Боротьба з вірусом COVID-19 за допомогою даних

by Січень 17, 2022BI/Аналітикакоментарі 0

відмова

 

Не пропускайте цей абзац. Я не вагаюся вбиратися в ці суперечливі, часто політичні води, але одна думка спала мені на думку, коли я вигулював свого собаку Деміка. Я отримав ступінь доктора медицини і відтоді працював у тій чи іншій формі охорони здоров’я чи консультування. За останні 20+ років я навчився критично мислити. Для команди IBM, про яку я розповідаю в цій статті, я виступав у ролі Data Scientist. Я кажу, що розмовляю мовами медицини та даних. Я не епідеміолог і не експерт із охорони здоров’я. Це не має на меті захист або критику будь-якої конкретної особи чи політики. Те, що я тут наводжу, це лише спостереження. Сподіваюся, також сколихнути ваші думки.    

 

Боротьба з вірусом Зіка за допомогою даних

 

По-перше, мій досвід. У 2017 році IBM відібрав мене з понад 2000 претендентів для участі в проекті громадського здоров’я на безоплатній основі. Команда з п’яти з нас була відправлена ​​до країни Панама на місяць для роботи з тамтешнім департаментом охорони здоров’я. Нашою місією було створення a digital інструмент, який сприятиме більш швидкому та ефективному прийняттю рішень щодо кількох інфекційних захворювань, що передаються комарами; головна з них - Зіка. 

Рішенням став канал обміну інформацією між польовими дослідниками та політиками для боротьби з вірусом Зіка та іншими інфекційними захворюваннями. Іншими словами, ми розробили мобільний додаток, щоб замінити їхній давній ручний процес відправки інспекторів-перевізників у поле. Своєчасні та точні дані зменшили розмір і тривалість спалаху, завдяки можливості краще стратегічно націлюватися на райони – наприклад, міський квартал – які потребують санації.  

З того часу пандемія Зіка пішла своїм ходом.  

Дія людини не припинила пандемію Зіка. Співтовариство громадського здоров’я працювало над його стримуванням за допомогою діагностики, освіти та рекомендацій щодо подорожей. Але в кінцевому підсумку вірус пішов своїм ходом, заразив значну частину населення, і виник колективний імунітет, таким чином зупинивши поширення.  Сьогодні вірус Зіка вважається ендемічним у деяких частинах світу з проривами місячних.

Інфографіка передачі ЗікаУ деяких з раніше і найсмертоносніші пандемії майже всі, хто захворів, померли. З Зіка: «Як тільки велика частина населення заражена, вони мають імунітет і фактично захищають інших людей від зараження [не існує вакцини, яка б захистила від Зіка]».  Так сталося з Зікою. Спалах закінчився в Америці, і зараз у 2021 році рівень захворюваності на Зіка дуже низький. Це чудова новина! Пік вірусу Зіка припав на 2016 рік, коли панамські чиновники попросили IBM надіслати допомогу для боротьби з комарами. Передача вірусу Зіка | Вірус Зіка | CDC

Співвідношення не є причинним зв’язком, але після нашого візиту до Панами пандемія Зіка продовжувала спадати. Час від часу трапляються спалахи, але з тих пір вони не досягли такого рівня занепокоєння. Деякі очікують, що маятник повернеться назад, оскільки природний імунітет слабшає, а особи, які не зазнали впливу, мігрують у зони високого ризику вірусу Зіка.

 

Паралелі вірусу Зіка та пандемії COVID-19

 

Як це пов’язано з COVID-19? Обидва збудники, які відповідають як за COVID-19, так і за Зіка, є вірусами. Вони мають різні основні форми передачі. Зіка в основному передається від комарів до людей. Є можливості передачі від людини до людини, але основна форма передачі – безпосередньо від комара.

Для коронавірусу було показано, що деякі тварини, як кажани та олень, дійсно переносять вірус, але основна форма передача є від людини до людини.

У зв’язку з захворюваннями, що передаються комарами (Зіка, Чикунгунья, лихоманка Денге), однією з цілей міністерства охорони здоров’я Панами було мінімізувати вплив вірусу шляхом зменшення впливу переносника. У США, на додаток до швидко розробленої вакцини, в первинне здоров'я населення заходи для боротьби з COVID включають зниження ризику зараження та обмеження поширення на інших. Заходи пом’якшення для тих, хто знаходиться в групі високого ризику, включали маскування, фізичне дистанціювання, ізоляцію та дострокове закриття барів.

Стримка обох захворювань залежить від… добре, можливо, саме тут це стає суперечливим. На додаток до освіти та обміну даними, цілі громадського здоров’я щодо запобігання найтяжчим наслідкам можуть бути зосереджені на 1. ліквідації вірусу, 2. ліквідації переносника, 3. вакцинації/захисті найбільш уразливих (особистих груп найвищого ризику). для поганого результату), 4. колективний імунітет, або 5. деяка комбінація вищезгаданого.  

Через переносників інших тварин неможливо знищити ці віруси (якщо ви не почнете вакцинувати комарів і кажанів, я думаю). Я вважаю, що теж не має сенсу говорити про викорінення переносників. Комарі, крім того, що переносять шкідливі хвороби, доставляють неприємність, але я впевнений, що вони служать певній корисній цілі. Я не можу уявити, щоб вимерли форми життя, тому що вони заважають людям.  

Отже, поговоримо про вакцинацію/захист груп високого ризику та колективного імунітету. Очевидно, що ми настільки глибоко заглибилися в цю пандемію, що чиновники з охорони здоров’я та уряди вже прийняли ці рішення та визначили курс дій. Я не здогадуюсь про підхід чи навіть кидаю каміння з ідеальною ретроспективністю.  

Особи підвищеного ризику включають літніх людей від 65 років і тих, хто має серйозні захворювання; такі речі, як серцеві захворювання, цукровий діабет, ожиріння, ослаблений імунітет тощо. Ми б додали до них вагітних жінок для Зіка, оскільки він може передаватися внутрішньоутробно. 

Імунітет стада Це коли конкретна популяція досягає відсотка осіб, які захищені від хвороби або вакциною, або природним імунітетом. У цей момент для тих, у кого немає імунітету, ризик захворювання низький, оскільки носіїв дуже мало. Таким чином, ті, хто знаходиться в групі високого ризику, захищені тими, хто раніше піддавався впливу. Тривають дискусії щодо того, який реалістичний відсоток населення (щеплене + одужало антитілами) потрібен для формування колективного імунітету проти коронавірусу.

 

Війна в Панамі

 

З IBM Ініціатива Зіка у Панамі ми змогли розробити програму для телефонів у режимі реального часу з позначенням геолокації, яка могла б зменшити як тяжкість, так і тривалість спалахів, якщо їх повністю запровадити. Замінивши трудомісткий і схильний до помилок запис і звітність, дані доходили до тих, хто приймає рішення, за години, а не за тижні. Посадовці охорони здоров’я на національному рівні змогли порівняти звіти про місцеположення комарів, які переносять хворобу, у режимі реального часу зі звітами про госпіталізовані клінічні випадки. Під час війни з вірусом Зіка ці чиновники потім направили ресурси в ці конкретні місця, щоб знищити комарів у цій місцевості. 

Отже, замість abroad підходячи до боротьби з хворобою, вони зосередили свої зусилля на проблемних зонах і потенційних проблемних зонах. При цьому вони змогли краще зосередити ресурси та швидше ліквідувати гарячі точки.

Виходячи з усього цього, я спробую провести деякі паралелі між пандемією Зіка та нашою нинішньою пандемією COVID. один вчитися У журналі Journal of Midwifery & Women's Health провели опитування клінічної літератури і визначили: «Є значні паралелі між хворобою [вірусом Зіка] та COVID-19 з точки зору обмежених методів діагностики, лікування та невизначеності прогнозу». Під час обох пандемій пацієнтам і клініцистам не вистачало інформації, щоб приймати обґрунтовані рішення. Повідомлення громадського здоров’я часто суперечили в одній і тій самій установі. Дезінформація поширювалася в соціальних мережах у часи кожної пандемії. Серйозні наукові дебати навіть призвели до теорій змови. Неважко уявити, що кожне з цих негативно вплинуло на реакцію на віруси у вразливих осіб або осіб із високим ризиком.

 

Порівняння вірусу Зіка та COVID-19: клінічний огляд та громадськість Повідомлення про здоров'я

 

Захворювання вірусом Зіка COVID-19
вектор Флавівірус: переносники комарів Aedes aegypti та Aedes albopictus 3 Коронавірус: крапельки, фоміти 74
передача Комарі є основним переносником

Сексуальна передача 10

Передається шляхом переливання крові, лабораторного впливу 9

Передається повітряно-крапельним шляхом 74

Ймовірна передача повітряно-крапельним шляхом 75

Вертикальна передача під час вагітності Відбувається вертикальна передача від вагітної людини до плода, і ймовірно вроджене зараження 9 Вертикальна передача/вроджена інфекція малоймовірна 76
Симптоми Часто протікає безсимптомно; легкі симптоми, схожі на грип, такі як лихоманка, артралгія, висипання та кон’юнктивіт 3 Безсимптомний; також імітує звичайну ринорею та фізіологічну задишку під час вагітності 65
Діагностичне тестування RT-PCR, NAAT, PRNT, серологічні дослідження IgM 32

Високий рівень хибнонегативних і позитивних результатів 26

Перехресна реакція серології імуноглобуліну з іншими ендемічними флавівірусами, такими як вірус лихоманки денге 26

Перинатальна діагностика обмежена чутливістю та специфічністю ультразвукового дослідження для виявлення вірусного ураження 20

RT-PCR, NAAT, серологічні дослідження IgM 42

Чутливість змінюється залежно від часу від опромінення, техніки відбору проб, джерела зразка 76

Швидкі тести на антиген (COVID-19 Ag Respi-Strip) доступні, але є побоювання щодо їх валідності, точності та ефективності 76

Тривала відсутність тестових потужностей і лабораторних реагентів 42

Лікувальна справа Підтримуюча допомога

Вроджений синдром Зіка вимагає спеціалізованого догляду, фізіотерапії, фармакотерапевтичних засобів для судомних розладів, корекції/протезування при слухових та оптичних дефіцитах 23

Підтримуюча допомога

Ремдезивір виявляється безпечним під час вагітності

Інші види терапії (рибавірин, барицитиніб) є тератогенними, ембріотоксичними 39

 

Скорочення: COVID-19, коронавірусна хвороба 2019; IgM, імуноглобулін класу М; NAAT, тест ампліфікації нуклеїнової кислоти; PRNT, тест нейтралізації зменшення нальоту; RT-PCR, тест полімеразної ланцюгової реакції з зворотною транскрипцією.

Ця стаття надається у вільний доступ через PubMed Central в рамках реагування на надзвичайну ситуацію у сфері охорони здоров’я COVID-19. Його можна використовувати для необмеженого повторного використання та аналізу в будь-якій формі або будь-яким способом із зазначенням першоджерела протягом періоду надзвичайної ситуації у сфері охорони здоров’я. (за редакцією автора)

У нашому досвіді з Зіка в Панамі, інспекції від дверей до дверей шукали комарів. Сьогодні ми використовуємо тести на COVID для пошуку коронавірусу. Обидва шукають докази вірусу, що називають перевіркою векторів. Інспекція векторів шукає докази потенційних носіїв вірусу та умови, які дозволяють йому процвітати.  

 

Порівняння COVID-19 з попередніми пандеміями

 

Порівняно з іншими нещодавніми епідеміями, COVID-19 вважається одним із найбільш поширених з точки зору уражених країн та кількості виявлених випадків. На щастя, рівень смертності (CFR) нижчий, ніж при інших великих епідеміях.  

 

 

 

 

джерело:    Як коронавірус у порівнянні з ГРВІ, свинячим грипом та іншими епідеміями

 

Коронавірус є більш смертельним, ніж кілька інших захворювань, які не включені в цю таблицю. Спалах свинячого грипу (H2009N1) у 1 році заразив від 700 мільйонів до 1.4 мільярда людей у ​​всьому світі, але мав CFR 0.02%. У цій діаграмі також немає 500,000 2015 підозрюваних випадків вірусу Зіка в 2016 і 18 роках і 19 смертей від нього. Щоб оновити COVID-2021, станом на грудень XNUMX р Світометр На веб-сайті відстеження коронавірусу кількість випадків зараження становить 267,921,597 5,293,306 1.98 із 19 19 XNUMX смертями при розрахунковому CFR XNUMX%. Оскільки COVID-XNUMX може протікати безсимптомно, як описано в дослідженні Journal of Midwifery & Women's Health, вони можуть навіть не знати, що вони хворі. У цих людей немає ніяких причин шукати тест, щоб вони в кінцевому підсумку не стали частиною знаменника. Іншими словами, цей сценарій може призвести до того, що кількість випадків COVID-XNUMX буде вищою, ніж показує статистика.

На ранніх фазах пандемії дані епідеміологічного моделювання, клінічної діагностики та ефективності лікування часто є мізерними. Стратегії на початковій фазі включають посилення тестування та звітності, комунікацію та спробу підготувати передбачуваний потенціал для вакцини, тестування та лікування. Тоді кожен, свідомий чи ні, робить індивідуальну оцінку ризику на основі свого розуміння серйозності ризику, своєї уявної здатності протистояти загрозі та наслідкам загрози. У сучасному суспільстві ці переконання потім посилюються або послаблюються дієтою соціальних мереж та джерел інформації.

Хронологія тестування на Covid-19

Тести на COVID оцінити наявність коронавірусу. Залежно від типу тест При введенні позитивний результат буде вказувати на те, що у пацієнта активна інфекція (тест на швидку молекулярну ПЛР або лабораторні тести на антиген) або на інфекцію в якийсь момент (тест на антитіла).  

Якщо у людини є симптоми, що відповідають COVID, і позитивний тест на вірусний антиген, необхідні заходи. Ця дія полягатиме в знищенні вірусу та зупинці поширення. Але оскільки коронавірус настільки заразний, люди з легкими симптомами та без інших основних захворювань, experts рекомендують припустити позитивний тест і ізолювати себе на карантин від 10 днів до двох тижнів. [ОНОВЛЕННЯ: Наприкінці грудня 2021 року CDC скоротив рекомендований період ізоляції для людей, які хворіють на COVID, до 5 днів, а потім 5 днів маскування в оточенні інших. Для тих, хто зазнає відомих випадків зараження вірусом, CDC рекомендує 5-денний карантин плюс 5 днів маскування для невакцинованих. Або 10 днів маскування, якщо вакциновані та підживлені.] Ще інше experts рекомендують лікувати безсимптомних осіб, якщо вони мають позитивний тест на антиген COVID. (Дослідження, однак, показує, що інфекційність безсимптомних осіб слабка. Проблема, однак, полягає в тому, щоб відрізнити безсимптомний від безсимптомного, який є заразним.) Вірус вбивають, лікуючи пацієнта, дозволяючи захисній системі організму створити відповідь і ізолювати пацієнта, поки він заразний. Профілактика та раннє втручання є ключем до боротьби з пандемією. Це вже знайоме "вирівнювання кривої».

Вирівнювання кривоїМаючи справу з Зікою, рекомендації щодо охорони здоров'я включити в себе вжиття заходів обережності в домашніх умовах, які б запобігли інкубації та росту комарів – усуньте стоячу воду у вашому дворі, видаліть потенційні резервуари, як-от старі шини. так само, рекомендації щодо зменшення поширення коронавірусу включають фізичне дистанціювання, маски та підвищену гігієну, як-от миття рук та безпечне видалення використаних тканин.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ («Зовнішні фактори, такі як соціальні мережі та джерела інформації, можуть посилити або підірвати сприйняття ризику».)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

У поточній пандемії COVID я не бачу цілеспрямованого підходу, який керується даними. Навіть у Панамі підхід громадського здоров’я до пандемії Зіка не був єдиним. Боротися з комарами на всіх фронтах було недоцільно – оскільки ресурси обмежені, і неможливо було знищити всіх можливих переносників. Тому ресурси були виділені для тих, хто знаходиться в групі найвищого ризику з огляду на географію та основні умови.  

 

COVID-19 Громадське здоров’я та соціальні заходи

 

У зв’язку з пандемією COVID-19 також недоцільно убезпечити всіх від захворювання. Те, що ми дізналися, так це те, що доцільніше приділяти першочерговому втручанню в охорону здоров’я найуразливіших верств населення та групам населення, які ризикують отримати найгірші медичні результати. Якщо ми стежимо за економікою, ми маємо дані, які виправдовують виділення більше ресурсів і заходів контролю для: Плакат із вказівками CDC Covid з безпеки

  • Райони високої щільності населення – як географічні, так і ситуаційні – міста, громадський транспорт та авіаперевезення.
  • Установи, у яких є люди з основними захворюваннями, які можуть сприяти несприятливим результатам, якщо вони заразляться коронавірусом – лікарні, клініки
  • Особи з високим ризиком смертності, якщо вони заразляться COVID-19, а саме літній в будинках престарілих, громадах престарілих.
  • Держави з кліматом, більш сприятливим для розмноження коронавірусу. ВООЗ попереджає що вірус поширюється в будь-якому кліматі, але є сезонні коливання, які показують сплески в зимові місяці
  • Особи з симптомами мають більший ризик передачі захворювання іншим. Тестування має бути зосереджено на цій популяції, і швидко вживати заходів для ізоляції та лікування.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Схоже, що Проміжні рекомендації ВООЗ за червень 2021 року схиляються в цьому напрямку. Нові рекомендації включають заходи охорони здоров’я та соціальні заходи, «пристосовані до місцевих умов». Рекомендації ВООЗ диктують, що «[охоронні та соціальні заходи] повинні впроваджуватися найнижчим адміністративним рівнем, для якого можлива ситуаційна оцінка та адаптована до місцевих умов та умов». Іншими словами, оцінка даних на найбільш детальному доступному рівні та вжиття заходів. Ця публікація також додатково звужує фокус у «новому розділі щодо міркувань щодо індивідуальних заходів громадського здоров’я на основі статусу імунітету людини до SARS-CoV-2 після вакцинації від COVID-19 або минулої інфекції».

Чи може COVID слідувати тенденції Зіка?

 

Кількість випадків захворювання Зіка в США та територіях

 

Панама і світовий дані показують подібні тенденції щодо випадків вірусу Зіка. The типове прогресування полягає в тому, що пандемії зменшуються до епідемій, потім ендемії з періодичними спалахами. Сьогодні ми можемо озирнутися на пандемію Зіка. Я висловлюю надію. Маючи дані, досвід і час, коронавірус, як і вірус Зіка, і всі віруси до цього, запрацюють.

Додаткове читання: цікаво, але просто не підійшло

 

Як закінчилися 5 найстрашніших у світі пандемій з Історичного каналу

Коротка історія пандемій (Пандемії в історії)

Як закінчуються пандемії? Історія свідчить, що хвороби зникають, але майже ніколи не зникають

Нарешті, ще одна зброя проти Covid 

Як Poop пропонує підказки щодо поширення коронавірусу

Правда, що стоїть за панікою корму з коронавірусом

 

BI/АналітикаБез категорії
Чому Microsoft Excel є аналітичним інструментом №1
Чому Excel — інструмент аналітики №1?

Чому Excel — інструмент аналітики №1?

  Це дешево та легко. Програмне забезпечення для роботи з електронними таблицями Microsoft Excel, ймовірно, уже встановлено на комп’ютері бізнес-користувача. Багато користувачів сьогодні стикаються з програмним забезпеченням Microsoft Office ще зі школи або навіть раніше. Ця різка реакція на...

Детальніше

BI/АналітикаБез категорії
Розчистіть свою статистику: посібник із весняного прибирання Analytics

Розчистіть свою статистику: посібник із весняного прибирання Analytics

Розчистіть свою думку Посібник з аналітики Весняне прибирання Новий рік починається з тріску; звіти за кінець року створюються та ретельно перевіряються, а потім усі влаштовуються за послідовним графіком роботи. Коли дні стають довшими, а дерева та квіти розквітають,...

Детальніше

BI/АналітикаБез категорії
NY Style проти Chicago Style Pizza: смачна дискусія

NY Style проти Chicago Style Pizza: смачна дискусія

Коли ми задовольняємо бажання, мало що може зрівнятися з насолодою гарячого шматка піци. Дебати між нью-йоркською та чиказькою піцою викликали пристрасні дискусії протягом десятиліть. Кожен стиль має свої унікальні особливості та відданих шанувальників....

Детальніше

BI/АналітикаАналітика Cognos
Cognos Query Studio
Ваші користувачі хочуть свою студію запитів

Ваші користувачі хочуть свою студію запитів

З випуском IBM Cognos Analytics 12 давно оголошене припинення підтримки Query Studio та Analysis Studio нарешті було представлено разом із версією Cognos Analytics без цих студій. Хоча це не повинно бути несподіванкою для більшості людей, які займаються...

Детальніше

BI/АналітикаБез категорії
Чи реальний ефект Тейлора Свіфта?

Чи реальний ефект Тейлора Свіфта?

Деякі критики припускають, що вона підвищує ціни на квитки на Суперкубок. Очікується, що на цих вихідних Суперкубок увійде в трійку найпопулярніших подій в історії телебачення. Ймовірно, більше, ніж минулорічні рекордні цифри і, можливо, навіть більше, ніж місяць 3 року...

Детальніше

BI/Аналітика
Каталоги Analytics – висхідна зірка в екосистемі Analytics

Каталоги Analytics – висхідна зірка в екосистемі Analytics

Вступ Як головний технічний директор (CTO), я завжди стежу за новими технологіями, які змінюють наш підхід до аналітики. Однією з таких технологій, яка привернула мою увагу протягом останніх кількох років і має величезні перспективи, є Analytics...

Детальніше