Borba protiv virusa COVID-19 pomoću podataka

by Jan 17, 2022Uncategorized0 komentari

Izjava o odricanju od odgovornosti

 

Nemojte preskočiti ovaj odlomak. Oklijevam se uvući u ove sporne, često političke vode, ali mi je pala na pamet dok sam šetao svog psa Demića. Stekao sam doktorat i od tada sam u nekom obliku zdravstvene zaštite ili savjetovanja. Tijekom proteklih 20+ godina naučio sam kritičko razmišljanje. Za IBM tim o kojem govorim u članku, djelovao sam kao Data Scientist. Kažem da govorim jezike medicine i podataka. Nisam epidemiolog ili stručnjak za javno zdravstvo. Ovo nema namjeru da bude obrana ili kritika nekog određenog pojedinca ili politike. Ono što ovdje iznosim su samo zapažanja. Nadam se da ću potaknuti i vaše misli.    

 

Borba protiv Zika s podacima

 

Prvo, moje iskustvo. Godine 2017. IBM me odabrao među više od 2000 prijavljenih za sudjelovanje u pro bono javnozdravstvenom projektu. Tim od nas petero poslan je u državu Panamu na mjesec dana da radi s tamošnjim odjelom za javno zdravstvo. Naša misija je bila stvoriti a digital alat koji bi omogućio brže i učinkovitije donošenje odluka u vezi s nekoliko zaraznih bolesti koje prenose komarci; glavni je Zika. 

Rješenje je bio kanal za razmjenu informacija između terenskih istražitelja i kreatora politike za kontrolu Zika i drugih zaraznih bolesti. Drugim riječima, razvili smo mobilnu aplikaciju kako bismo zamijenili njihov stari ručni postupak slanja vektorskih inspektora na teren. Pravovremeni, točni podaci smanjili su veličinu i trajanje epidemije tako što su mogli bolje strateški ciljati područja – razmislite o gradskim blokovima – kojima je potrebna sanacija.  

Od tada je pandemija Zika tekla svojim tijekom.  

Ljudsko djelovanje nije okončalo pandemiju Zika. Zajednica javnog zdravstva radila je na tome da ga obuzda, kroz dijagnostiku, edukaciju i savjetovanje za putovanja. No, u konačnici, virus je krenuo svojim tijekom, zarazio je velik dio populacije i razvio se imunitet stada, čime je zaustavljeno širenje.  Danas se zika smatra endemskom u nekim dijelovima svijeta s izbijanjem menstruacije.

Infografika prijenosa ZikaU nekim od najraniji a najsmrtonosnije pandemije umrli su gotovo svi koji su se razboljeli. S Zika-om: “Kada je velik dio populacije zaražen, oni su imuni i zapravo štite druge ljude od zaraze [ne postoji cjepivo za zaštitu od Zike].”  To se dogodilo sa Žikom. Epidemija je gotova u Americi i incidencija zika sada u 2021. je vrlo niska. To je sjajna vijest! Zika je dosegla vrhunac 2016. upravo kada su panamski dužnosnici zatražili od IBM-a da pošalje pomoć u borbi protiv komaraca. Zika prijenos | Zika virus | CDC

Korelacija nije uzročna veza, ali nakon našeg posjeta Panami, pandemija Zika nastavila je jenjavati. Postoje povremene epidemije, ali od tada nije dosegla istu razinu zabrinutosti. Neki očekuju da će se njihalo zaljuljati unatrag kako prirodni imunitet slabi, a neeksponirani pojedinci migriraju u zone visokog rizika od Zika.

 

Paralele pandemije Zika i COVID-19

 

Kako je to povezano s COVID-19? I patogen koji je odgovoran i za COVID-19 i za Zika su virusi. Imaju različite primarne oblike prijenosa. Zika se uglavnom prenosi s komaraca na ljude. Postoje mogućnosti prijenosa s čovjeka na čovjeka, ali glavni oblik prijenosa je izravno s komarca.

Za koronavirus se pokazalo da neke životinje, poput šišmiši i jelen, nose virus, ali glavni oblik prijenos je čovjek čovjeku.

Uz bolesti koje prenose komarci (Zika, Chikungunya, Dengue groznica), jedan od ciljeva panamskog ministarstva javnog zdravstva bio je smanjiti izloženost virusu smanjenjem izloženosti vektoru. U SAD-u, uz brzo razvijeno cjepivo, primarno javno zdravstvo mjere za rješavanje bolesti COVID-a uključuju smanjenje izloženosti i ograničavanje širenja na druge. Mjere ublažavanja za one koji su pod visokim rizikom uključuju maskiranje, fizičko distanciranje, izolaciju i rano zatvaranje barova.

Obuzdavanje obiju bolesti ovisi o… ok, možda upravo tu postaje kontroverzno. Uz edukaciju i razmjenu podataka, javnozdravstveni ciljevi prevencije najtežih ishoda mogu biti usmjereni na 1. iskorjenjivanje virusa, 2. iskorjenjivanje vektora, 3. cijepljenje/zaštitu najranjivijih (pojedinaca s najvećim rizikom za loš ishod), 4. imunitet stada, ili 5. neka kombinacija gore navedenog.  

Zbog vektora u drugim životinjama, nemoguće je iskorijeniti te viruse (osim ako ne počnete cijepiti komarce i šišmiše, pretpostavljam). Mislim da također nema smisla govoriti o iskorjenjivanju vektora. Komarci su smetnja, osim što prenose štetne bolesti, ali siguran sam da služe nekoj vrsti korisne svrhe. Ne mogu zamisliti izumiranje oblika života jer su smetnja ljudima.  

Dakle, razgovarajmo o cijepljenju/zaštiti visokorizičnih skupina i imunitetu stada. Očito, dovoljno smo daleko u ovoj pandemiji da su dužnosnici javnog zdravstva i vlade već donijeli ove odluke i odlučili način djelovanja. Ne razmišljam o pristupu ili čak bacanju kamenja sa savršenim pogledom.  

Pojedinci s većim rizikom uključuju starije odrasle osobe starije od 65 godina i one s ozbiljnim zdravstvenim stanjima; stvari poput srčanih bolesti, dijabetesa, pretilosti, oslabljenog imuniteta itd. Tome bismo dodali trudnice za Ziku jer se može prenijeti intrautero. 

Imunitet stada je kada određena populacija dosegne postotak pojedinaca koji su zaštićeni od bolesti bilo cjepivom ili prirodnim imunitetom. U tom trenutku, za one koji nisu imuni, rizik od bolesti je nizak, jer je tako malo nositelja. Tako su oni koji su pod visokim rizikom zaštićeni od onih koji su prethodno bili izloženi. Ostaje rasprava o tome koliki bi realan postotak stanovništva (cijepljenih + oporavljenih protutijelima) bio potreban da bi se stvorio imunitet stada na koronavirus.

 

Rat u Panami

 

S IBM-ovim Žika inicijativa u Panami smo uspjeli razviti telefonsku aplikaciju u stvarnom vremenu s geolokacijskim označavanjem, koja bi mogla smanjiti i ozbiljnost i trajanje izbijanja kada se u potpunosti implementira. Zamjenom radno intenzivnog snimanja i izvješćivanja sklonog pogreškama, podaci su do donositelja odluka dolazili satima umjesto tjednima. Službenici javnog zdravstva na nacionalnoj razini uspjeli su usporediti izvješća o lokaciji komaraca koji prenose bolest u stvarnom vremenu s izvješćima o hospitaliziranim kliničkim slučajevima u stvarnom vremenu. U ratu protiv virusa Zika, ti su dužnosnici tada usmjerili resurse na ta određena mjesta kako bi iskorijenili komarce na tom području. 

Dakle, umjesto abroad u borbi protiv bolesti, koncentrirali su svoje napore na problematična područja i potencijalna problematična područja. Čineći to, bili su u stanju bolje usredotočiti resurse i brže ugasiti žarišta.

Uz sve to kao pozadinu, pokušat ću povući neke paralele između pandemije Zike i naše trenutne pandemije COVID-a. Jedan učiti u časopisu Journal of Midwifery & Women's Health proveo je istraživanje kliničke literature i utvrdio: "Postoje značajne paralele između bolesti [zika virusa] i COVID-19 u smislu ograničenih dijagnostičkih tehnika, terapije i prognostičkih neizvjesnosti." U obje pandemije pacijentima i kliničarima su nedostajale informacije za donošenje informiranih odluka. Javnozdravstvene poruke često su bile kontradiktorne unutar iste institucije. Dezinformacije su se širile na platformama društvenih medija u vrijeme svake pandemije. Ozbiljna znanstvena rasprava čak je dovela do teorija zavjere. Nije teško zamisliti da je svaki od ovih negativno utjecao na odgovore na viruse u ranjivih ili visokorizičnih osoba.

 

Usporedba virusa Zika i COVID-19: klinički pregled i javnost Zdravstvene poruke

 

Zika virusna bolest COVID-19
vektor Flavivirus: vektor Aedes aegypti i Aedes albopictus komarci 3 Koronavirus: kapljice, fomiti 74
Prijenos Komarci su primarni prijenosnici

Seksualni prijenos 10

Prenosi se transfuzijom krvi, laboratorijskim izlaganjem 9

Prenosi se respiratornim kapljicama 74

Vjerojatno prijenos zraka 75

Vertikalni prijenos tijekom trudnoće Dolazi do vertikalnog prijenosa s trudnice na fetus, a vjerojatna je i kongenitalna infekcija 9 Vertikalni prijenos/kongenitalna infekcija je malo vjerojatan 76
Simptomi Često asimptomatski; blagi simptomi slični gripi kao što su groznica, artralgija, osip i konjunktivitis 3 Asimptomatski; također oponaša normalnu rinoreju i fiziološku dispneju trudnoće 65
Dijagnostička ispitivanja RT-PCR, NAAT, PRNT, IgM serologije 32

Visoka stopa lažno negativnih i pozitivnih 26

Unakrsna reakcija serologije imunoglobulina s drugim endemskim flavivirusima, kao što je virus denga groznice 26

Perinatalna dijagnoza ograničena osjetljivošću i specifičnošću ultrazvuka za otkrivanje virusne ozljede 20

RT-PCR, NAAT, IgM serologije 42

Osjetljivost varira ovisno o vremenu od izlaganja, tehnici uzorkovanja, izvoru uzorka 76

Dostupni su brzi testovi na antigen (COVID-19 Ag Respi-Strip), ali postoji zabrinutost oko njihove valjanosti, točnosti i izvedbe 76

Kontinuirani nedostatak kapaciteta za testiranje i laboratorijskih reagensa 42

terapija Suportivna skrb

Kongenitalni Zika sindrom zahtijeva specijaliziranu njegu, fizikalnu terapiju, farmakoterapiju kod napadaja, korekciju/protetiku za slušne i optičke nedostatke 23

Suportivna skrb

Čini se da je Remdesivir siguran u trudnoći

Druge terapije (ribavirin, baricitinib) su teratogene, embriotoksične 39

 

Skraćenice: COVID‐19, koronavirusna bolest 2019.; IgM, imunoglobulin klase M; NAAT, test amplifikacije nukleinske kiseline; PRNT, test neutralizacije smanjenja plaka; RT-PCR, test lančane reakcije polimeraze reverzne transkripcije.

Ovaj je članak besplatno dostupan putem PubMed Centrala kao dio odgovora na hitne slučajeve u javnom zdravstvu COVID-19. Može se koristiti za neograničenu ponovnu upotrebu i analizu u istraživanju u bilo kojem obliku ili na bilo koji način uz navođenje izvornog izvora, za vrijeme trajanja izvanredne situacije u javnom zdravstvu. (uredio autor)

U našem Zika iskustvu u Panami, inspekcije od vrata do vrata tražile su komarce. Danas koristimo COVID testove za traženje koronavirusa. Oboje traže dokaze o virusu, što se naziva inspekcija vektora. Inspekcija vektora traži dokaze o potencijalnim nositeljima virusa i uvjetima koji mu omogućuju da napreduje.  

 

Usporedba COVID-19 s prethodnim pandemijama

 

U usporedbi s drugim nedavnim epidemijama, COVID-19 se ocjenjuje kao jedan od raširenijih s obzirom na zahvaćene zemlje i broj identificiranih slučajeva. Na sreću, stopa smrtnosti (CFR) niža je od ostalih velikih epidemija.  

 

 

 

 

Izvor:    Kako se Coronavirus uspoređuje sa SARS-om, svinjskom gripom i drugim epidemijama

 

Koronavirus je smrtonosniji od nekoliko drugih bolesti koje nisu uključene u ovu ljestvicu. Izbijanje svinjske gripe (H2009N1) 1. zarazilo je između 700 milijuna i 1.4 milijarde ljudi u svijetu, ali je CFR iznosio 0.02%. Također na ovom grafikonu nema 500,000 sumnjivih slučajeva virusa Zika u 2015. i 2016. godini i 18 smrtnih slučajeva. Kako bi COVID-19 bio ažurniji, od prosinca 2021 Worldomet je Web stranica za praćenje koronavirusa iznosi 267,921,597 slučajeva s 5,293,306 smrtnih slučajeva za izračunati CFR od 1.98%. Budući da COVID-19 može biti asimptomatičan, kao što je opisano u studiji Journal of Midwifery & Women's Health, možda čak i ne znaju da su bolesne. Nema razloga da ti ljudi traže test kako ne bi bili dio nazivnika. Drugim riječima, ovaj scenarij može dovesti do toga da stopa oboljelih od COVID-19 bude veća nego što pokazuje statistika.

U ranim fazama pandemije podaci iz epidemiološkog modeliranja, kliničke dijagnoze i učinkovitosti liječenja često su oskudni. Strategije u početnoj fazi uključuju povećanje testiranja i izvješćivanja, komunikaciju i pokušaj pripreme predviđenih kapaciteta za cjepivo, testiranje i liječenje. Svatko tada, bio svjestan ili ne, donosi individualnu procjenu rizika na temelju svog razumijevanja ozbiljnosti rizika, svoje percipirane sposobnosti da se nosi s prijetnjom i posljedicama prijetnje. U današnjem društvu ta se uvjerenja onda jačaju ili slabe prehranom društvenih medija i izvora informacija.

Vremenski okvir testiranja na Covid-19

COVID testovi procijeniti prisutnost koronavirusa. Ovisno o vrsti test primijenjen, pozitivan rezultat će ili ukazivati ​​da pacijent ima aktivnu infekciju (brzi molekularni PCR test ili laboratorijski testovi na antigen) ili da je u nekom trenutku imao infekciju (test na antitijela).  

Ako osoba ima simptome u skladu s COVID-om i pozitivan test na virusni antigen, potrebna je akcija. Ta će akcija biti ubijanje virusa i zaustavljanje širenja. Ali, budući da je koronavirus toliko zarazan, pojedinci s blagim simptomima i bez drugih temeljnih stanja, Stručnjaci preporučiti pretpostavku pozitivnog testa i staviti se u karantenu od 10 dana do dva tjedna. [UPDATE: Krajem prosinca 2021., CDC je skratio preporučeno razdoblje izolacije za osobe koje imaju COVID na 5 dana nakon čega slijedi 5 dana maskiranja oko drugih. Za one koji su izloženi poznatim slučajevima virusa, CDC preporučuje petodnevnu karantenu plus 5 dana maskiranja za necijepljene. Ili, 5 dana maskiranja ako ste cijepljeni i pojačani.] Još ostalo Stručnjaci preporučiti liječenje asimptomatskih osoba ako imaju pozitivan test na COVID antigen. (Istraživanje, međutim, pokazuje da je infektivnost asimptomatskih osoba slaba. Izazov je, međutim, razlikovati asimptomatski od presimptomatskih koji je zarazan.) Virus se ubija liječenjem pacijenta, dopuštajući obrambenom sustavu tijela da podigne odgovor i izolira pacijenta dok je zarazan. Prevencija i rana intervencija ključ su za upravljanje pandemijom. Ovo je sada poznato,”izravnavanje krivulje".

Izravnavanje krivuljeU suočavanju sa Žikom, javnozdravstvene preporuke uključuju poduzimanje mjera opreza kod kuće koje bi spriječile inkubaciju i rast komaraca – eliminirajte stajaću vodu u svom dvorištu, uklonite potencijalne rezervoare poput starih guma. Slično, preporuke za smanjenje širenja Koronavirusa uključuju fizičko distanciranje, maske i povećanu higijenu, poput pranja ruku i sigurnog odlaganja korištenih maramica.  

https://www.news-medical.net/health/How-does-the-COVID-19-Pandemic-Compare-to-Other-Pandemics.aspx

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8242848/ ("Vanjski čimbenici kao što su društvene mreže i izvori informacija mogu ili pojačati ili potkopati percepciju rizika.")

https://www.city-journal.org/how-rapid-result-antigen-tests-can-help-beat-covid-19

Ono što ne vidim u trenutnoj pandemiji COVID-a je fokusiran pristup koji se temelji na podacima i ciljani pristup. Čak i u Panami, javnozdravstveni pristup pandemiji Zika nije bio jedinstven za sve. Bilo je nepraktično – jer su resursi ograničeni – boriti se protiv komaraca na svim frontama i nemoguće je bilo eliminirati sve moguće vektore. Dakle, resursi su bili posvećeni onima koji su pod najvećim rizikom na temelju geografije i temeljnih uvjeta.  

 

Javnozdravstvene i socijalne mjere COVID-19

 

Uz pandemiju COVID-19, također je nepraktično spriječiti da se svi ikada razbole. Ono što smo naučili jest da ima smisla dati prioritet javnozdravstvenim intervencijama najugroženijim i populacijama u riziku od najlošijih medicinskih ishoda. Ako slijedimo ekonomiju, imamo podatke koji opravdavaju izdvajanje više resursa i kontrolnih mjera za: Sigurnosni plakat CDC Covid smjernica

  • Područja visoke gustoće naseljenosti – geografska i situacijska – gradovi, javni prijevoz i zračna putovanja.
  • Ustanove u kojima se nalaze osobe s osnovnim stanjima koja bi pridonijela nepovoljnim ishodima ako bi se zarazili koronavirusom – bolnice, klinike
  • Osobe s većim rizikom od smrtnosti ako se zaraze COVID-19, odnosno postariji u staračkim domovima, zajednicama umirovljenika.
  • Države s klimom pogodnijom za umnožavanje koronavirusa. Tko upozorava da se virus širi u svim klimatskim uvjetima, ali postoje sezonske varijacije koje pokazuju porast u zimskim mjesecima
  • Osobe sa simptomima imaju veći rizik od prenošenja bolesti na druge. Testiranje treba biti usredotočeno na ovu populaciju i brzo poduzeti mjere za izolaciju i liječenje.

https://www.uab.edu/news/youcanuse/item/11268-what-exactly-does-it-mean-to-flatten-the-curve-uab-expert-defines-coronavirus-terminology-for-everyday-life

https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/downloads/Young_Mitigation_recommendations_and_resources_toolkit_01.pdf

 

Čini se da je Privremene preporuke SZO iz lipnja 2021 naginju u ovom smjeru. Nove preporuke uključuju javnozdravstvene i socijalne mjere "prilagođene lokalnom kontekstu". Smjernice SZO-a nalažu da bi "mjere [Javnozdravstvene i socijalne] trebale provoditi najniža administrativna razina za koju je moguća procjena situacije i prilagođena lokalnim uvjetima i uvjetima." Drugim riječima, ocjenjivanje podataka na najpreciznijoj dostupnoj razini i poduzimanje radnji. Ova publikacija također dodatno sužava fokus u "novom odjeljku o razmatranjima individualiziranih mjera javnog zdravlja na temelju statusa imuniteta osobe na SARS-CoV-2 nakon cijepljenja protiv COVID-19 ili prošle infekcije".

Može li COVID pratiti Zikin trend?

 

Broj slučajeva zika u SAD-u i na teritorijima

 

Panama i širom svijeta podaci pokazuju slične trendove za slučajeve Zika. The tipično napredovanje je da se pandemije smanjuju na epidemije, zatim endemije s periodičnim izbijanjem. Danas se možemo osvrnuti na pandemiju Zika. Nudim riječ nade. Uz podatke, iskustvo i vrijeme, koronavirus će, kao i virus Zika i svi virusi prije toga, krenuti svojim tijekom.

Dodatna literatura: Zanimljivo, ali jednostavno nije odgovaralo

 

Kako je završilo 5 najgorih pandemija na svijetu s History Channela

Kratka povijest pandemija (Pandemije kroz povijest)

Kako završavaju pandemije? Povijest sugerira da bolesti blijede, ali gotovo nikada ne nestaju

Konačno, još jedno oružje protiv Covida 

Kako Poop nudi savjete o širenju koronavirusa

Istina iza panike izmete zbog koronavirusa

 

Poslovna analitikaBusiness IntelligenceUncategorized
Sjena IT
Shadow IT: balansiranje rizika i koristi s kojima se svaka organizacija suočava

Shadow IT: balansiranje rizika i koristi s kojima se svaka organizacija suočava

Shadow IT: Uravnotežavanje rizika i koristi s kojima se svaka organizacija suočava. Sažetak Samouslužno izvještavanje je obećana zemlja dana. Bilo da se radi o Tableauu, Cognos Analyticsu, Qlik Senseu ili nekom drugom alatu za analizu, čini se da svi dobavljači promoviraju...

opširnije