用數據對抗 COVID-19 病毒

by 2022 年 1 月 17 日商業智能/分析0評論

免責聲明

 

不要跳過這一段。 我猶豫要不要涉足這些有爭議的、經常是政治性的水域,但是當我遛狗時,我突然想到了一個想法,Demic。 我獲得了醫學博士學位,從那以後一直從事某種形式的醫療保健或諮詢工作。 在過去的 20 多年裡,我學會了批判性思維。 對於我在文章中討論的 IBM 團隊,我擔任數據科學家。 我說我會說醫學和數據的語言。 我不是流行病學家或公共衛生專家。 這不是為了辯護或批評任何特定的個人或政策。 我在這裡介紹的只是觀察。 我也希望能激起你的想法。    

 

用數據對抗寨卡病毒

 

首先,我的經歷。 2017 年,我被 IBM 從 2000 多名申請者中選中,參與一項公益性公共衛生項目。 我們五個人的團隊被派往巴拿馬國家一個月,與那裡的公共衛生部門合作。 我們的使命是創建一個 digital 有助於更快速、更有效地做出與幾種蚊媒傳染病相關的決策的工具; 主要的是寨卡病毒。 

該解決方案是實地調查人員和政策制定者之間的信息共享管道,以控制寨卡和其他傳染病。 換句話說,我們開發了一個移動應用程序來取代他們古老的將矢量檢查員派到現場的手動過程。 及時、準確的數據能夠更好地針對需要補救的區域(想想城市街區)進行戰略性定位,從而減少了爆發的規模和持續時間。  

從那時起,寨卡病毒大流行就開始了。  

人類行動並沒有結束寨卡病毒大流行。 公共衛生界通過診斷、教育和旅行建議努力控制它。 但最終,病毒自行傳播,感染了大部分人口,形成了群體免疫,從而阻止了傳播。  今天,寨卡病毒在世界某些地區被認為是地方性流行病,並伴有周期性爆發。

寨卡病毒傳播信息圖在一些 最早 最致命的流行病幾乎所有生病的人都死了。 對於寨卡病毒,“一旦大部分人口被感染,他們就會免疫,並且實際上可以保護其他人免受感染 [沒有疫苗可以預防寨卡病毒]。”  這就是寨卡病毒所發生的事情。 美洲的疫情已經結束,現在到 2021 年寨卡病毒的發病率非常低。 這是個好消息! 寨卡病毒在 2016 年達到頂峰,當時巴拿馬官員要求 IBM 提供幫助以對抗蚊子。 寨卡病毒傳播 | 寨卡病毒 | CDC

相關性不是因果關係,但在我們訪問巴拿馬之後,寨卡病毒大流行繼續減弱。 偶爾會爆發疫情,但此後並未達到同樣的關注程度。 一些人預計隨著自然免疫力的減弱和未暴露的個體遷移到寨卡病毒高風險區,鐘擺會向後擺動。

 

寨卡病毒和 COVID-19 大流行的相似之處

 

這與 COVID-19 有何關係? 導致 COVID-19 和寨卡病毒的病原體都是病毒。 它們確實有不同的主要傳播形式。 寨卡病毒主要通過蚊子傳播給人類。 存在人傳人的機會,但主要的傳播方式是直接來自蚊子。

對于冠狀病毒,已經表明一些動物,如 蝙蝠 鹿,確實攜帶病毒,但主要形式 傳輸 是人與人之間。

對於蚊媒疾病(寨卡病毒、基孔肯雅熱、登革熱),巴拿馬公共衛生部的目標之一是通過減少接觸媒介來最大限度地減少病毒接觸。 在美國,除了快速開發的疫苗外, 初級公共衛生 應對 COVID 的措施包括減少接觸和限制傳播給他人。 針對高危人群的緩解措施包括戴口罩、保持身體距離、隔離和 提早關閉酒吧.

這兩種疾病的遏制取決於……好吧,也許這就是它引起爭議的地方。 除了教育和共享數據,預防最嚴重後果的公共衛生目標可以集中在 1. 根除病毒,2. 根除病媒,3. 疫苗接種/保護最脆弱的人群(風險最高的個人)對於較差的結果),4. 群體免疫,或 5. 以上的某種組合。  

由於其他動物的載體,不可能根除這些病毒(除非你開始為蚊子和蝙蝠接種疫苗,我猜)。 我認為談論根除載體也沒有意義。 蚊子是一種令人討厭的東西,除了攜帶有害疾病外,但我相信它們會起到某種有用的作用。 我無法想像讓一種生命形式滅絕,因為它們對人類有害。  

那麼,讓我們談談高危人群的疫苗接種/保護和群體免疫。 顯然,我們對這場大流行的了解已經足夠深入,以至於公共衛生官員和政府已經做出了這些決定並決定了行動方針。 我不是在猜測方法,甚至不是事後諸葛亮。  

高風險人群 包括 65 歲及以上的老年人和患有嚴重基礎疾病的人; 心髒病、糖尿病、肥胖症、免疫功能低下等。我們要添加的內容 孕婦 對於寨卡病毒,因為它可以在宮內轉移。 

牛群免疫 是當特定人群達到通過疫苗或通過自然免疫保護免受疾病侵害的個體百分比時。 那時,對於那些沒有免疫力的人來說,患病的風險很低,因為攜帶者很少。 因此,那些處於高風險中的人受到以前接觸過的人的保護。 關於構成對冠狀病毒的群體免疫需要多少人口(接種疫苗+用抗體恢復)的現實百分比仍然存在爭議。

 

巴拿馬戰爭

 

與 IBM 的 寨卡倡議 在巴拿馬,我們能夠開發一個基於電話的實時應用程序,該應用程序帶有地理定位標記,完全實施後可以降低疫情的嚴重程度和持續時間。 通過取代勞動密集型且容易出錯的記錄和報告,數據在數小時而不是數週內到達決策者手中。 國家一級的公共衛生官員能夠將攜帶疾病的蚊子的實時位置報告與住院臨床病例的實時報告進行比較。 在與寨卡病毒的戰爭中,這些官員隨後將資源分配到這些特定地點,以消滅該地區的蚊子。 

所以,而不是 abroad 刷病的方法,他們把精力集中在問題領域和潛在問題領域。 這樣做,他們能夠更好地集中資源並能夠更快地扼殺熱點。

以所有這些為背景,我將嘗試在寨卡病毒大流行和我們當前的 COVID 大流行之間進行一些比較。 一 研究 在《助產與婦女健康雜誌》中,對臨床文獻進行了一項調查,並確定:“就有限的診斷技術、治療方法和預後不確定性而言,[寨卡病毒]疾病與 COVID-19 之間存在顯著相似之處。” 在這兩次大流行中,患者和臨床醫生都缺乏做出明智決定的信息。 同一機構內的公共衛生信息往往相互矛盾。 虛假信息在每次大流行時期的社交媒體平台上傳播。 嚴肅的科學辯論甚至導致了陰謀論。 不難想像,這些對易受傷害或高風險個體的病毒的反應中的每一個都會產生負面影響。

 

寨卡病毒和 COVID-19 的比較:臨床概述和公眾 健康信息

 

寨卡病毒病 新冠肺炎
向量 黃病毒:媒介埃及伊蚊和白紋伊蚊 3 冠狀病毒:飛沫、污染物 74
傳輸 蚊子是主要媒介

性傳播 10

通過輸血、實驗室暴露傳播 9

通過呼吸道飛沫傳播 74

可能的空氣傳播 75

懷孕期間的垂直傳播 孕婦向胎兒垂直傳播,易發生先天性感染 9 不太可能發生垂直傳播/先天性感染 76
症狀 通常無症狀; 輕度流感樣症狀,如發燒、關節痛、皮疹和結膜炎 3 無症狀; 也模仿正常的流鼻涕和懷孕的生理性呼吸困難 65
診斷測試 RT-PCR、NAAT、PRNT、IgM 血清學 32

假陰性和陽性率高 26

免疫球蛋白血清學與其他地方性黃病毒(如登革熱病毒)的交叉反應 26

圍產期診斷受限於超聲檢測病毒損傷的敏感性和特異性 20

RT-PCR、NAAT、IgM 血清學 42

靈敏度因暴露時間、取樣技術、樣本來源而異 76

提供快速抗原檢測(COVID-19 Ag Respi-Strip),但對其有效性、準確性和性能存在擔憂 76

檢測能力和實驗室試劑持續缺乏 42

療法 支持性護理

先天性寨卡綜合徵需要專門的護理、物理治療、癲癇發作的藥物治療、聽覺和視覺缺陷的矯正/修復 23

支持性護理

瑞德西韋在懷孕期間似乎是安全的

其他療法(利巴韋林、巴瑞替尼)具有致畸、胚胎毒性 39

 

縮寫:COVID-19,2019 冠狀病毒病; IgM,免疫球蛋白 M 類; NAAT,核酸擴增試驗; PRNT,斑塊減少中和試驗; RT-PCR,逆轉錄聚合酶鏈反應試驗。

作為 COVID-19 公共衛生應急響應的一部分,本文將通過 PubMed Central 免費提供。 在突發公共衛生事件期間,它可以以任何形式或以任何方式在承認原始來源的情況下用於不受限制的研究再利用和分析。 (由作者編輯)

在我們在巴拿馬的寨卡病毒體驗中,挨家挨戶檢查是否有蚊子。 今天,我們使用 COVID 測試來尋找冠狀病毒。 兩者都尋找病毒的證據,稱為載體檢查。 媒介檢查尋找潛在的病毒攜帶者的證據和允許它茁壯成長的條件。  

 

將 COVID-19 與以前的大流行病進行比較

 

與最近的其他流行病相比,就受影響的國家和確定的病例數量而言,COVID-19 是更普遍的流行病之一。 幸運的是,病死率 (CFR) 低於其他主要流行病。  

 

 

 

 

資源:    冠狀病毒與 SARS、豬流感和其他流行病的比較

 

冠狀病毒比此圖表中未包括的其他幾種疾病更致命。 2009 年爆發的豬流感 (H1N1) 感染了全球 700 億至 1.4 億人,但病死率為 0.02%。 500,000 年和 2015 年的 2016 例寨卡病毒疑似病例及其 18 例死亡也未出現在此圖表中。 為了使 COVID-19 更加最新,截至 2021 年 XNUMX 月, Worldomet是 冠狀病毒追踪網站顯示病例數為 267,921,597,死亡人數為 5,293,306,計算得出的 CFR 為 1.98%。 正如《助產士與婦女健康雜誌》研究中所述,由於 COVID-19 可能是無症狀的,他們甚至可能不知道自己生病了。 這些人沒有理由尋求測試,因此他們最終不會成為分母的一部分。 換句話說,這種情況可能導致 COVID-19 的發病率高於統計數據。

在大流行的早期階段,來自流行病學建模、臨床診斷和治療效果的數據通常很少。 初始階段的策略包括加強檢測和報告、溝通,以及努力為疫苗、檢測和治療準備預期的能力。 然後,每個人,無論是否有意識,都會根據他們對風險嚴重性的理解、他們感知到的應對威脅的能力和威脅的後果進行個人風險評估。 在當今社會,這些信念會被社交媒體和信息來源的飲食強化或削弱。

Covid-19 測試時間表

COVID測試 評估冠狀病毒的存在. 根據類型 test 給藥後,陽性結果要么表明患者有活動性感染(快速分子 PCR 測試或實驗室抗原測試),要么在某個時間點有感染(抗體測試)。  

如果一個人的症狀與 COVID 一致並且病毒抗原檢測呈陽性,則需要採取行動。 該行動將殺死病毒並阻止傳播。 但是,由于冠狀病毒的傳染性很強,症狀輕微且沒有其他潛在疾病的人, 專家 建議假設檢測呈陽性並將自己隔離 10 天到兩週。 [更新:在 2021 年 5 月下旬,CDC 將 COVID 感染者的建議隔離期縮短至 5 天,然後在其他人周圍進行 5 天的掩蔽。 對於那些接觸過已知病毒病例的人,疾病預防控制中心建議對未接種疫苗的人進行 5 天的隔離和 10 天的戴口罩。 或者,如果接種和加強了 XNUMX 天的掩蔽。] 還有其他 專家 如果 COVID 抗原檢測呈陽性,建議對無症狀個體進行治療。 (詳細介紹然而,這表明無症狀個體的傳染性較弱。 然而,挑戰在於區分無症狀和具有傳染性的症狀前。)通過治療患者殺死病毒,使身體的防禦系統產生反應,並在患者俱有傳染性時將其隔離。 預防和早期干預是控制大流行的關鍵。 這是現在熟悉的,“曲線變平

拉平曲線在對付寨卡病毒時, 公共衛生建議 包括在家中採取預防措施,防止蚊子滋生和生長——消除院子裡的積水,清除舊輪胎等潛在的蓄水池。 相似地, 減少傳播的建議 冠狀病毒包括保持身體距離、戴口罩和加強衛生,例如洗手和安全處理用過的紙巾。  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ (“社交網絡和信息來源等外部因素可以放大或削弱風險認知。”)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

在當前的 COVID 大流行中,我沒有看到有針對性的、數據驅動的、有針對性的方法。 即使在巴拿馬,應對寨卡病毒大流行的公共衛生方法也不是萬能的。 由於資源有限,在每條戰線上都與蚊子作鬥爭是不切實際的,而且不可能消除所有可能的媒介。 因此,根據地理和潛在條件,資源專門用於風險最高的人。  

 

COVID-19 公共衛生和社會措施

 

隨著 COVID-19 大流行,讓每個人都不會生病同樣不切實際。 我們了解到,將公共衛生干預優先用於最脆弱的人群和麵臨最差醫療結果風險的人群更有意義。 如果我們遵循經濟學,我們有數據證明投入更多資源和控制措施是合理的: CDC Covid 指南安全海報

  • 人口密度高的地區——地理和情境——城市、公共交通和航空旅行。
  • 有潛在疾病的人感染冠狀病毒會導致不良後果的機構——醫院、診所
  • 感染 COVID-19 時死亡風險較高的個人,即 老年 在療養院、退休社區。
  • 氣候更利于冠狀病毒複製的州。 WHO 警告 病毒在所有氣候中傳播,但存在季節性變化,在冬季會出現高峰
  • 有症狀的人將疾病傳染給他人的風險更高。 測試應該集中在這個人群上,並迅速採取行動進行隔離和治療。

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

看來, 世衛組織 2021 年 XNUMX 月臨時建議 正朝著這個方向傾斜。 新的建議包括“根據當地情況量身定制”的公共衛生和社會措施。 世衛組織的指導方針規定,“[公共衛生和社會]措施應由可能進行情況評估並適合當地環境和條件的最低行政級別實施。” 換句話說,在可用的最細粒度級別評估數據並採取行動。 該出版物還進一步縮小了“關於根據個人在 COVID-2 疫苗接種或過去感染後的 SARS-CoV-19 免疫狀態考慮個體化公共衛生措施的新部分”的關注範圍。

COVID可以跟隨寨卡的趨勢嗎?

 

美國和地區的寨卡病毒病例數

 

巴拿馬和 全世界 數據顯示寨卡病例的類似趨勢。 這 典型進展 是流行病減少為流行病,然後是周期性爆發的地方病。 今天,我們能夠回顧寨卡病毒大流行。 我提出希望的話。 有了數據、經驗和時間,冠狀病毒,就像寨卡病毒和之前的所有病毒一樣,將自生自滅。

補充閱讀:有趣,但不合適

 

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