Het COVID-19-virus bestrijden met data

by Jan 17, 2022BI/analyse0 reacties

Disclaimer

 

Sla deze paragraaf niet over. Ik aarzel om in deze controversiële, vaak politieke wateren te waden, maar er kwam een ​​gedachte bij me op terwijl ik mijn hond Demic aan het uitlaten was. Ik heb een MD behaald en werk sindsdien in een of andere vorm van gezondheidszorg of advies. In de afgelopen 20+ jaar heb ik kritisch denken geleerd. Voor het IBM-team dat ik in het artikel bespreek, trad ik op als datawetenschapper. Ik zeg dat ik de talen van de geneeskunde en van de gegevens spreek. Ik ben geen epidemioloog of expert op het gebied van volksgezondheid. Dit is niet bedoeld als verdediging van of kritiek op een bepaald individu of beleid. Wat ik hier presenteer zijn slechts observaties. Ik hoop ook uw gedachten op gang te brengen.    

 

Zika bestrijden met gegevens

 

Allereerst mijn ervaring. In 2017 werd ik door IBM geselecteerd uit meer dan 2000 kandidaten om deel te nemen aan een pro bono volksgezondheidsproject. Een team van vijf van ons werd voor een maand naar het land Panama gestuurd om daar samen te werken met de volksgezondheidsafdeling. Onze missie was om een digital instrument dat een snellere en effectievere besluitvorming met betrekking tot verschillende door muggen overgedragen infectieziekten zou vergemakkelijken; de belangrijkste is Zika. 

De oplossing was een pijplijn voor het delen van informatie tussen veldonderzoekers en beleidsmakers om Zika en andere infectieziekten te bestrijden. Met andere woorden, we hebben een mobiele applicatie ontwikkeld ter vervanging van hun eeuwenoude handmatige proces om vectorinspecteurs het veld in te sturen. Tijdige, nauwkeurige gegevens verminderden de omvang en duur van de uitbraak door beter strategisch te kunnen richten op de gebieden – denk aan stadsblokken – die moeten worden verholpen.  

Sindsdien is de Zika-pandemie op zijn beloop.  

Menselijke actie maakte geen einde aan de Zika-pandemie. De volksgezondheidsgemeenschap werkte eraan om het in te dammen door middel van diagnostiek, onderwijs en reisadviezen. Maar uiteindelijk kreeg het virus zijn beloop, besmette een groot deel van de bevolking en ontwikkelde zich groepsimmuniteit, waardoor de verspreiding een halt werd toegeroepen.  Tegenwoordig wordt Zika als endemisch beschouwd in sommige delen van de wereld met perioden van puistjes.

Zika Transmissie InfographicIn sommige van de vroegste en dodelijkste pandemieën, zowat iedereen die ziek werd, stierf. Met Zika: "Als een groot deel van de bevolking eenmaal is geïnfecteerd, zijn ze immuun en beschermen ze andere mensen tegen besmetting [er is geen vaccin om tegen Zika te beschermen]."  Dat is wat er gebeurde met Zika. De uitbraak in Amerika is voorbij en de incidentie van Zika nu in 2021 is erg laag. Dat is het goede nieuws! Zika bereikte een hoogtepunt in 2016, net toen de Panama-functionarissen IBM vroegen om hulp te sturen om de muggen te bestrijden. Zika Transmissie | Zika-virus | CDC

Correlatie is geen oorzakelijk verband, maar na ons bezoek aan Panama bleef de zika-pandemie afnemen. Er zijn af en toe uitbraken, maar het heeft sindsdien niet hetzelfde niveau van zorg bereikt. Sommigen verwachten dat de slinger terug zal slaan naarmate de natuurlijke immuniteit afneemt en niet-blootgestelde individuen migreren naar Zika-zones met een hoog risico.

 

Zika en COVID-19 pandemische parallellen

 

Hoe verhoudt dit zich tot COVID-19? Zowel de ziekteverwekker die verantwoordelijk is voor zowel COVID-19 als Zika zijn virussen. Ze hebben verschillende primaire vormen van overdracht. Zika wordt voornamelijk overgedragen van muggen op mensen. Er zijn mogelijkheden voor overdracht van mens op mens, maar de belangrijkste vorm van overdracht is rechtstreeks van de mug.

Voor het coronavirus is aangetoond dat sommige dieren, zoals vleermuizen en hert, dragen het virus wel, maar de belangrijkste vorm van transmissie is van mens tot mens.

Met de door muggen overgedragen ziekten (Zika, Chikungunya, Dengue-koorts), was een van de doelstellingen van het Panama-ministerie van volksgezondheid om de blootstelling aan het virus te minimaliseren door de blootstelling aan de vector te verminderen. In de VS wordt, naast het snel ontwikkelde vaccin, primaire volksgezondheid maatregelen om COVID aan te pakken, zijn onder meer het verminderen van de blootstelling en het beperken van de verspreiding naar anderen. Beperkende maatregelen voor degenen met een hoog risico omvatten maskeren, fysieke afstand nemen, isoleren en de bars vroeg sluiten.

De beheersing van beide ziekten hangt af van ... ok, misschien wordt het hier controversieel. Naast voorlichting en het delen van gegevens kunnen de volksgezondheidsdoelen van preventie van de ernstigste uitkomsten worden gericht op 1. uitroeiing van het virus, 2. uitroeiing van de vector, 3. vaccinatie/bescherming van de meest kwetsbaren (individuen met het hoogste risico voor een slecht resultaat), 4. groepsimmuniteit, of 5. een combinatie van bovenstaande.  

Vanwege vectoren in andere dieren is het onmogelijk om deze virussen uit te roeien (tenzij je muggen en vleermuizen gaat vaccineren, denk ik). Ik denk dat het ook geen zin heeft om te praten over het uitroeien van de vectoren. Muggen zijn hinderlijk, behalve dat ze schadelijke ziektes met zich meebrengen, maar ik weet zeker dat ze een of ander nuttig doel dienen. Ik kan me niet voorstellen dat een levensvorm uitsterft omdat ze hinderlijk zijn voor de mens.  

Laten we het dus hebben over vaccinatie/bescherming van groepen met een hoog risico en groepsimmuniteit. Het is duidelijk dat we ver genoeg in deze pandemie zitten dat volksgezondheidsfunctionarissen en regeringen deze beslissingen al hebben genomen en een koers hebben bepaald. Ik twijfel niet aan de aanpak of zelfs stenen gooien achteraf.  

Personen met een hoger risico omvatten oudere volwassenen van 65 jaar en ouder en mensen met ernstige onderliggende medische aandoeningen; zaken als hartaandoeningen, diabetes, zwaarlijvigheid, immuungecompromitteerde, enz. Aan die zouden we willen toevoegen: zwangere vrouw voor Zika omdat het intra-utero kan worden overgedragen. 

Kudde-immuniteit is wanneer een specifieke populatie een percentage van individuen bereikt die tegen de ziekte worden beschermd, hetzij door een vaccin, hetzij door natuurlijke immuniteit. Op dat moment is het risico op ziekte laag voor degenen die niet immuun zijn, omdat er zo weinig dragers zijn. Zo worden degenen met een hoog risico beschermd door degenen die eerder zijn blootgesteld. Er blijft discussie over wat een realistisch percentage van de bevolking (gevaccineerd + hersteld met antilichamen) nodig zou zijn om groepsimmuniteit voor coronavirus te vormen.

 

De oorlog in Panama

 

Met IBM's Zika-initiatief in Panama waren we in staat om een ​​realtime telefoongebaseerde applicatie met geolocatiemarkering te ontwikkelen, die zowel de ernst als de duur van uitbraken zou kunnen verminderen wanneer deze volledig werd geïmplementeerd. Door de arbeidsintensieve en foutgevoelige registratie en rapportage te vervangen, bereikten de data de beslissers in uren in plaats van weken. Volksgezondheidsfunctionarissen op nationaal niveau konden realtime locatierapporten van ziektedragende muggen vergelijken met de realtime rapportage van klinische gevallen in het ziekenhuis. In de oorlog tegen het Zika-virus hebben deze functionarissen vervolgens middelen naar die specifieke locaties gestuurd om muggen in dat gebied uit te roeien. 

Dus in plaats van abroad hun benadering van het bestrijden van een ziekte, concentreerden zij hun inspanningen op probleemgebieden en potentiële probleemgebieden. Hierdoor waren ze beter in staat om de middelen te concentreren en konden ze de hotspots sneller uitdoven.

Met dat alles als achtergrond, ga ik proberen enkele parallellen te trekken tussen de Zika-pandemie en onze huidige COVID-pandemie. Een studies in de Journal of Midwifery & Women's Health een onderzoek van de klinische literatuur uitgevoerd en vastgesteld: "Er zijn significante parallellen tussen [de Zika-virus] ziekte en COVID-19 in termen van beperkte diagnostische technieken, therapieën en prognostische onzekerheden." Bij beide pandemieën ontbrak het patiënten en clinici aan informatie om weloverwogen beslissingen te nemen. Berichtgeving over de volksgezondheid was vaak tegenstrijdig binnen dezelfde instelling. Desinformatie werd verspreid op de sociale-mediaplatforms van de tijd van elke pandemie. Een serieus wetenschappelijk debat leidde zelfs tot complottheorieën. Het is niet moeilijk voor te stellen dat elk van deze een negatieve invloed had op de reacties op de virussen bij kwetsbare of risicovolle personen.

 

Een vergelijking van het Zika-virus en COVID-19: klinisch overzicht en publiek Gezondheidsberichten

 

Zika Virus Ziekte COVID-19
vector Flavivirus: vector Aedes aegypti en Aedes albopictus muggen 3 Coronavirus: druppeltjes, fomites 74
transmissie Muggen zijn primaire vector

Seksuele overdracht 10

Overgedragen door bloedtransfusie, laboratoriumblootstelling 9

Overgedragen door ademhalingsdruppeltjes 74

Waarschijnlijk transmissie via de lucht 75

Verticale transmissie tijdens de zwangerschap Verticale overdracht van zwangere persoon op foetus vindt plaats en aangeboren infectie is waarschijnlijk 9 Verticale overdracht/aangeboren infectie is onwaarschijnlijk 76
Symptomen Vaak asymptomatisch; milde griepachtige symptomen zoals koorts, artralgie, huiduitslag en conjunctivitis 3 Asymptomatisch; bootst ook normale rinorroe en fysiologische dyspneu van de zwangerschap na 65
Diagnostisch testen RT (PCR, NAAT, PRNT, IgM-serologieën) 32

Hoog percentage valse negatieven en positieven 26

Kruisreactie van immunoglobuline-serologieën met andere endemische flavivirussen, zoals het knokkelkoortsvirus 26

Perinatale diagnose beperkt door gevoeligheid en specificiteit van echografie voor detectie van viraal letsel 20

RT (PCR, NAAT, IgM-serologieën) 42

Gevoeligheid varieert afhankelijk van de tijd van blootstelling, bemonsteringstechniek, monsterbron 76

Snelle antigeentests (COVID‐19 Ag Respi‐Strip) beschikbaar, maar er zijn zorgen over hun validiteit, nauwkeurigheid en prestaties 76

Aanhoudend gebrek aan testcapaciteit en laboratoriumreagentia 42

therapie Ondersteunende zorg

Congenitaal Zika-syndroom vereist gespecialiseerde zorg, fysiotherapie, farmacotherapie voor epileptische aandoeningen, correctie/protheses voor auditieve en optische gebreken 23

Ondersteunende zorg

Remdesivir lijkt veilig tijdens de zwangerschap

Andere therapieën (ribavirine, baricitinib) zijn teratogeen, embryotoxisch 39

 

Afkortingen: COVID‐19, coronavirusziekte 2019; IgM, immunoglobuline klasse M; NAAT, nucleïnezuuramplificatietest; PRNT, neutralisatietest voor plaquevermindering; RT‐PCR, reverse transcriptie polymerase kettingreactie test.

Dit artikel wordt gratis beschikbaar gesteld via PubMed Central als onderdeel van de COVID-19-noodhulp voor de volksgezondheid. Het kan worden gebruikt voor onbeperkt hergebruik en analyse van onderzoek, in welke vorm of op welke manier dan ook, met vermelding van de oorspronkelijke bron, voor de duur van de noodsituatie op het gebied van de volksgezondheid. (bewerkt door de auteur)

Tijdens onze Zika-ervaring in Panama werd er bij huis-aan-huisinspecties gezocht naar muggen. Tegenwoordig gebruiken we COVID-tests om het coronavirus op te sporen. Beiden zoeken naar bewijs van het virus, ook wel vectorinspectie genoemd. De vectorinspectie zoekt naar bewijs van potentiële dragers van het virus en omstandigheden waardoor het kan gedijen.  

 

COVID-19 vergelijken met eerdere pandemieën

 

In vergelijking met andere recente epidemieën is COVID-19 een van de meest voorkomende epidemieën in termen van getroffen landen en aantal geïdentificeerde gevallen. Gelukkig is het Case Fatality Rate (CFR) lager dan bij andere grote epidemieën.  

 

 

 

 

Bron:    Hoe het coronavirus zich verhoudt tot SARS, Mexicaanse griep en andere epidemieën

 

Coronavirus is dodelijker dan een aantal andere ziekten die niet in deze grafiek zijn opgenomen. De uitbraak van de varkensgriep (H2009N1) in 1 heeft wereldwijd tussen de 700 miljoen en 1.4 miljard mensen besmet, maar had een CFR van 0.02%. Ook niet in deze grafiek zijn de 500,000 vermoedelijke gevallen van het Zika-virus in 2015 en 2016 en de 18 doden. Om COVID-19 meer up-to-date te brengen, hebben vanaf december 2021 de Worldomet is De website voor het volgen van coronavirus schatte het aantal gevallen op 267,921,597 met 5,293,306 sterfgevallen voor een berekende CFR van 1.98%. Omdat COVID-19 asymptomatisch kan zijn, zoals beschreven in de Journal of Midwifery & Women's Health-studie, weten ze misschien niet eens dat ze ziek zijn. Er is geen reden voor deze mensen om een ​​test uit te zoeken, zodat ze niet in de noemer terechtkomen. Met andere woorden, dit scenario kan ertoe leiden dat het aantal gevallen voor COVID-19 hoger is dan de statistieken laten zien.

In de vroege stadia van een pandemie zijn gegevens van epidemiologische modellering, klinische diagnose en effectiviteit van behandelingen vaak schaars. Strategieën in de beginfase zijn onder meer het opvoeren van testen en rapporteren, communicatie en proberen de verwachte capaciteit voor vaccin, testen en behandeling voor te bereiden. Iedereen maakt dan, bewust of onbewust, een individuele risico-inschatting op basis van zijn inzicht in de ernst van het risico, zijn waargenomen vermogen om met de dreiging om te gaan en de gevolgen van de dreiging. In de huidige samenleving worden deze overtuigingen vervolgens versterkt of verzwakt door het dieet van sociale media en informatiebronnen.

Covid-19-testtijdlijn

COVID-tests de aanwezigheid van het coronavirus evalueren. Afhankelijk van het type proef toegediend, zal een positief resultaat ofwel aangeven dat de patiënt een actieve infectie heeft (snelle moleculaire PCR-test of laboratoriumantigeentests) of ooit een infectie heeft gehad (antilichaamtest).  

Als een persoon symptomen heeft die overeenkomen met COVID en een positieve virale antigeentest, is actie gerechtvaardigd. Die actie zal zijn om het virus te doden en de verspreiding te stoppen. Maar omdat het coronavirus zo besmettelijk is, kunnen personen met milde symptomen en geen andere onderliggende aandoeningen, deskundigen aanbevelen om een ​​positieve test aan te nemen en zichzelf 10 dagen tot twee weken in quarantaine te plaatsen. [UPDATE: Eind december 2021 heeft de CDC de aanbevolen isolatieperiode voor personen met COVID verkort tot 5 dagen, gevolgd door 5 dagen maskeren rond anderen. Voor degenen die zijn blootgesteld aan bekende gevallen van het virus, beveelt de CDC een quarantaine van 5 dagen plus 5 dagen maskering aan voor niet-gevaccineerden. Of, 10 dagen maskeren indien gevaccineerd en geboost.] Nog andere deskundigen adviseren om asymptomatische personen te behandelen als ze een positieve COVID-antigeentest hebben. (Onderzoeklaat echter zien dat de besmettelijkheid van asymptomatische individuen zwak is. De uitdaging is echter om onderscheid te maken tussen asymptomatisch en presymptomatisch, wat besmettelijk is.) Het virus wordt gedood door de patiënt te behandelen, waardoor het afweersysteem van het lichaam kan reageren en de patiënt kan isoleren terwijl ze besmettelijk zijn. Preventie en vroegtijdige interventie zijn de sleutels tot het beheersen van de pandemie. Dit is de inmiddels bekende, “afvlakking van de curve. '

De curve afvlakkenIn de omgang met Zika, aanbevelingen voor de volksgezondheid omvatten het nemen van voorzorgsmaatregelen thuis die de incubatie en groei van muggen zouden voorkomen - elimineer stilstaand water in uw tuin, verwijder potentiële reservoirs zoals oude banden. evenzo, aanbevelingen om de verspreiding te verminderen van het coronavirus omvatten fysieke afstand, maskers en verhoogde hygiëne, zoals handen wassen en veilige verwijdering van gebruikte tissues.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ (“Externe factoren zoals sociale netwerken en informatiebronnen kunnen de risicoperceptie versterken of ondermijnen.”)

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Wat ik in de huidige COVID-pandemie niet zie, is een gerichte, datagedreven, gerichte aanpak. Zelfs in Panama was de volksgezondheidsbenadering van de Zika-pandemie geen one-size-fits-all. Het was onpraktisch - omdat de middelen beperkt zijn - om muggen op alle fronten te bestrijden en het was onmogelijk om alle mogelijke vectoren uit te schakelen. Er werden dus middelen besteed aan degenen met het hoogste risico op basis van geografie en onderliggende omstandigheden.  

 

COVID-19 Volksgezondheid en sociale maatregelen

 

Met de COVID-19-pandemie is het ook onpraktisch om te voorkomen dat iedereen ooit ziek wordt. Wat we hebben geleerd, is dat het logischer is om prioriteit te geven aan interventies op het gebied van de volksgezondheid voor de meest kwetsbaren en voor populaties die risico lopen op de slechtste medische resultaten. Als we de economie volgen, hebben we de gegevens om te rechtvaardigen dat we meer middelen en controlemaatregelen besteden aan: CDC Covid-richtlijnen Veiligheidsposter

  • Gebieden met een hoge bevolkingsdichtheid, zowel geografisch als situationeel, steden, openbaar vervoer en vliegreizen.
  • Instellingen met mensen met onderliggende aandoeningen die zouden bijdragen aan nadelige resultaten als ze het coronavirus zouden oplopen - ziekenhuizen, klinieken
  • Personen met een hoger sterfterisico als ze COVID-19 oplopen, namelijk de ouderen in verpleeghuizen, bejaardentehuizen.
  • Staten met klimaten die gunstiger zijn voor replicatie van het coronavirus. De WHO waarschuwt dat het virus zich in alle klimaten verspreidt, maar er zijn seizoensvariaties die pieken vertonen in de wintermaanden
  • Personen met symptomen hebben een hoger risico om de ziekte op anderen over te dragen. Het testen moet op deze populatie worden gericht en er moet snel actie worden ondernomen om te isoleren en te behandelen.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Het lijkt erop dat de WHO juni 2021 tussentijdse aanbevelingen neigen in deze richting. Nieuwe aanbevelingen zijn onder meer volksgezondheids- en sociale maatregelen "op maat van de lokale context". WHO-richtlijnen dicteren dat "[Volksgezondheid en sociale] maatregelen moeten worden geïmplementeerd door het laagste administratieve niveau waarvoor situationele beoordeling mogelijk is en afgestemd op lokale instellingen en omstandigheden." Met andere woorden, gegevens evalueren op het meest gedetailleerde niveau dat beschikbaar is en actie ondernemen. Deze publicatie vernauwt ook de focus verder in een "nieuwe sectie over overwegingen voor geïndividualiseerde volksgezondheidsmaatregelen op basis van iemands SARS-CoV-2-immuniteitsstatus na COVID-19-vaccinatie of een eerdere infectie".

Kan COVID de trend van Zika volgen?

 

Zaaktellingen van Zika in de VS en gebieden

 

Panama en wereldwijd gegevens laten vergelijkbare trends zien voor Zika-gevallen. De typische progressie is dat pandemieën afnemen tot epidemieën en vervolgens endemisch worden met periodieke uitbraken. Vandaag kunnen we terugkijken op de Zika-pandemie. Ik bied een woord van hoop aan. Met data, ervaring en tijd zal het coronavirus, net als het zikavirus en alle virussen daarvoor, zijn beloop krijgen.

Extra leesvoer: interessant, maar paste gewoon niet

 

Hoe 5 van 's werelds ergste pandemie eindigde van het Geschiedeniskanaal

Korte geschiedenis van pandemieën (pandemie door de geschiedenis heen)

Hoe eindigen pandemieën? De geschiedenis suggereert dat ziekten vervagen, maar bijna nooit echt weg zijn

Eindelijk weer een wapen tegen Covid 

Hoe kak hints geeft over de verspreiding van het coronavirus

De waarheid achter de coronavirus-kakpaniek

 

BI/analyseUncategorized
Ruim uw inzichten op: een gids voor de voorjaarsschoonmaak van Analytics

Ruim uw inzichten op: een gids voor de voorjaarsschoonmaak van Analytics

Ruim uw inzichten op Een gids voor analyses Lenteschoonmaak Het nieuwe jaar begint met een knaller; Er worden eindejaarsrapporten gemaakt en gecontroleerd, waarna iedereen zich aan een consistent werkschema houdt. Naarmate de dagen langer worden en de bomen en bloemen bloeien,...

Lees meer