas 18 mortes. Para actualizar o COVID-19, a partir de decembro de 2021, o Worldomet é O sitio web de seguimento de coronavirus situou o número de casos en 267,921,597 con 5,293,306 mortes para un CFR calculado do 1.98%. Dado que o COVID-19 pode ser asintomático como se describe no estudo Journal of Midwifery & Women's Health, quizais nin sequera saiban que están enfermos. Non hai razón para que estas persoas busquen unha proba para que non acaben formando parte do denominador. Noutras palabras, este escenario pode levar a que as taxas de casos de COVID-19 sexan máis altas do que mostran as estatísticas.

Nas primeiras fases dunha pandemia, os datos da modelización epidemiolóxica, o diagnóstico clínico e a eficacia do tratamento adoitan ser escasos. As estratexias na fase inicial inclúen aumentar as probas e informes, a comunicación e tentar preparar a capacidade prevista para a vacina, as probas e o tratamento. Entón, todos, sexan conscientes ou non, realizan unha avaliación individual do risco baseándose na súa comprensión da gravidade do risco, a súa capacidade percibida para xestionar a ameaza e as consecuencias da ameaza. Na sociedade actual, estas crenzas son entón reforzadas ou debilitadas pola dieta das redes sociais e das fontes de información.

Cronoloxía das probas de Covid-19

Probas COVID avaliar a presenza do coronavirus. Segundo o tipo de proba administrado, un resultado positivo indicará que o paciente ten unha infección activa (proba de PCR molecular rápida ou probas de antíxeno de laboratorio) ou que tivo unha infección nalgún momento (proba de anticorpos).  

Se unha persoa ten síntomas compatibles co COVID e unha proba de antíxeno viral positiva, a medida está xustificada. Esa acción consistirá en matar o virus e deter a propagación. Pero, debido a que o coronavirus é tan contaxioso, as persoas con síntomas leves e sen outras condicións subxacentes, especialistas recomendan a asunción dunha proba positiva e se poñan en corentena durante 10 días a dúas semanas. [Actualización: A finais de decembro de 2021, os CDC acurtaron o período de illamento recomendado para as persoas que teñen COVID a 5 días seguidos de 5 días de enmascaramento arredor dos demais. Para aqueles que están expostos a casos coñecidos do virus, o CDC recomenda unha corentena de 5 días máis 5 días de máscara para os non vacinados. Ou, 10 días de máscara se está vacinado e reforzado.] Aínda máis especialistas recomendan tratar as persoas asintomáticas se teñen unha proba de antíxeno COVID positiva. (busca, con todo, mostra que a infecciosidade dos individuos asintomáticos é débil. O desafío, con todo, é distinguir asintomáticas das presintomáticas que son contaxiosas.) O virus mata ao tratar ao paciente, permitindo que o sistema de defensa do organismo produza unha resposta e illa ao paciente mentres estea contaxioso. A prevención e a intervención temperá son as claves para xestionar a pandemia. Este é o agora familiar "aplanamento da curva. "

Aplanando a curvaAo tratar co Zika, recomendacións de saúde pública inclúe tomar precaucións na casa que eviten a incubación e o crecemento dos mosquitos: elimine a auga estancada no seu xardín, elimine os posibles depósitos como pneumáticos vellos. Do mesmo xeito, recomendacións para reducir a propagación do coronavirus inclúen o distanciamento físico, as máscaras e unha maior hixiene, como o lavado de mans e a eliminación segura dos tecidos usados.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Os factores externos como as redes sociais e as fontes de información poden amplificar ou socavar a percepción do risco").

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

O que non vexo na actual pandemia de COVID é un enfoque centrado, baseado en datos e dirixido. Mesmo en Panamá, o enfoque de saúde pública ante a pandemia do Zika non foi un único. Non era práctico -porque os recursos son limitados- loitar contra os mosquitos en todas as frontes e era imposible eliminar todos os vectores posibles. Así, os recursos dedicáronse a aqueles con maior risco en función da xeografía e das condicións subxacentes.  

 

COVID-19 Sanidade Pública e Medidas Sociais

 

Coa pandemia de COVID-19, tampouco é práctico evitar que todos se enfermen. O que aprendimos é que ten máis sentido dar prioridade á intervención de saúde pública aos máis vulnerables e ás poboacións en risco de sufrir os resultados médicos máis pobres. Se seguimos a economía, temos os datos para xustificar dedicar máis recursos e medidas de control a: Cartel de seguridade das directrices do CDC Covid

  • Zonas de alta densidade de poboación, tanto xeográficas como situacionais, cidades, transporte público e viaxes aéreas.
  • Institucións que teñen persoas con condicións subxacentes que contribuirían a resultados adversos se contraesen coronavirus: hospitais, clínicas
  • Individuos con maior risco de mortalidade se contraen COVID-19, é dicir, os ancián en residencias de anciáns, comunidades de xubilados.
  • Estados con climas máis propicios para a replicación do coronavirus. a OMS advirte que o virus se estende por todos os climas, pero hai variacións estacionais que presentan picos nos meses de inverno
  • As persoas con síntomas teñen un maior risco de transmitir a enfermidade a outros. As probas deben centrarse nesta poboación e tomar medidas rapidamente para illar e tratar.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Parece que o Recomendacións provisionais da OMS de xuño de 2021 están inclinadas nesta dirección. As novas recomendacións inclúen medidas sociais e de saúde pública "adaptadas aos contextos locais". As directrices da OMS ditan que "as medidas [de saúde pública e sociais] deben ser aplicadas polo nivel administrativo máis baixo para o que sexa posible a avaliación da situación e adaptadas aos escenarios e condicións locais". Noutras palabras, avaliar os datos ao nivel máis granular dispoñible e tomar medidas. Esta publicación tamén reduce aínda máis o foco nunha "nova sección sobre consideracións para medidas de saúde pública individualizadas baseadas no estado de inmunidade do SARS-CoV-2 dunha persoa despois da vacinación contra o COVID-19 ou dunha infección pasada".

O COVID podería seguir a tendencia do Zika?

 

Recuento de casos de Zika en EE. UU. e Territorios

 

Panamá e mundial os datos mostran tendencias similares para os casos de Zika. O progresión típica é que as pandemias diminúen a epidemias, logo endémicas con brotes periódicos. Hoxe podemos mirar cara atrás á pandemia do Zika. Ofrézolle unha palabra de esperanza. Con datos, experiencia e tempo, o coronavirus, como o virus Zika e todos os virus anteriores, seguirá o seu curso.

Lectura adicional: interesante, pero non encaixa

 

Como remataron 5 das peores pandemias do mundo da canle da Historia

Breve historia das pandemias (pandemias ao longo da historia)

Como rematan as pandemias? A historia suxire que as enfermidades desaparecen pero case nunca desaparecen

Por último, outra arma contra o Covid 

Como Poop ofrece pistas sobre a propagación do coronavirus

A verdade detrás do pánico do Coronavirus

 

BI/Analíticasen categoría
Desordena os teus coñecementos: unha guía para a limpeza de primavera de Analytics

Desordena os teus coñecementos: unha guía para a limpeza de primavera de Analytics

Desordena os teus coñecementos Unha guía para a limpeza de primavera de Analytics O novo ano comeza cun estrondo; Os informes de fin de ano son creados e examinados e, a continuación, todos se establecen nun calendario de traballo coherente. A medida que os días son máis longos e as árbores e as flores florecen,...

Le máis