Combattere il virus COVID-19 con i dati

by Gennaio 17, 2022BI/Analisi0 commenti

Negazione di responsabilità

 

Non saltare questo paragrafo. Esito a immergermi in queste acque controverse, spesso politiche, ma un pensiero mi è venuto in mente mentre stavo portando a spasso il mio cane, Demic. Ho conseguito un MD e da allora sono stato in qualche forma di assistenza sanitaria o consulenza. Negli ultimi 20 anni ho imparato il pensiero critico. Per il team IBM di cui parlo nell'articolo, ho agito come Data Scientist. Dico che parlo i linguaggi della medicina e dei dati. Non sono un epidemiologo o un esperto di salute pubblica. Questo non vuole essere una difesa o una critica di un particolare individuo o politica. Ciò che presento qui sono solo osservazioni. Spero di suscitare anche i tuoi pensieri.    

 

Combattere Zika con i dati

 

Innanzitutto, la mia esperienza. Nel 2017 sono stato selezionato da IBM tra oltre 2000 candidati, per partecipare a un progetto di salute pubblica pro bono. Un team di cinque di noi è stato inviato nel paese di Panama per un mese per lavorare con il dipartimento di salute pubblica del paese. La nostra missione era creare un digital strumento che faciliterebbe un processo decisionale più rapido ed efficace relativo a diverse malattie infettive trasmesse dalle zanzare; il principale è Zika. 

La soluzione era una pipeline di condivisione delle informazioni tra ricercatori sul campo e responsabili politici per controllare Zika e altre malattie infettive. In altre parole, abbiamo sviluppato un'applicazione mobile per sostituire il loro secolare processo manuale di invio di ispettori vettoriali sul campo. Dati tempestivi e accurati hanno ridotto le dimensioni e la durata dell'epidemia, essendo in grado di indirizzare meglio strategicamente le aree, ad esempio l'isolato urbano, che necessitano di bonifica.  

Da quel momento, la pandemia di Zika ha fatto il suo corso.  

L'azione umana non ha posto fine alla pandemia di Zika. La comunità della salute pubblica ha lavorato per contenerlo, attraverso la diagnostica, l'istruzione e gli avvisi di viaggio. Ma alla fine, il virus ha fatto il suo corso, ha infettato gran parte della popolazione e si è sviluppata l'immunità di gregge, arrestando così la diffusione.  Oggi, Zika è considerata endemica in alcune parti del mondo con eruzioni mestruali.

Infografica sulla trasmissione ZikaIn alcuni dei file più presto e le pandemie più letali quasi tutti quelli che si ammalavano sono morti. Con Zika, "Una volta che un'ampia parte della popolazione è infetta, sono immuni e in realtà proteggono altre persone dall'infezione [non esiste un vaccino per proteggere contro Zika]".  È quello che è successo con Zika. L'epidemia è finita nelle Americhe e l'incidenza di Zika ora nel 2021 è molto bassa. Questa è la grande notizia! Zika ha raggiunto il picco nel 2016 proprio quando i funzionari di Panama hanno chiesto a IBM di inviare aiuti per combattere le zanzare. Trasmissione Zika | Virus Zika | Centro per la prevenzione e il controllo delle malattie

La correlazione non è una causalità, ma dopo la nostra visita a Panama, la pandemia di Zika ha continuato a diminuire. Ci sono focolai occasionali, ma da allora non ha raggiunto lo stesso livello di preoccupazione. Alcuni si aspettano che il pendolo oscilli all'indietro quando l'immunità naturale diminuisce e gli individui non esposti migreranno nelle zone ad alto rischio di Zika.

 

Zika e paralleli pandemici COVID-19

 

Come si collega questo al COVID-19? Sia l'agente patogeno responsabile sia di COVID-19 che di Zika sono virus. Hanno diverse forme primarie di trasmissione. Zika viene trasmesso principalmente dalle zanzare all'uomo. Ci sono opportunità per la trasmissione da uomo a uomo, ma la principale forma di trasmissione è direttamente dalla zanzara.

Per il coronavirus, è stato dimostrato che ad alcuni animali piace pipistrelli ed cervo, portano il virus, ma la forma principale di trasmissione è da uomo a uomo.

Con le malattie trasmesse dalle zanzare (Zika, Chikungunya, febbre Dengue), un obiettivo del ministero della salute pubblica di Panama era ridurre al minimo l'esposizione al virus riducendo l'esposizione al vettore. Negli Stati Uniti, oltre al vaccino sviluppato rapidamente, il salute pubblica primaria le misure per affrontare il COVID includono la riduzione dell'esposizione e la limitazione della diffusione ad altri. Le misure di mitigazione per coloro che sono ad alto rischio hanno incluso il mascheramento, il distanziamento fisico, l'isolamento e chiudendo presto le sbarre.

Il contenimento di entrambe le malattie dipende da... ok, forse è qui che si fa polemica. Oltre all'educazione e alla condivisione dei dati, gli obiettivi di salute pubblica di prevenzione degli esiti più gravi possono essere focalizzati su 1. eradicazione del virus, 2. eradicazione del vettore, 3. vaccinazione/protezione dei più vulnerabili (individui a più alto rischio per un esito negativo), 4. immunità di gregge o 5. una combinazione di quanto sopra.  

A causa dei vettori in altri animali, è impossibile sradicare questi virus (a meno che non inizi a vaccinare zanzare e pipistrelli, immagino). Penso che anche non abbia senso parlare di sradicare i vettori. Le zanzare sono una seccatura, oltre a portare malattie dannose, ma sono sicuro che servono a una sorta di scopo utile. Non riesco a immaginare di far estinguere una forma di vita perché sono una seccatura per gli umani.  

Quindi, parliamo di vaccinazione/protezione dei gruppi ad alto rischio e immunità di gregge. Ovviamente, siamo abbastanza lontani da questa pandemia che i funzionari della sanità pubblica e i governi hanno già preso queste decisioni e hanno deciso una linea d'azione. Non sto indovinando l'approccio o anche solo lanciando pietre con il senno di poi.  

Individui ad alto rischio includono gli anziani di età pari o superiore a 65 anni e quelli con gravi condizioni mediche di base; cose come malattie cardiache, diabete, obesità, immunocompromessi, ecc. A quelli aggiungeremmo donne incinte per Zika perché può essere trasferito intrautero. 

Immunità alle mandrie è quando una specifica popolazione raggiunge una percentuale di individui che sono protetti dalla malattia tramite il vaccino o l'immunità naturale. A quel punto, per chi non è immune, il rischio di malattia è basso, perché i portatori sono pochissimi. Pertanto, coloro che sono ad alto rischio sono protetti da coloro che sono stati precedentemente esposti. Resta il dibattito su quale percentuale realistica della popolazione (vaccinata + recuperata con anticorpi) sarebbe necessaria per costituire l'immunità di gregge per il coronavirus.

 

La guerra a Panama

 

Con IBM's Iniziativa Zika a Panama, siamo stati in grado di sviluppare un'applicazione telefonica in tempo reale con contrassegno di geolocalizzazione, che potrebbe ridurre sia la gravità che la durata delle epidemie una volta completamente implementate. Sostituendo la registrazione e la segnalazione ad alta intensità di lavoro e soggette a errori, i dati hanno raggiunto i responsabili delle decisioni in poche ore anziché in settimane. I funzionari della sanità pubblica a livello nazionale sono stati in grado di confrontare i rapporti sulla posizione in tempo reale delle zanzare portatrici di malattie con i rapporti in tempo reale dei casi clinici ospedalizzati. Nella guerra al virus Zika, questi funzionari hanno poi indirizzato le risorse in quei luoghi specifici per sradicare le zanzare in quella zona. 

Quindi, invece di abroad approccio pennello per combattere una malattia, hanno concentrato i loro sforzi su aree problematiche e potenziali aree problematiche. In tal modo, sono stati in grado di concentrare meglio le risorse e sono stati in grado di eliminare più rapidamente i punti caldi.

Con tutto ciò come sfondo, cercherò di tracciare alcuni parallelismi tra la pandemia di Zika e la nostra attuale pandemia di COVID. Uno studio nel Journal of Midwifery & Women's Health ha condotto un'indagine sulla letteratura clinica e ha determinato: "Ci sono parallelismi significativi tra la malattia [del virus Zika] e il COVID-19 in termini di tecniche diagnostiche, terapeutiche e incertezze prognostiche limitate". In entrambe le pandemie, i pazienti e i medici non avevano informazioni per prendere decisioni informate. I messaggi di salute pubblica erano spesso contraddittori all'interno della stessa istituzione. La disinformazione è stata diffusa nelle piattaforme dei social media del tempo di ogni pandemia. Un serio dibattito scientifico ha persino portato a teorie del complotto. Non è difficile immaginare che ognuna di queste risposte abbia avuto un impatto negativo sui virus negli individui vulnerabili o ad alto rischio.

 

Un confronto tra virus Zika e COVID-19: panoramica clinica e pubblico Messaggistica sanitaria

 

Malattia da virus Zika COVID-19
vettore Flavivirus: vettore zanzare Aedes aegypti e Aedes albopictus 3 Coronavirus: goccioline, fomiti 74
Trasmissione Le zanzare sono vettori primari

Trasmissione sessuale 10

Trasmesso per trasfusione di sangue, esposizione in laboratorio 9

Trasmesso da goccioline respiratorie 74

Probabile trasmissione per via aerea 75

Trasmissione verticale durante la gravidanza Si verifica la trasmissione verticale dalla persona incinta al feto ed è probabile un'infezione congenita 9 La trasmissione verticale/l'infezione congenita è improbabile 76
Sintomi Spesso asintomatico; sintomi simil-influenzali lievi come febbre, artralgia, eruzioni cutanee e congiuntivite 3 Asintomatico; imita anche la normale rinorrea e la dispnea fisiologica della gravidanza 65
Test diagnostici Sierologie RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM 32

Alto tasso di falsi negativi e positivi 26

Reazione crociata di sierologie di immunoglobuline con altri flavivirus endemici, come il virus della febbre dengue 26

Diagnosi perinatale limitata dalla sensibilità e specificità degli ultrasuoni per il rilevamento del danno virale 20

Sierologie RT-PCR, NAAT, IgM 42

La sensibilità varia in base al tempo dall'esposizione, alla tecnica di campionamento, alla fonte del campione 76

Sono disponibili test antigenici rapidi (COVID-19 Ag Respi-Strip), ma ci sono dubbi sulla loro validità, accuratezza e prestazioni 76

Continua mancanza di capacità di analisi e reagenti di laboratorio 42

terapeutica Terapia di supporto

La sindrome di Zika congenita richiede cure specialistiche, terapia fisica, farmacoterapeutici per disturbi convulsivi, correzione/protesi per deficit uditivi e ottici 23

Terapia di supporto

Remdesivir sembra sicuro in gravidanza

Altre terapie (ribavirina, baricitinib) sono teratogene, embriotossiche 39

 

Abbreviazioni: COVID-19, malattia da coronavirus 2019; IgM, immunoglobuline di classe M; NAAT, test di amplificazione dell'acido nucleico; PRNT, test di neutralizzazione della riduzione della placca; RT-PCR, test di reazione a catena della polimerasi a trascrizione inversa.

Questo articolo è stato reso disponibile gratuitamente tramite PubMed Central nell'ambito della risposta all'emergenza sanitaria pubblica COVID-19. Può essere utilizzato per il riutilizzo e l'analisi illimitati di ricerca in qualsiasi forma e con qualsiasi mezzo con riconoscimento della fonte originaria, per la durata dell'emergenza sanitaria. (a cura dell'autore)

Nella nostra esperienza Zika a Panama, le ispezioni porta a porta hanno cercato le zanzare. Oggi utilizziamo i test COVID per cercare il coronavirus. Entrambi cercano prove del virus, denominato ispezione vettoriale. L'ispezione vettoriale cerca prove di potenziali portatori del virus e condizioni che gli consentano di prosperare.  

 

Confrontando il COVID-19 con le precedenti pandemie

 

Rispetto ad altre recenti epidemie, il COVID-19 è uno dei più pervasivi in ​​termini di paesi colpiti e numero di casi identificati. Fortunatamente, il tasso di mortalità dei casi (CFR) è inferiore rispetto ad altre grandi epidemie.  

 

 

 

 

Fonte:    Come il Coronavirus si confronta con la SARS, l'influenza suina e altre epidemie

 

Il coronavirus è più letale di un paio di altre malattie non incluse in questo grafico. L'epidemia di influenza suina (H2009N1) del 1 ha infettato tra 700 milioni e 1.4 miliardi di persone a livello globale, ma ha avuto un CFR dello 0.02%. Inoltre non in questo grafico ci sono i 500,000 casi sospetti del virus Zika nel 2015 e nel 2016 e i suoi 18 decessi. Per aggiornare il COVID-19, a partire da dicembre 2021, il Worldomet è Il sito web di monitoraggio del coronavirus ha messo il numero di casi a 267,921,597 con 5,293,306 morti per un CFR calcolato dell'1.98%. Poiché il COVID-19 può essere asintomatico come descritto nello studio Journal of Midwifery & Women's Health, potrebbero non sapere nemmeno di essere malate. Non c'è motivo per queste persone di cercare un test in modo che non finiscano per far parte del denominatore. In altre parole, questo scenario può portare a tassi di casi di COVID-19 superiori a quelli mostrati dalle statistiche.

Nelle prime fasi di una pandemia, i dati della modellizzazione epidemiologica, della diagnosi clinica e dell'efficacia del trattamento sono spesso scarsi. Le strategie nella fase iniziale includono l'aumento dei test e dei rapporti, la comunicazione e il tentativo di preparare la capacità prevista per il vaccino, i test e il trattamento. Tutti quindi, consapevoli o meno, effettuano una valutazione del rischio individuale basata sulla loro comprensione della gravità del rischio, sulla loro capacità percepita di affrontare la minaccia e sulle conseguenze della minaccia. Nella società odierna, queste convinzioni sono poi rafforzate o indebolite dalla dieta dei social media e delle fonti di informazione.

Cronologia dei test Covid-19

Test COVID valutare la presenza del coronavirus. A seconda del tipo di test somministrato, un risultato positivo indicherà che il paziente ha un'infezione attiva (test PCR molecolare rapido o test antigenico di laboratorio) o che ha avuto un'infezione a un certo punto (test anticorpale).  

Se una persona ha sintomi compatibili con COVID e un test dell'antigene virale positivo, l'azione è giustificata. Tale azione sarà quella di uccidere il virus e fermare la diffusione. Ma, poiché il coronavirus è così contagioso, gli individui con sintomi lievi e nessun'altra condizione sottostante, esperti raccomandano l'assunzione di un test positivo e si mettono in quarantena per 10 giorni o due settimane. [AGGIORNAMENTO: Alla fine di dicembre 2021, il CDC ha ridotto il periodo di isolamento raccomandato per le persone che hanno COVID a 5 giorni seguiti da 5 giorni di mascheramento intorno agli altri. Per coloro che sono esposti a casi noti del virus, il CDC raccomanda una quarantena di 5 giorni più 5 giorni di mascheramento per i non vaccinati. Oppure, 10 giorni di mascheratura se vaccinati e potenziati.] Ancora altro esperti raccomandare il trattamento di individui asintomatici se hanno un test antigenico COVID positivo. (Ricerca, tuttavia, mostra che l'infettività degli individui asintomatici è debole. La sfida, tuttavia, è distinguere l'asintomatico dal presintomatico che è contagioso.) Il virus viene ucciso curando il paziente, consentendo al sistema di difesa del corpo di attivare una risposta e isolare il paziente mentre è contagioso. La prevenzione e l'intervento precoce sono le chiavi per gestire la pandemia. Questo è l'ormai familiare, "appiattimento della curva. "

Appiattimento della curvaNel trattare con Zika, raccomandazioni di salute pubblica includere l'adozione di precauzioni a casa che impedirebbero l'incubazione e la crescita delle zanzare: elimina l'acqua stagnante nel tuo giardino, rimuovi potenziali serbatoi come vecchi pneumatici. Allo stesso modo, raccomandazioni per ridurre la diffusione del coronavirus includono il distanziamento fisico, le maschere e una maggiore igiene, come il lavaggio delle mani e lo smaltimento sicuro dei tessuti usati.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Fattori esterni come i social network e le fonti informative possono amplificare o minare la percezione del rischio.")

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Quello che non vedo nell'attuale pandemia di COVID è un approccio mirato, basato sui dati e mirato. Anche a Panama, l'approccio della salute pubblica alla pandemia di Zika non è stato valido per tutti. Non era pratico – perché le risorse sono limitate – combattere le zanzare su ogni fronte ed era impossibile eliminare tutti i possibili vettori. Pertanto, le risorse sono state dedicate a quelli a più alto rischio in base alla geografia e alle condizioni sottostanti.  

 

COVID-19 Sanità pubblica e misure sociali

 

Con la pandemia di COVID-19, è altrettanto impraticabile impedire a tutti di ammalarsi. Quello che abbiamo imparato è che ha più senso dare la priorità all'intervento di salute pubblica ai più vulnerabili e alle popolazioni a rischio per gli esiti medici più poveri. Se seguiamo l'economia, abbiamo i dati per giustificare la dedicazione di maggiori risorse e misure di controllo a: Poster di sicurezza delle linee guida CDC Covid

  • Aree ad alta densità di popolazione, sia geografiche che situazionali, città, trasporti pubblici e viaggi aerei.
  • Istituzioni che hanno persone con condizioni di base che potrebbero contribuire a esiti avversi se contraessero il coronavirus: ospedali, cliniche
  • Individui a più alto rischio di mortalità se contraggono il COVID-19, ovvero il anziano nelle case di cura, nelle comunità di riposo.
  • Stati con climi più favorevoli alla replicazione del coronavirus. l'OMS mette in guardia che il virus si diffonda in tutti i climi, ma ci sono variazioni stagionali che mostrano picchi nei mesi invernali
  • Gli individui con sintomi hanno un rischio maggiore di trasmettere la malattia ad altri. I test dovrebbero essere focalizzati su questa popolazione e azioni intraprese rapidamente per isolare e trattare.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Sembra che il Raccomandazioni intermedie dell'OMS di giugno 2021 sono orientati in questa direzione. Le nuove raccomandazioni includono misure di salute pubblica e sociali “su misura per i contesti locali”. La guida dell'OMS impone che "le misure [di sanità pubblica e sociali] dovrebbero essere attuate dal livello amministrativo più basso per il quale è possibile una valutazione situazionale e adattate alle impostazioni e alle condizioni locali". In altre parole, valutare i dati al livello più granulare disponibile e agire. Questa pubblicazione restringe ulteriormente l'attenzione in una "nuova sezione sulle considerazioni per le misure di salute pubblica individualizzate basate sullo stato di immunità SARS-CoV-2 di una persona a seguito della vaccinazione COVID-19 o di un'infezione pregressa".

Il COVID potrebbe seguire la tendenza di Zika?

 

Casi di Zika negli Stati Uniti e nei territori

 

Panamá e In tutto il mondo i dati mostrano tendenze simili per i casi di Zika. Il progressione tipica è che le pandemie si riducono a epidemie, quindi endemiche con epidemie periodiche. Oggi possiamo guardare indietro alla pandemia di Zika. Offro una parola di speranza. Con dati, esperienza e tempo, il coronavirus, come il virus Zika e tutti i virus precedenti, farà il suo corso.

Letture aggiuntive: interessante, ma proprio non adatta

 

Come sono finite 5 delle peggiori pandemie del mondo dal Canale della Storia

Breve storia delle pandemie (pandemie nel corso della storia)

Come finiscono le pandemie? La storia suggerisce che le malattie svaniscono ma non sono quasi mai veramente scomparse

Infine, un'altra arma contro il Covid 

Come Poop offre suggerimenti sulla diffusione del coronavirus

La verità dietro il panico della cacca del Coronavirus

 

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