Boj proti vírusu COVID-19 pomocou údajov

by Jan 17, 2022BI/Analytika0 komentáre

Vylúčenie zodpovednosti

 

Tento odsek nepreskakujte. Váham, či sa mám prebrodiť do týchto sporných, často politických vôd, ale napadla ma myšlienka, keď som venčil svojho psa Demica. Získala som MD a odvtedy som v nejakej forme zdravotnej starostlivosti alebo poradenstva. Za posledných 20+ rokov som sa naučil kriticky myslieť. Pre tím IBM, o ktorom hovorím v článku, som pôsobil ako Data Scientist. Hovorím, že hovorím jazykom medicíny a dát. Nie som epidemiológ ani odborník na verejné zdravotníctvo. Toto nie je zamýšľané ako obhajoba alebo kritika konkrétneho jednotlivca alebo politiky. To, čo tu uvádzam, sú len postrehy. Dúfam, že rozhýbem aj vaše myšlienky.    

 

Boj proti Zika s dátami

 

Najprv moja skúsenosť. V roku 2017 ma spoločnosť IBM vybrala z viac ako 2000 XNUMX uchádzačov, aby som sa zúčastnila na pro bono projekte verejného zdravia. Tím piatich z nás bol vyslaný na mesiac do Panamy, aby sme spolupracovali s tamojším oddelením verejného zdravotníctva. Naším poslaním bolo vytvoriť a digital nástroj, ktorý by uľahčil rýchlejšie a efektívnejšie rozhodovanie týkajúce sa niekoľkých infekčných chorôb prenášaných komármi; hlavná je Zika. 

Riešením bol kanál na zdieľanie informácií medzi terénnymi vyšetrovateľmi a tvorcami politiky na kontrolu vírusu Zika a iných infekčných chorôb. Inými slovami, vyvinuli sme mobilnú aplikáciu, ktorá nahradí ich odveký manuálny proces posielania vektorových inšpektorov do terénu. Včasné a presné údaje znížili veľkosť a trvanie prepuknutia tým, že boli schopní lepšie strategicky zamerať oblasti – napríklad mestský blok – ktoré potrebujú nápravu.  

Odvtedy pandémia Zika pominula.  

Ľudská činnosť neskončila pandémiu Zika. Verejná zdravotnícka komunita pracovala na jej potlačení prostredníctvom diagnostiky, vzdelávania a cestovných rád. Nakoniec sa však vírus rozbehol, infikoval veľkú časť populácie a vytvorila sa imunita stáda, čím sa zastavilo šírenie.  Zika je dnes v niektorých častiach sveta považovaná za endemickú s dobovými prepuknutiami.

Infografika prenosu ZikaV niektorých z najstaršie a najsmrteľnejšie pandémie zomreli takmer všetci, ktorí ochoreli. So vírusom Zika: „Akonáhle sa nakazí veľká časť populácie, je imúnna a v skutočnosti chráni iných ľudí pred infekciou [neexistuje žiadna vakcína na ochranu proti vírusu Zika].  To sa stalo so Zikou. Ohnisko v Amerike skončilo a výskyt Zika je teraz v roku 2021 veľmi nízky. To je skvelá správa! Zika vyvrcholila v roku 2016, keď predstavitelia Panamy požiadali IBM o vyslanie pomoci v boji proti komárom. Prevodovka Zika | Vírus Zika | CDC

Korelácia nie je príčinná súvislosť, ale po našej návšteve Panamy pandémia Zika naďalej klesala. Príležitostne sa vyskytujú ohniská, ale odvtedy nedosiahli rovnakú úroveň obáv. Niektorí očakávajú, že sa kyvadlo vráti späť, keď prirodzená imunita ubúda a neexponovaní jedinci migrujú do vysokorizikových zón vírusu Zika.

 

Paralely pandémie Zika a COVID-19

 

Ako to súvisí s COVID-19? Patogén, ktorý je zodpovedný za COVID-19 aj Zika, sú vírusy. Majú rôzne primárne formy prenosu. Zika sa prenáša najmä z komárov na človeka. Existujú možnosti prenosu z človeka na človeka, ale hlavná forma prenosu je priamo z komára.

Pri koronavíruse sa ukázalo, že niektoré zvieratá, napr boj a jeleň, nesú vírus, ale hlavná forma prenos je od človeka k človeku.

V súvislosti s chorobami prenášanými komármi (Zika, Chikungunya, horúčka dengue) bolo jedným z cieľov panamského ministerstva zdravotníctva minimalizovať vystavenie vírusu znížením vystavenia prenášačom. V USA je okrem rýchlo vyvinutej vakcíny tzv primárne verejné zdravie opatrenia na riešenie COVID zahŕňajú zníženie expozície a obmedzenie šírenia na iných. Zmierňujúce opatrenia pre tých, ktorí sú vo vysokom riziku, zahŕňali maskovanie, fyzické dištancovanie, izoláciu a skoré zatváranie barov.

Zamedzenie oboch chorôb závisí od... ok, možno práve tu je to kontroverzné. Okrem vzdelávania a zdieľania údajov môžu byť ciele v oblasti verejného zdravia v oblasti prevencie najzávažnejších následkov zamerané na 1. eradikáciu vírusu, 2. eradikáciu prenášača, 3. očkovanie/ochranu najzraniteľnejších osôb (jedinci s najvyšším rizikom pre zlý výsledok), 4. stádová imunita alebo 5. nejaká kombinácia vyššie uvedeného.  

Kvôli vektorom u iných zvierat je nemožné tieto vírusy vyhubiť (pokiaľ nezačnete očkovať komáre a netopiere, myslím). Tiež si myslím, že nemá zmysel hovoriť o eradikácii vektorov. Komáre sú na obtiaž, okrem toho, že prenášajú škodlivé choroby, ale som si istý, že slúžia nejakému užitočnému účelu. Neviem si predstaviť, že by forma života vyhynula, pretože je pre ľudí na obtiaž.  

Poďme sa teda baviť o očkovaní/ochrane rizikových skupín a imunite stáda. Je zrejmé, že sme dostatočne ďaleko v tejto pandémii, že predstavitelia verejného zdravotníctva a vlády už urobili tieto rozhodnutia a rozhodli sa pre postup. Nehádam sa s dokonalým nadhľadom nad prístupom či dokonca hádzaním kameňov.  

Osoby s vyšším rizikom zahŕňajú starších dospelých vo veku 65 rokov a starších a ľudí so závažnými základnými zdravotnými problémami; veci ako srdcové choroby, cukrovka, obezita, oslabená imunita atď. K tým by sme pridali tehotná žena pre Ziku, pretože sa môže preniesť intrautero. 

Imunita stáda je, keď konkrétna populácia dosiahne percento jedincov, ktorí sú pred chorobou chránení buď vakcínou alebo prirodzenou imunitou. V tomto bode je pre tých, ktorí nie sú imúnni, riziko ochorenia nízke, pretože je tak málo nosičov. Tí, ktorí sú vystavení vysokému riziku, sú teda chránení tými, ktorí boli predtým vystavení. Diskutuje sa o tom, aké reálne percento populácie (očkovanej + zotavenej protilátkami) by bolo potrebné na vytvorenie stádovej imunity proti koronavírusu.

 

Vojna v Paname

 

S IBM Iniciatíva Zika v Paname sa nám podarilo vyvinúť telefónnu aplikáciu v reálnom čase s geolokačným značením, ktorá by po úplnej implementácii mohla znížiť závažnosť aj trvanie prepuknutia choroby. Nahradením časovo náročného zaznamenávania a vykazovania náchylného na chyby sa údaje dostali k subjektom s rozhodovacou právomocou v priebehu hodín a nie týždňov. Úradníci verejného zdravotníctva na národnej úrovni dokázali porovnať správy o polohe komárov prenášajúcich choroby v reálnom čase s hláseniami o hospitalizovaných klinických prípadoch v reálnom čase. Vo vojne proti vírusu Zika potom títo úradníci nasmerovali zdroje na tieto konkrétne miesta, aby v tejto oblasti vyhubili komáre. 

Takže namiesto abroad kefový prístup k boju s chorobou, svoje úsilie sústredili na problémové oblasti a potenciálne problémové oblasti. Pritom boli schopní lepšie sústrediť zdroje a boli schopní rýchlejšie uhasiť horúce miesta.

S tým všetkým ako pozadím sa pokúsim nakresliť nejaké paralely medzi pandémiou Zika a našou súčasnou pandémiou COVID. Jeden študovať v časopise Journal of Midwifery & Women's Health vykonali prieskum klinickej literatúry a určili: „Existujú významné paralely medzi ochorením [vírusom Zika] a COVID-19, pokiaľ ide o obmedzené diagnostické techniky, terapeutiká a prognostické neistoty. V oboch pandémiách chýbali pacientom a lekárom informácie, aby mohli robiť informované rozhodnutia. Správy o verejnom zdraví boli v rámci tej istej inštitúcie často protichodné. Na platformách sociálnych médií sa v čase každej pandémie šírili dezinformácie. Vážna vedecká debata dokonca viedla ku konšpiračným teóriám. Nie je ťažké si predstaviť, že každá z týchto reakcií na vírusy negatívne ovplyvnila zraniteľné alebo vysokorizikové osoby.

 

Porovnanie vírusu Zika a COVID-19: Klinický prehľad a verejnosť Správy o zdraví

 

Vírusová choroba Zika COVID-19
vektor Flavivírus: prenášač komárov Aedes aegypti a Aedes albopictus 3 Koronavírus: kvapôčky, fomites 74
Prevodovka Komáre sú primárnym vektorom

Pohlavný prenos 10

Prenáša sa transfúziou krvi, laboratórnou expozíciou 9

Prenáša sa kvapôčkami dýchania 74

Pravdepodobne vzdušný prenos 75

Vertikálny prenos počas tehotenstva Dochádza k vertikálnemu prenosu z tehotnej osoby na plod a je pravdepodobná vrodená infekcia 9 Vertikálny prenos/vrodená infekcia je nepravdepodobná 76
príznaky Často asymptomatické; mierne príznaky podobné chrípke, ako je horúčka, artralgia, vyrážka a konjunktivitída 3 asymptomatické; tiež napodobňuje normálnu rinoreu a fyziologickú dyspnoe tehotenstva 65
Diagnostické testovanie RT‐PCR, NAAT, PRNT, sérológie IgM 32

Vysoká miera falošne negatívnych a pozitívnych výsledkov 26

Krížová reakcia imunoglobulínových sérológií s inými endemickými flavivírusmi, ako je vírus horúčky dengue 26

Perinatálna diagnostika obmedzená senzitivitou a špecificitou ultrazvuku na detekciu vírusového poškodenia 20

RT-PCR, NAAT, IgM sérológie 42

Citlivosť sa mení v závislosti od času od expozície, techniky odberu vzoriek, zdroja vzorky 76

Rýchle antigénne testy (COVID‐19 Ag Respi‐Strip) sú k dispozícii, existujú však obavy týkajúce sa ich platnosti, presnosti a výkonu 76

Pokračujúci nedostatok testovacích kapacít a laboratórnych činidiel 42

Therapeutics Podporná starostlivosť

Vrodený syndróm Zika si vyžaduje špecializovanú starostlivosť, fyzikálnu terapiu, farmakoterapiu záchvatových porúch, korekciu/protetiku sluchových a optických deficitov 23

Podporná starostlivosť

Remdesivir sa v tehotenstve javí ako bezpečný

Ostatné terapie (ribavirín, baricitinib) sú teratogénne, embryotoxické 39

 

Skratky: COVID‐19, koronavírusové ochorenie 2019; IgM, imunoglobulín triedy M; NAAT, test amplifikácie nukleovej kyseliny; PRNT, neutralizačný test redukcie plaku; RT‐PCR, test reverznej transkripcie polymerázovej reťazovej reakcie.

Tento článok je voľne dostupný prostredníctvom PubMed Central ako súčasť reakcie na núdzovú situáciu v oblasti verejného zdravia COVID-19. Môže sa použiť na neobmedzené opakované použitie a analýzu vo výskume v akejkoľvek forme alebo akýmikoľvek prostriedkami s uvedením pôvodného zdroja počas trvania stavu núdze v oblasti verejného zdravia. (upravené autorom)

Podľa našich skúseností so Zika v Paname sa pri podomových inšpekciách hľadali komáre. Dnes používame testy COVID na hľadanie koronavírusu. Obaja hľadajú dôkazy o víruse, ktoré sa označujú ako kontrola vektorov. Inšpekcia vektorov hľadá dôkazy o potenciálnych nosičoch vírusu a podmienkach, ktoré mu umožňujú prosperovať.  

 

Porovnanie COVID-19 s predchádzajúcimi pandémiami

 

V porovnaní s inými nedávnymi epidémiami je COVID-19 jedným z najrozšírenejších z hľadiska postihnutých krajín a počtu zistených prípadov. Našťastie je miera úmrtnosti (CFR) nižšia ako pri iných veľkých epidémiách.  

 

 

 

 

zdroj:    Ako sa koronavírus porovnáva so SARS, prasacou chrípkou a inými epidémiami

 

Koronavírus je smrteľnejší ako niekoľko iných chorôb, ktoré nie sú zahrnuté v tomto grafe. Prepuknutie prasacej chrípky (H2009N1) v roku 1 infikovalo 700 miliónov až 1.4 miliardy ľudí na celom svete, no malo CFR 0.02 %. V tomto grafe tiež nie je 500,000 2015 podozrivých prípadov vírusu Zika v rokoch 2016 a 18 a jeho 19 úmrtí. Aby bol COVID-2021 aktuálnejší, od decembra XNUMX Worldomet je Webová stránka na sledovanie koronavírusov uviedla počet prípadov na 267,921,597 5,293,306 1.98 s 19 19 XNUMX úmrtiami pri vypočítanom CFR XNUMX%. Keďže COVID-XNUMX môže byť asymptomatický, ako je opísané v štúdii Journal of Midwifery & Women's Health, možno ani nevedia, že sú choré. Nie je dôvod, aby títo ľudia hľadali test, aby neskončili súčasťou menovateľa. Inými slovami, tento scenár môže viesť k tomu, že počet prípadov COVID-XNUMX bude vyšší, ako ukazujú štatistiky.

V počiatočných fázach pandémie sú údaje z epidemiologického modelovania, klinickej diagnózy a účinnosti liečby často vzácne. Stratégie v počiatočnej fáze zahŕňajú zrýchlenie testovania a podávania správ, komunikáciu a snahu pripraviť predpokladanú kapacitu pre vakcínu, testovanie a liečbu. Každý potom, či už vedomý alebo nie, vykoná individuálne hodnotenie rizika na základe jeho chápania závažnosti rizika, jeho vnímanej schopnosti vysporiadať sa s hrozbou a dôsledkami hrozby. V dnešnej spoločnosti sa potom tieto presvedčenia posilňujú alebo oslabujú stravou sociálnych médií a informačných zdrojov.

Časová os testovania COVID-19

Testy COVID vyhodnotiť prítomnosť koronavírusu. V závislosti od typu test po podaní, pozitívny výsledok bude buď indikovať, že pacient má aktívnu infekciu (rýchly molekulárny PCR test alebo laboratórne antigénové testy) alebo mal v určitom bode infekciu (test na protilátky).  

Ak má osoba príznaky zodpovedajúce COVID a pozitívny test na vírusový antigén, je potrebné konať. Tou akciou bude zabiť vírus a zastaviť jeho šírenie. Ale keďže je koronavírus taký nákazlivý, jedinci s miernymi príznakmi a bez iných základných ochorení, odborníci odporúčajú predpoklad pozitívneho testu a karanténu sa na 10 dní až dva týždne. [UPDATE: Koncom decembra 2021 CDC skrátilo odporúčané obdobie izolácie pre jednotlivcov, ktorí majú COVID, na 5 dní, po ktorých nasleduje 5 dní maskovania okolo ostatných. Pre tých, ktorí sú vystavení známym prípadom vírusu, CDC odporúča 5-dňovú karanténu plus 5 dní maskovania pre neočkovaných. Alebo 10 dní maskovania, ak sa zaočkujú a posilnia.] Ešte iné odborníci odporučiť liečbu asymptomatických jedincov, ak majú pozitívny test na COVID antigén. (Výskum, však ukazuje, že infekčnosť asymptomatických jedincov je slabá. Výzva však spočíva v odlíšení asymptomatického od presymptomatického, čo je nákazlivé.) Vírus je zabitý liečbou pacienta, čo umožňuje obrannému systému tela reagovať a izolovať pacienta, kým je nákazlivý. Prevencia a včasná intervencia sú kľúčom k zvládnutiu pandémie. Toto je už známe, “sploštenie krivky. "

Sploštenie krivkyPri rokovaní so Zikou, odporúčania v oblasti verejného zdravia zahrňte prijatie opatrení doma, ktoré by zabránili inkubácii a rastu komárov – odstráňte stojacu vodu na dvore, odstráňte potenciálne rezervoáre, ako sú staré pneumatiky. podobne, odporúčania na zníženie šírenia Medzi koronavírusy patrí fyzický odstup, masky a zvýšená hygiena, ako je umývanie rúk a bezpečná likvidácia použitých vreckoviek.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ („Vonkajšie faktory, ako sú sociálne siete a informačné zdroje, môžu vnímanie rizika buď zosilniť, alebo podkopať.“)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

To, čo v súčasnej pandémii COVID nevidím, je cielený prístup založený na údajoch. Dokonca ani v Paname nebol prístup verejného zdravia k pandémii Zika univerzálny. Bolo nepraktické – pretože zdroje sú obmedzené – bojovať proti komárom na každom fronte a nebolo možné eliminovať všetky možné vektory. Zdroje sa teda venovali tým, ktorí sú najviac ohrození na základe geografie a základných podmienok.  

 

COVID-19 verejné zdravie a sociálne opatrenia

 

S pandémiou COVID-19 je tiež nepraktické zabrániť tomu, aby všetci ochoreli. Dozvedeli sme sa, že má väčší zmysel uprednostňovať zásahy v oblasti verejného zdravia pre tých najzraniteľnejších a pre populáciu ohrozenú najhoršími zdravotnými výsledkami. Ak sa budeme riadiť ekonomikou, máme údaje, ktoré oprávňujú venovať viac zdrojov a kontrolných opatrení na: Bezpečnostný plagát CDC Covid Guidelines

  • Oblasti s vysokou hustotou obyvateľstva – geografické aj situačné – mestá, verejná doprava a letecká doprava.
  • Inštitúcie, v ktorých sú ľudia so základnými ochoreniami, ktoré by prispeli k nepriaznivým výsledkom, ak by sa nakazili koronavírusom – nemocnice, kliniky
  • Jednotlivci s vyšším rizikom úmrtnosti, ak sa nakazia COVID-19, konkrétne staršie v domovoch dôchodcov, komunitách dôchodcov.
  • Štáty s podnebím priaznivejším pre replikáciu koronavírusu. SZO varuje že vírus sa šíri vo všetkých klimatických podmienkach, no existujú sezónne variácie, ktoré v zimných mesiacoch vykazujú prudké výkyvy
  • Jedinci s príznakmi majú vyššie riziko prenosu ochorenia na iných. Testovanie by sa malo zamerať na túto populáciu a rýchlo prijať opatrenia na izoláciu a liečbu.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Zdá sa, že Predbežné odporúčania WHO z júna 2021 sa prikláňajú týmto smerom. Nové odporúčania zahŕňajú opatrenia v oblasti verejného zdravia a sociálne opatrenia „šité na mieru miestnemu kontextu“. Usmernenie WHO nariaďuje, že „opatrenia [Verejné zdravie a sociálne] opatrenia by mali byť implementované na najnižšej administratívnej úrovni, pre ktorú je možné situačné hodnotenie, a prispôsobené miestnym podmienkam a podmienkam. Inými slovami, vyhodnocovanie údajov na najpodrobnejšej dostupnej úrovni a prijímanie opatrení. Táto publikácia tiež ďalej zužuje zameranie v „novej časti o úvahách o individuálnych opatreniach verejného zdravia na základe stavu imunity osoby voči SARS-CoV-2 po očkovaní proti COVID-19 alebo prekonanej infekcii“.

Mohol by COVID nasledovať Zika's Trend?

 

Počet prípadov vírusu Zika v USA a na teritóriách

 

Panama a celosvetovo údaje ukazujú podobné trendy pre prípady Zika. The typická progresia je, že pandémie sa zmenšujú na epidémie, potom na endemické s periodickými prepuknutiami. Dnes sa môžeme pozrieť späť na pandémiu Zika. Ponúkam slovo nádeje. S údajmi, skúsenosťami a časom sa koronavírus, podobne ako vírus Zika a všetky predchádzajúce vírusy, rozbehne.

Dodatočné čítanie: Zaujímavé, ale jednoducho sa nehodilo

 

Ako sa skončilo 5 najhorších pandémií na svete z kanála History Channel

Stručná história pandémií (Pandémie v celej histórii)

Ako končia pandémie? História naznačuje, že choroby vymiznú, ale takmer nikdy nezmiznú

Konečne ďalšia zbraň proti Covidu 

Ako Hovínko ponúka rady o šírení koronavírusu

Pravda za koronavírusovou hovno panikou