Борба с вируса COVID-19 с данни

by Jan 17, 2022BI/Аналитика0 коментари

Отказ от отговорност

 

Не пропускайте този параграф. Колебам се да вляза в тези спорни, често политически води, но ми хрумна една мисъл, докато разхождах кучето си Демич. Спечелих докторска степен и оттогава се занимавам с някаква форма на здравеопазване или консултиране. През последните 20+ години се научих на критично мислене. За екипа на IBM, който обсъждам в статията, действах като Data Scientist. Казвам, че говоря езиците на медицината и данните. Не съм епидемиолог или експерт по обществено здраве. Това не е предназначено да бъде защита или критика на някое конкретно лице или политика. Това, което представям тук, са само наблюдения. Надявам се да раздвижа и вашите мисли.    

 

Борба със Зика с данни

 

Първо, моят опит. През 2017 г. бях избран от IBM измежду над 2000 кандидати, за да участвам в проект за обществено здраве безвъзмездно. Екип от петима от нас беше изпратен в страната Панама за един месец, за да работи с отдела за обществено здраве там. Нашата мисия беше да създадем a digital инструмент, който би улеснил по-бързото и ефективно вземане на решения, свързани с няколко инфекциозни болести, пренасяни от комари; основният е Зика. 

Решението беше тръбопровод за обмен на информация между теренни изследователи и политици за контрол на Зика и други инфекциозни заболявания. С други думи, разработихме мобилно приложение, което да замени техния вековен ръчен процес на изпращане на векторни инспектори на полето. Навременните, точни данни намалиха размера и продължителността на огнището, като успяха да се насочат по-добре стратегически към областите – помислете за градски блок – които се нуждаят от саниране.  

Оттогава пандемията Зика тече.  

Човешките действия не сложиха край на пандемията Зика. Общественото здравеопазване работи за ограничаването му чрез диагностика, образование и съвети за пътуване. Но в крайна сметка вирусът се развива, заразява голяма част от населението и се развива стаден имунитет, като по този начин спира разпространението.  Днес Зика се счита за ендемичен в някои части на света с периодични пробиви.

Инфографика за предаване на ЗикаВ някои от ранната и най-смъртоносните пандемии почти всеки, който се разболее, умря. СЪС Зика: „След като голяма част от населението е заразено, те са имунизирани и всъщност защитават други хора от заразяване [няма ваксина за защита срещу Зика].“  Това се случи със Зика. Огнището е приключило в Северна и Южна Америка и заболеваемостта от Зика сега през 2021 г. е много ниска. Това е страхотната новина! Зика достигна своя връх през 2016 г. точно когато властите в Панама помолиха IBM да изпрати помощ за борба с комарите. Зика предаване | Вирус Зика | CDC

Корелацията не е причинно-следствена връзка, но след посещението ни в Панама пандемията Зика продължи да намалява. Има случайни огнища, но оттогава не е достигнало същото ниво на безпокойство. Някои очакват махалото да се завърти назад, тъй като естественият имунитет намалява и неекспонираните индивиди мигрират в зони с висок риск от Зика.

 

Паралели на пандемията Зика и COVID-19

 

Как това е свързано с COVID-19? И двата патогена, които са отговорни както за COVID-19, така и за Zika, са вируси. Те имат различни първични форми на предаване. Zika се предава главно от комари на хора. Има възможности за предаване от човек на човек, но основната форма на предаване е директно от комара.

За коронавируса е доказано, че някои животни, като борба намлява елен, носят вируса, но основната форма на предаване е човек на човек.

С болестите, пренасяни от комари (Зика, Чикунгуня, треска денга), една от целите на министерството на общественото здраве на Панама беше да сведе до минимум излагането на вируса чрез намаляване на излагането на вектора. В САЩ, в допълнение към бързо разработената ваксина, първично обществено здраве мерките за справяне с COVID включват намаляване на експозицията и ограничаване на разпространението върху други хора. Мерките за смекчаване за тези, които са изложени на висок риск, включват маскиране, физическо дистанциране, изолация и затваряне на баровете по-рано.

Ограничаването на двете заболявания зависи от... добре, може би тук става въпрос за спор. В допълнение към образованието и споделянето на данни, целите на общественото здраве за предотвратяване на най-тежките резултати могат да бъдат фокусирани върху 1. ликвидиране на вируса, 2. ликвидиране на вектора, 3. ваксинация/защита на най-уязвимите (лица с най-висок риск за лош изход), 4. стаден имунитет или 5. някаква комбинация от горните.  

Поради векторите в други животни е невъзможно да се изкоренят тези вируси (освен ако не започнете да ваксинирате комари и прилепи, предполагам). Мисля, че също няма смисъл да говорим за унищожаване на векторите. Комарите са неудобство, освен че пренасят вредни болести, но съм сигурен, че служат за някаква полезна цел. Не мога да си представя да изчезна форма на живот, защото те са досадни за хората.  

И така, нека поговорим за ваксинация/защита на високорискови групи и стаден имунитет. Очевидно сме достатъчно далеч в тази пандемия, че служителите на общественото здравеопазване и правителствата вече са взели тези решения и са решили курс на действие. Не съм втори да предполагам подхода или дори да хвърлям камъни с перфектна ретроспектива.  

Лица с по-висок риск включват по-възрастни хора на 65 и повече години и тези със сериозни основни заболявания; неща като сърдечни заболявания, диабет, затлъстяване, имунокомпрометиран и т.н. Към тези, които бихме добавили бременни жени за Zika, защото може да се пренесе вътреутробно. 

Имунитет на стадото е когато конкретна популация достигне процент от индивиди, които са защитени от болестта или чрез ваксина, или чрез естествен имунитет. В този момент за тези, които не са имунизирани, рискът от заболяване е нисък, защото има толкова малко носители. По този начин тези, които са изложени на висок риск, са защитени от тези, които са били изложени преди това. Остава дебатът за това какъв реалистичен процент от населението (ваксинирано + възстановено с антитела) би било необходимо, за да се създаде стаден имунитет срещу коронавирус.

 

Войната в Панама

 

С тези на IBM Инициатива Зика в Панама успяхме да разработим базирано на телефона приложение в реално време с геолокационна маркировка, което би могло да намали както тежестта, така и продължителността на огнища, когато бъде напълно внедрена. Чрез замяна на трудоемкото и податливо на грешки записване и отчитане, данните достигат до вземащите решения за часове, вместо за седмици. Служителите на общественото здравеопазване на национално ниво успяха да сравнят докладите за местоположение в реално време на комари, пренасящи болести, с докладването в реално време на хоспитализирани клинични случаи. Във войната срещу вируса Зика тези служители след това насочиха ресурси към тези специфични места, за да унищожат комарите в тази област. 

Така че вместо abroad четки подход към борбата с болестта, те концентрираха усилията си върху проблемни зони и потенциални проблемни области. По този начин те успяха да фокусират по-добре ресурсите и успяха по-бързо да премахнат горещите точки.

С всичко това като фон, ще се опитам да направя някои паралели между пандемията Зика и настоящата ни пандемия COVID. едно проучване в Journal of Midwifery & Women's Health направи проучване на клиничната литература и установи: „Има значителни паралели между болестта [вируса Зика] и COVID-19 по отношение на ограничените диагностични техники, терапевтични средства и несигурност в прогнозата“. И при двете пандемии пациентите и клиницистите нямаха информация, за да вземат информирани решения. Съобщенията за общественото здраве често са противоречиви в рамките на една и съща институция. Дезинформацията се разпространяваше в платформите на социалните медии по време на всяка пандемия. Сериозният научен дебат дори доведе до теории на конспирацията. Не е трудно да си представим, че всеки от тези отрицателно повлияни реакции на вирусите при уязвимите или високорискови индивиди.

 

Сравнение на вируса Зика и COVID-19: Клиничен преглед и общественост Здравни съобщения

 

Вирусна болест Зика COVID-19
Вектор Флавивирус: векторни комари Aedes aegypti и Aedes albopictus 3 Коронавирус: капчици, фомити 74
трансмисия Комарите са основен вектор

Сексуално предаване 10

Предава се чрез кръвопреливане, лабораторна експозиция 9

Предава се чрез дихателни капчици 74

Вероятно предаване по въздух 75

Вертикално предаване по време на бременност Настъпва вертикално предаване от бременна на плод и е вероятно вродена инфекция 9 Вертикално предаване/вродена инфекция е малко вероятно 76
Симптоми Често безсимптомно; леки грипоподобни симптоми като треска, артралгия, обрив и конюнктивит 3 Безсимптомно; също така имитира нормална ринорея и физиологична диспнея по време на бременност 65
Диагностично тестване RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM серологии 32

Висок процент на фалшиви отрицателни и положителни резултати 26

Кръстосана реакция на имуноглобулинови серологии с други ендемични флавивируси, като вируса на треската на денга 26

Перинаталната диагностика е ограничена от чувствителността и специфичността на ултразвука за откриване на вирусно увреждане 20

RT-PCR, NAAT, IgM серологии 42

Чувствителността варира в зависимост от времето от експозиция, техника на вземане на проби, източник на проба 76

Налични са бързи тестове за антиген (COVID-19 Ag Respi-Strip), но има опасения относно тяхната валидност, точност и ефективност 76

Продължаваща липса на капацитет за тестване и лабораторни реагенти 42

терапевтика Поддържаща грижа

Вроденият синдром на Зика изисква специализирани грижи, физиотерапия, фармакотерапевтични средства за гърчове, корекция/протезиране при слухови и оптични дефицити 23

Поддържаща грижа

Remdesivir изглежда безопасен по време на бременност

Други терапии (рибавирин, барицитиниб) са тератогенни, ембриотоксични 39

 

Съкращения: COVID-19, коронавирусна болест 2019; IgM, имуноглобулин клас M; NAAT, тест за амплификация на нуклеинова киселина; PRNT, тест за неутрализация за намаляване на плака; RT-PCR, тест за полимеразна верижна реакция с обратна транскрипция.

Тази статия се предоставя безплатно чрез PubMed Central като част от спешната реакция на общественото здравеопазване COVID-19. Може да се използва за неограничена повторна употреба и анализ на изследвания под каквато и да е форма или по какъвто и да е начин с потвърждаване на оригиналния източник, по време на спешната ситуация в общественото здравеопазване. (редактирано от автора)

В нашия опит със Зика в Панама, проверките от врата до врата търсеха комари. Днес използваме тестове за COVID, за да търсим коронавирус. И двамата търсят доказателства за вируса, наричани векторна инспекция. Инспекцията на векторите търси доказателства за потенциални носители на вируса и условия, които му позволяват да процъфтява.  

 

Сравняване на COVID-19 с предишни пандемии

 

В сравнение с други скорошни епидемии, COVID-19 се счита за един от най-разпространените по отношение на засегнатите страни и броя на установените случаи. За щастие, процентът на смъртност (CFR) е по-нисък от другите големи епидемии.  

 

 

 

 

Източник:    Как коронавирусът се сравнява с ТОРС, свински грип и други епидемии

 

Коронавирусът се нарежда по-смъртоносно от няколко други болести, които не са включени в тази класация. Избухването на свински грип (H2009N1) през 1 г. зарази между 700 милиона и 1.4 милиарда души в световен мащаб, но има CFR от 0.02%. В тази диаграма също не са 500,000 2015 предполагаеми случая на вируса Зика през 2016 и 18 г. и 19 смъртни случая. За да бъде COVID-2021 по-актуален, от декември XNUMX г Worldomet е Уебсайтът за проследяване на коронавирус показва броя на случаите на 267,921,597 5,293,306 1.98 с 19 19 XNUMX смъртни случая при изчислен CFR от XNUMX%. Тъй като COVID-XNUMX може да бъде асимптоматичен, както е описано в проучването на Journal of Midwifery & Women's Health, те може дори да не знаят, че са болни. Няма причина тези хора да търсят тест, за да не станат част от знаменателя. С други думи, този сценарий може да доведе до по-висок процент на случаи на COVID-XNUMX, отколкото показва статистиката.

В ранните фази на пандемията данните от епидемиологичното моделиране, клиничната диагноза и ефикасността на лечението често са оскъдни. Стратегиите в началната фаза включват засилване на тестването и докладването, комуникация и опит за подготовка на очаквания капацитет за ваксина, тестване и лечение. Тогава всеки, независимо дали е в съзнание или не, прави индивидуална оценка на риска въз основа на своето разбиране за тежестта на риска, възприеманата им способност да се справя със заплахата и последствията от заплахата. В днешното общество тези вярвания се засилват или отслабват от диетата на социалните медии и източниците на информация.

Хронология за тестване на Covid-19

Тестове за COVID оценка на наличието на коронавирус. В зависимост от вида на тест приложен, положителният резултат или ще показва, че пациентът има активна инфекция (бърз молекулярно PCR тест или лабораторни антигенни тестове) или е имал инфекция в някакъв момент (тест за антитела).  

Ако човек има симптоми, съответстващи на COVID и положителен тест за вирусен антиген, действията са оправдани. Това действие ще бъде да убие вируса и да спре разпространението. Но тъй като коронавирусът е толкова заразен, хората с леки симптоми и без други основни състояния, експерти препоръчват приемането на положителен тест и се поставят под карантина за 10 дни до две седмици. [АКТУАЛИЗАЦИЯ: В края на декември 2021 г. CDC съкрати препоръчителния период на изолация за лица, които имат COVID, до 5 дни, последвани от 5 дни маскиране около други. За тези, които са изложени на известни случаи на вируса, CDC препоръчва 5-дневна карантина плюс 5 дни маскиране за неваксинираните. Или 10 дни маскиране, ако сте ваксинирани и подсилени.] Още друго експерти препоръчват лечение на асимптоматични лица, ако имат положителен тест за антиген на COVID. (изследване, обаче показва, че инфекциозността на асимптоматичните индивиди е слаба. Предизвикателството обаче е да се разграничат асимптоматичните от пресимптоматичните, които са заразни.) Вирусът се убива чрез лечение на пациента, позволявайки на защитната система на тялото да реагира и изолира пациента, докато е заразен. Превенцията и ранната намеса са ключът към управлението на пандемията. Това е вече познатото "изравняване на кривата"

Изравняване на криватаСправяйки се със Зика, препоръки за обществено здраве включват вземане на предпазни мерки у дома, които биха предотвратили инкубацията и растежа на комарите – елиминирайте застоялата вода в двора си, отстранете потенциални резервоари като стари гуми. По същия начин, препоръки за намаляване на разпространението от коронавируса включват физическо дистанциране, маски и повишена хигиена, като измиване на ръцете и безопасно изхвърляне на използваните тъкани.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ („Външни фактори като социални мрежи и източници на информация могат или да засилят, или да подкопаят възприемането на риска.“)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Това, което не виждам в настоящата пандемия на COVID, е целенасочен подход, основан на данни. Дори в Панама подходът на общественото здраве към пандемията Зика не беше универсален. Беше непрактично – тъй като ресурсите са ограничени – да се борим с комарите на всеки фронт и беше невъзможно да се премахнат всички възможни вектори. Така че ресурсите бяха посветени на тези, които са изложени на най-висок риск въз основа на географията и основните условия.  

 

COVID-19 Обществено здраве и социални мерки

 

С пандемията от COVID-19 също е непрактично да се предпази всички от разболяване. Това, което научихме, е, че е по-разумно да се приоритизира интервенцията в общественото здравеопазване на най-уязвимите и на популациите, изложени на риск от най-лошите медицински резултати. Ако следваме икономиката, имаме данните, които да оправдаят отделянето на повече ресурси и мерки за контрол за: Плакат за безопасност на CDC Covid

  • Райони с висока гъстота на населението – географски, както и ситуационни – градове, обществен транспорт и въздушен транспорт.
  • Институции, в които има хора с основни състояния, които биха допринесли за неблагоприятни резултати, ако се заразят с коронавирус – болници, клиники
  • Лица с по-висок риск от смъртност, ако се заразят с COVID-19, а именно възрастен в старчески домове, пенсионерски общности.
  • Държави с климат, по-благоприятен за възпроизвеждане на коронавирус. СЗО предупреждава че вирусът се разпространява във всички климатични условия, но има сезонни вариации, които показват пикове през зимните месеци
  • Хората със симптоми имат по-висок риск от предаване на болестта на други хора. Тестването трябва да бъде фокусирано върху тази популация и бързо да се предприемат действия за изолиране и лечение.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Изглежда, че Междинни препоръки на СЗО от юни 2021 г клонят в тази посока. Новите препоръки включват мерки за обществено здравеопазване и социални мерки, „съобразени с местния контекст“. Ръководството на СЗО диктува, че „мерките [Обществено здравеопазване и социални] трябва да се прилагат от най-ниското административно ниво, за което е възможна ситуационна оценка и съобразени с местните условия и условия“. С други думи, оценка на данните на най-детайлното налично ниво и предприемане на действия. Тази публикация също така стеснява фокуса в „нов раздел относно съображенията за индивидуализирани мерки за обществено здраве въз основа на имунния статус на дадено лице срещу SARS-CoV-2 след ваксинация срещу COVID-19 или минала инфекция“.

Може ли COVID да последва тенденцията на Зика?

 

Броя на случаите на Зика в САЩ и територии

 

Панама и в световен мащаб данните показват подобни тенденции за случаите на Зика. В типична прогресия е, че пандемиите намаляват до епидемии, след това ендемии с периодични огнища. Днес можем да погледнем назад към пандемията Зика. Предлагам дума на надежда. С данни, опит и време, коронавирусът, подобно на вируса Zika и всички вируси преди това, ще се развива.

Допълнително четиво: Интересно, но просто не пасва

 

Как приключиха 5 от най-тежките пандемии в света от History Channel

Кратка история на пандемиите (пандемии през цялата история)

Как завършват пандемиите? Историята предполага, че болестите избледняват, но почти никога не си отиват

И накрая, още едно оръжие срещу Covid 

Как Poop предлага намеци за разпространението на коронавирус

Истината зад паниката за изпражнения от коронавирус

 

BI/АналитикаБез категория
Как 2500-годишен метод може да подобри вашия анализ

Как 2500-годишен метод може да подобри вашия анализ

Сократовият метод, погрешно практикуван, може да доведе до „сводничество“. Юридическите и медицинските училища го преподават от години. Сократовият метод е полезен не само за лекари и адвокати. Всеки, който ръководи екип или наставлява младши персонал, трябва да притежава тази техника в...

Вижте повече

BI/АналитикаБез категория
Защо Microsoft Excel е инструмент №1 за анализ
Защо Excel е инструмент №1 за анализ?

Защо Excel е инструмент №1 за анализ?

  Това е евтино и лесно. Софтуерът за електронни таблици Microsoft Excel вероятно вече е инсталиран на компютъра на бизнес потребителя. И много потребители днес са били изложени на софтуера на Microsoft Office от гимназията или дори по-рано. Този дрезгав отговор на...

Вижте повече

BI/АналитикаБез категория
Разчистете своите прозрения: Ръководство за пролетно почистване на Google Анализ

Разчистете своите прозрения: Ръководство за пролетно почистване на Google Анализ

Разчистете вашите прозрения Ръководство за анализ Пролетно почистване Новата година започва с гръм и трясък; Докладите в края на годината се създават и разглеждат внимателно и след това всеки се установява в последователен работен график. Когато дните стават по-дълги и дърветата и цветята цъфтят,...

Вижте повече

BI/АналитикаБез категория
NY Style срещу Chicago Style Pizza: Вкусен дебат

NY Style срещу Chicago Style Pizza: Вкусен дебат

Когато задоволяваме желанията си, малко неща могат да съперничат на насладата от горещо парче пица. Дебатът между пицата в стил Ню Йорк и този в Чикаго предизвиква страстни дискусии от десетилетия. Всеки стил има свои уникални характеристики и предани фенове....

Вижте повече

BI/АналитикаАнализ на Cognos
Студио за заявки Cognos
Вашите потребители искат своето студио за заявки

Вашите потребители искат своето студио за заявки

С пускането на IBM Cognos Analytics 12, отдавна обявеното оттегляне на Query Studio и Analysis Studio най-накрая беше доставено с версия на Cognos Analytics без тези студия. Въпреки че това не трябва да е изненада за повечето хора, ангажирани с...

Вижте повече

BI/АналитикаБез категория
Реален ли е ефектът на Тейлър Суифт?

Реален ли е ефектът на Тейлър Суифт?

Някои критици предполагат, че тя повишава цените на билетите за Super Bowl Този уикенд се очаква Super Bowl да бъде едно от 3-те най-гледани събития в историята на телевизията. Вероятно повече от миналогодишните рекордни числа и може би дори повече от луната през 1969 г.

Вижте повече